Кораблям Сибирской флотилии главной задачей в случае начала боевых действий ставилось содействие сухопутным войскам в обороне Приморья и Приамурья. Для этих целей в её состав включались канонерские лодки, миноносцы различных классов и минные заградители. Первым минным заградителем специальной постройки в составе Российского флота была шхуна (минный транспорт) «Алеут», долгие годы служившая во Владивостоке.

А для командиров эскадр, отправленных на Тихий океан, особо оговаривалось, что их задачей (при плавании в Охотском и Беринговом морях) является защита русских подданных от насилий со стороны иностранных китобоев. Главная же цель создания Тихоокеанской эскадры (в 1870-х гг.) заключалась в защите политических и промышленных интересов России на Тихом океане, в Японии и Китае^{62}. В июне 1880 г. кораблям под командованием контр-адмирала Штакельберга из-за возможности разрыва с Китаем (т.е. начала боевых действий) было приказано сосредоточиться во Владивостоке для его прикрытия. В этот отряд входили фрегаты «Минин» и «Князь Пожарский», клипера «Крейсер», «Джигит», «Наездник», «Разбойник» и «Абрек», а также КР «Азия». Остальные корабли, направленные из Кронштадта во Владивосток (КР «Европа», «Африка», «Забияка» и клипера «Пластун» и «Стрелок»), собравшись в Сингапуре, должны были конвоировать зафрахтованные торговые суда с грузом мин, орудий и другого военного снаряжения^{63}. Приходилось высаживать десанты для защиты русских дипломатических миссий, как это было, например, во время волнений в Корее в 1896 г. Тогда десант из 100 моряков оборонял миссию от восставших^{64}.

А проблемы повседневной жизни решались кораблями, приписанными не к Тихоокеанской эскадре (из состава Балтийского флота), а к Сибирской флотилии[10]. Ежегодно транспорты «Якут», «Тунгуз» и «Камчадал», шхуна «Ермак»[11], канонерские лодки (прежде всего «Манджур»). Иногда в те воды отправлялись парусно-паровые крейсера, минные транспорты (тот же «Алеут»). Они должны были контролировать промысел морского зверя возле берегов России и обеспечивать посёлки на побережье. Приходилось этим кораблям обеспечивать передвижение представителей власти в отдалённые районы региона. Так, корвет «Витязь», под командованием С.О. Макарова в 1887 г., совершил плавание по берегам Приморья с великим князем Александром Михайловичем и епископом Гурием (заливы Посьета и Америка, ныне Находка), а в 1888 г. доставил на Командорские острова и Камчатку епископа Гурия с его приором и вице-адмирала Шмидта с его флаг-офицерами^{65}.

Кроме боевых кораблей за сибирскими флотскими соединениями числились и вспомогательные суда Они обеспечивали боевую подготовку кораблей и их повседневную службу. Для этих целей в составе Владивостокского порта в 1901 г. числились плавучие краны (на 50 и 100 т), разъездные катера (барказы) «Рабочий», «Суйфун» и «Курьер», посыльные катера «Усердный», «Польза», «Находчивый», портовые суда (буксиры) «Удалой» и «Проворный» и ледокол «Надёжный»[12]. Кроме того, имелись две водоналивных и 10 грузовых барж. Для брандвахты использовалась старая канонерская лодка «Горностай».

Помимо кораблей в состав Сибирской флотилии входили: экипаж, управление порта, дирекция лоции и маяков, заведующий минной частью со своими складами и пристрелочной станцией. Минная часть флотилии, несмотря на небольшое число кораблей, работала весьма напряжённо. Так, на начало века каждый из миноносцев флотилии выстреливал в год 47 — 53 торпеды, а миноноска (фактически катер водоизмещением 30 т) — от 32 до 41 торпеды или инерционной мины[13]. Всего находившиеся в кампании корабли в 1901 г. произвели 291 выстрел торпедами^{66}. Подготовка минёров во флотилии велась с привлечением минного транспорта «Алеут». На нём на подходах к Владивостоку осуществлялись учебные постановки мин с использованием катеров для оборудования минных плотиков. Подготовка матросов и старшин в то время требовала специальных учебных походов. Для подготовки старшин (тогда эта категория личного состава именовалась унтер-офицерами) боцманской специальности (ученики-квартирмейстры) в 1901 г. «Разбойник» совершил плавание в Мозампо^{67}.

После окончания Русско-японской войны основной задачей оставшихся на Дальнем Востоке кораблей станет оборона района Владивостока. Особое значение при этом будет придаваться минному и торпедному оружию. Будет сформирован отряд минных заградителей («Монгугай», «Алеут», «Уссури» и КЛ «Манджур»)^{68}. В проливе Босфор Восточный будут намечать установку береговых ТА (решёток, как тогда их называли). Основными кораблями флотилии будут миноносцы и подводные лодки, основное оружие которых — это торпеды. Поэтому в ходе боевой подготовки будет интенсивно отрабатываться их применение. Уже летом 1905 г., до 23 июля, подводные лодки произвели 68 выстрелов (больше всего ПЛ «Касатка» — 33 выстрела), даже малютка «Форель» произвела 4 выстрела торпедами. Опыт стрельб выявил конструктивные недостатки оружия подводных лодок. При вводе ПЛ в строй ПЛ «Фельдмаршал граф Шереметев» были проведены 8 стрельб, из которых только три успешных. Установленные на ПЛ ТА конструкции Джевецкого в четырёх случаях дали разброс по направлению в 30 — 40°, а 2 раза торпеды зависли в аппаратах^{69}. Когда лодки были в достаточной мере освоены личным составом, количество стрельб уменьшилось. Так, летом 1908 г. лодки произвели всего 6 стрельб. Да и погружались лодки не часто. Исправные лодки дивизиона выполнили за год от 6 до 1 (!) погружения^{70}. Так будет продолжаться до Первой мировой войны. В 1913 г. лодки дивизиона произведут всего 10 выстрелов торпедами^{71}. Проблемой было закрепление на службе опытного личного состава. Так, в отчёте минного офицера дивизиона подводных лодок лейтенанта фон дер Рааб-Тилена указывалось, что на сверхсрочную службу осталось всего 2 человека. И здесь конкурентом военной службе было развивающееся электрохозяйство Владивостока. Моряки-подводники имели хорошую подготовку по использованию электричества, а им предлагали работу с окладом 150 рублей на всём готовом «без соблюдения трудностей военной службы»^{72}. Кстати, интересно, что моряки-подводники, которые участвовали в сборке доставленных во Владивосток ПЛ, получали за это дополнительную плату — по 36 коп. в сутки!^{73} Ну а постоянная нехватка подготовленного личного состава была хронической болезнью Российского императорского флота. Офицеров постоянно переводили с корабля на корабль для обеспечения выходов в море. Для Владивостока это особенно сказывалось потому, что его транспортные суда должны были доставлять грузы на север страны, вести охрану побережья и природных ресурсов, ловить браконьеров и пиратов. Из-за этого страдало качество боевой подготовки и освоение новой техники. Но освоение новых кораблей (прежде всего ПЛ) почему-то вызвало наибольший интерес не у морского, а у сухопутного командования. Так, в сентябре 1908 г. были проведены учения у залива Стрелок по атаке лодками дивизиона КР «Аскольд», на борту которого находился командовавший войсками Приамурского округа инженер генерал Унтербергер. Лодки были развёрнуты: ПЛ «Скат» у о. Унковского; ПЛ «Касатка» в б. Открытой; «Плотва» в б. Павловского; «Бычок»[14] у м. Бартенева (восточная часть о. Путятин); «Щука» и «Дельфин» у северной части о. Путятин; «Налим» у кекуров Пять Пальцев (к югу от Путятина). Несмотря на плохую погоду (сильный ветер с дождём) командиры лодок сумели выйти в атаку. Затем все 12 лодок дивизиона прошли в кильватерной колонне мимо крейсера. Генерал Унтербергер осмотрел ПЛ и их базу в б. Разбойник. В октябре лодки совершили поход в бухту Находка. Переход оказался тяжёлым. Из-за сильного ветра угорел экипаж ПЛ «Бычок» (выхлопные газы ветром задувало в корпус лодки). Вообще, бензиновые двигатели причиняли множество неудобств при обращении с ними. Так, на ПЛ «Касатка» 11 ноября того же года взорвались пары бензина, при этом погиб машинист Трушкин^{74}.