Однако надёжной защиты меховых промыслов обеспечить не удалось. Как вскрыл в 1895 г. вновь назначенный начальник порта контр-адмирал Энгельм, караул часто вступал в сговор с промысловой артелью и вместо секачей и холостяков допускал забой самок и котят, да и сами забивали некоторое количество котиков, контрабандно переправляемых в Лондон Лейтенант Тобизин (начальник караула 1894 г.) пытавшийся расплатиться шкурами котиков, добытых его подчинёнными, за испорченный провиант и, пойманный на незаконном промысле, был отдан под суд. Суд закончился ничем из-за гибели главного подозреваемого. Лейтенант покончил жизнь самоубийством, и, хотя было установлено, что им было забито и продано за границу 3000 котов, без главного подозреваемого и свидетеля завершать было нечего^{30}.

По инструкции для командира крейсера 1899 г. американским судам запрещалось приближаться на 30 миль к Командорским островам и о. Тюлений, а к побережью Сибири — на 10 миль, задержанные суда должны были передаваться куттерам Береговой охраны США^{31}.

После того как в 1891 г. Великобритания (Канада) и США запретили бой морского зверя в восточной части Берингова моря в российских водах увеличилась активность браконьеров. С середины 90-х гг. XIX века было несколько случаев захвата браконьеров на о. Тюлений караулом. Так, 26 июня 1901 г. отличился караул под командованием штабс-капитана по Адмиралтейству Феклина. Предводителем браконьерской артели оказался бывший служащий компании Хатчинсона Г. Томсен, знавший режим охраны о. Тюлений. Он решил сам организовать промысел и купил шхуну^{32}. В 1902 г. 25 октября была задержана группа браконьеров со шхуны «Ишикава-мару». Они спустили на воду вельбот и пытались тайно высадиться на остров, но, перехваченные караулом, сдались без сопротивления^{33}.

Помимо русских кораблей в 30 милях от Тюленьего крейсировали английские корабли и иногда даже американские. Так, в 1894 г. начальник караула доносил о появлении английских КЛ «Пловер» и «Редпол»^{34}. Увеличение зоны охраны позволило улучшить охрану ценного зверя, захваты браконьеров участились и патрульными кораблями. После Русско-японской войны Тюлений перешёл к японцам, и эпопея его защиты флотом была завершена.

Тяжёлыми были условия плавания патрульных кораблей у берегов Берингова моря. Архивные дела хранят описания таких походов. Дело в том, что военных кораблей постоянно не хватало, ещё в 1884 г. комиссия под председательством контр-адмирала Кроуна пришла к выводу о необходимости учреждения специальной таможенной крейсерской флотилии. В ней необходимо иметь 2 таможенных крейсера (это аналог американского куттера — судна сравнительно небольшого водоизмещения) и несколько военных постов^{35}, но специальные таможенные суда появились на Дальнем Востоке только перед Первой мировой войной. Это были специальные охранные суда (иногда их относят к классу таможенных крейсеров[5]) «Лейтенант Дыдымов» и «Витус Беринг». Они числились за Приамурским управлением государственных имуществ и приступили к охране морских промыслов с 1907 г. и несли специальный кормовой флаг^{36}. Для охраны котиковых лежбищ на Командорских островах с конца XIX века выставляется специальный пост от Министерства внутренних дел. Старший надзиратель за котиками этого поста Н.Н. Лукин-Федотов в 1905 г. успешно руководил обороной острова от японцев^{37}.

Из-за малого состава Сибирской флотилии приходилось посылать случайные корабли. Так, в 1887 г. в состав кораблей Сибирской флотилии вошёл построенный в Норвегии специальный минный заградитель «Алеут». По своему парусному вооружению он именовался шхуной Корабль предназначался для постановки и охраны минных заграждений у Владивостока. Для этого он снабжался двумя паровыми катерами. Он имел водоизмещение 842 т и скорость 12 узлов. Автономность по углю у него была всего трое суток, поэтому для дальних переходов приходилось грузить уголь в специальных мешках (вместимость около 6 пудов каждый). Их было заказано 300 штук^{38}. Во время перехода на Дальний Восток корабль выдержал сильный шторм в Атлантическом океане. Видимо, это подвигло морского министра отправить 13 августа этот корабль для осмотра Берингова моря и снятия в конце октября караула с о. Тюлений^{39}. По плану после осмотра Берингова моря «Алеут» должен был до 25 октября 1887 г. снять караул с острова. Однако в назначенный срок караул снят не был, для его перевозки был направлен корвет «Витязь» под командованием С.О. Макарова, а в отношении шхуны появилось предположение, что она затёрта льдами в северных широтах. Были отправлены задания всем консулам в портах США для опроса моряков и выяснения судьбы «Алеута». Моряки шхуны «Элиза» сообщили, что встречали российский корабль у берегов Чукотки в районе залива Провидения. Руководство мероприятиями по оказанию помощи морякам взял на себя император Александр III. Местными властями на Чукотке и Камчатке были высланы специальные команды для осмотра побережья, были заложены склады продовольствия в местах, где мог высадиться потерпевший бедствие экипаж. Но 7 декабря поступило сообщение о возвращении «Алеута», задержанного штормами, в Петропавловск-Камчатский. Начатые поисковые мероприятия были свёрнуты. На компенсацию убыли в связи с этими мероприятиями (павших собак, закупленные припасы и т.д.) пришлось потратить 1038 руб. 59 коп.^{40} В телеграмме к управляющему Морским министерством царь писал: «Благодарю за истинно радостное известие. Слава Богу, что “Алеут” вернулся благополучно. Весьма интересно будет прочесть рапорт командира Александр»^{41}.

Донесение командира о его походе было представлено царю. Виза монарха на докладе гласила: «Весьма интересно, но плавание ужасно. Слава Богу, что кончилось благополучно». А доклад был действительно интересный. В ходе плавания «Алеут» добрался до залива Лаврентия, что почти у самого мыса Дежнёва. Началось плавание без особых происшествий. На переходе на Север вели наблюдение за влиянием корабельного электричества на компасы и при подходе к проливу Лаперуза вели поиск якобы виденного там англичанами камня, но не нашли его. Видимо, это был один из тех многочисленных ложных объектов, о которых сообщали моряки. Затем шхуна зашла на о. Тюлений и снабдила его гарнизон водой. Начальник караула лейтенант С. Россет рассказал, что когда караул прибыл на место, на острове было невозможно находиться из-за вони от разлагающихся трупов котиков со снятыми шкурами, убитых браконьерами до прибытия туда караула. В Петропавловске экипаж принял уголь и воду, помылся в бане. Погрузка угля затруднялась отсутствием в петропавловском складе каких-либо приспособлений. Выйдя в Берингово море, корабль встретился с ветрами до 8 баллов, осмотрел Командорские острова и вошёл в залив Провидения. В заливе находилось 3 — 4 американских шхуны. Кораблю приходилось несколько раз гоняться за браконьерскими шхунами, но выводы командира о них очень интересны. Командир «Алеута» считал, что для пресечения воровской (незаконной) торговли американцев недостаточно крейсеров, перехватывающих американцев. Необходимы поставки товаров, т.к. у чукчей нет ни одного русского ружья, а только американские. Там, куда заходят американские шхуны, чукчи курят только американский табак, а от русской махорки отказываются, не в пример тем, которые прибывали на «Алеут» в более южных районах, и были такие охотники до русской махорки, что даже отказывались от водки. Чукчи боятся русского крейсера больше, чем грабителей-американцев, так как тот лишает их необходимых припасов. Чукчи просили на шхуне пороху, сухарей и свинца, но ничего этого на борту не было.