В Комитет регулярно поступала информация о численности армий европейских государств, их вооружении и обучении. Одним из направлений работы становилось изучение возможностей проведения операции но захвату черноморских проливов и «освобождению Константинополя» от «османского владычества». Все это тщательно изучалось и анализировалось штабными работниками, и все это стало в будущем основой оперативно-стратегических планов России накануне Второй Отечественной войны. В 1902 г., во время служебной командировки в Одесский военный округ, Михаил Васильевич присутствовал на окружных маневрах, проводившихся совместно с Черноморским флотом. Была проведена довольно сложная но тем временам операция — высадка десанта, при поддержке корабельной артиллерии. Однако Алексеев остался не вполне удовлетворен результатами учений, отмечая в отчете недостаточную оперативность десанта при погрузке и высадке, а также необходимость более смелых и точных действий командования, офицеров и матросов флота.
Успешно продолжалась и преподавательская деятельность Алексеева. С ноября 1893 г. он начал проводить занятия по уже привычному для него курсу тактики в Николаевской академии Генерального штаба. Более двадцати лет основным учебным пособием по этой дисциплине был учебник, написанный генералом Драгомировым, профессором кафедры тактики, являвшимся начальником Академии до 1889 г. Алексеев стремился по-новому, самостоятельно подойти к изложению материала и всегда отдавал предпочтение практике перед теорией.
В 90-е гг. обучение в Академии в очередной раз корректировалось. В учебный план, но инициативе генерал-майора Д.Ф. Масловского, был — «в виде опыта» — включен курс истории русского военного искусства. Хронологически лекции охватывали период с начала XVII века до середины XIX века включительно. Однако изучение последних по времени сражений Русско-турецкой войны 1877—1878 гг. не проводилось, в частности, из-за порочного стремления академического руководства исключить возможную отрицательную критику лекторами действий еще здравствующих военачальников, участников боевых операций на Балканах.
К концу 90-х гг. активным сторонником утверждения нового учебного курса являлся почетный член Русского военно-исторического общества полковник А.З. Мышлаевский. В его ходатайстве от Академии перед начальником Главного штаба указывалось, что «история… русского военного дела не нашла себе места ни в общем курсе истории военного искусства, ни в военной истории, которой не дозволяли останавливаться над деяниями русских полководцев». Просьба была удовлетворена, и в июне 1898 г. приказом но Военному ведомству в составе Академии была создана самостоятельная кафедра Истории русского военного искусства, реорганизованная позднее в кафедру Истории военного искусства. Впервые богатейший опыт отечественной и зарубежной военной истории стал изучаться комплексно, с учетом возможного его применения в будущем, а военно-патриотическое воспитание русского офицерства получило при этом дополнительный стимул.
Создание новой кафедры потребовало привлечения новых профессорско-преподавательских кадров. Первым ординарным профессором новой кафедры стал полковник Мышлаевский, а и.д. экстраординарного профессора был назначен полковник Алексеев (с 26 августа 1898 г. по 24 декабря 1901 г.). В дополнение к курсу тактики ему поручалось проведение занятий по курсу отечественного военного искусства по темам, связанным с историей XVIII столетия. Нужно отметить, что подобного рода назначение на преподавательскую работу в Академию се недавнего выпускника было в то время явлением исключительным. Ведь Алексеев не имел значительных ученых трудов и не имел еще достаточной известности в военно-научных кругах. Впоследствии он прошел через все ученые звания в Академии, став ординарным (с 24 декабря 1901 г. по 6 июня 1904 г.), а затем — заслуженным профессором Николаевской академии Генерального штаба (с 6 июня 1904 г.). Будучи начальником штаба Киевского военного округа, был избран почетным членом Конференции Императорской Николаевской военной академии (16 декабря 1908 г.){11}.
К каждой лекции Алексеев тщательно готовился, стремился не упустить ни малейшей детали в том или ином вопросе учебной программы. Появились его первые научные публикации. Особое внимание Алексеев уделял при этом военному искусству А.В. Суворова. Но воспоминаниям Кирилина, «работать приходилось по 15—20 часов в сутки, причем М[ихаил] Васильевич] был всегда… не мрачным педагогом, а веселым и жизнерадостным собеседником». Эту оценку Кирилина следует относить, по сути, к любимому и хорошо проводимому Алексеевым курсу тактики.
Правда, но свидетельству Генерального штаба генерал-майора Б.В. Геруа, не всегда его лекции воспринимались с интересом. Во внешности профессора «ничего не было от Марса. Косой, в очках, небольшого роста. В лице что-то монгольское, почему его иногда звали “японцем”. Он… провел всю свою службу Генерального штаба в кабинете, занимая ответственные должности в Главном Управлении Генерального штаба, а в Академии — работая по кафедре русского военного искусства… Алексеев был коллегой Мышлаевского и читал курс, относившийся к эпохам Елизаветы и Екатерины II. Лектор он был плохой, привести в законченный вид и напечатать свой курс не имел времени, но практическими занятиями руководил превосходно».
Схожую оценку лекциям Алексеева, в также резких выражениях, следуя очевидной советской конъюнктуре, годами позже давал будущий генерал-майор Красной армии Л.Л. Игнатьев: «Чтение второй части этого предмета (русское военное искусство. — В.Ц.), посвященной послепетровской эпохе, было поручено тихому и незаметному полковнику Алексееву, изучившему ее со свойственной ему дотошностью до мельчайших деталей. Но чем больше он их нам преподносил, тем меньше мы получали представления о елизаветинских кирасирах и павловских гренадерах. Даже походы бессмертного Суворова изучались нами с большим интересом по печатным источникам, чем по лекциям Алексеева. Трудно понять, какие качества в этом усердном кабинетном работнике, лишенном всего, что могло затронуть дух и сердце слушателя, выдвинули его впоследствии фактически на пост русского главнокомандующего. Гораздо более ясен дальнейший и последний этап его карьеры: бедное талантами белое движение вполне могло удовлетвориться таким вдохновителем, как Алексеев»
Однако полностью противоположная оценка давалась в воспоминаниях Богаевского, бывшего николаевского юнкера-кавалериста, прослушавшего курс русской военной истории у профессора Алексеева. «Он был все тот же. Прибавилось только седины на голове, но так же бодро смотрели маленькие глаза из-под суровых бровей, таким же отчетливым, звонким голосом читал он нам — как когда-то “администрацию” — о чудесных Суворовских походах, вместе с своими внимательными слушателями переживая и восхищаясь подвигами наших чудо-богатырей, и в живом рассказе его перед нами вставали величественные боевые картины давно минувших дней славы и побед доблестной Русской армии… Мы, молодые офицеры, будущие “колонновожатые” учились уважать и любить наше славное боевое прошлое, учились любить великих вождей России, своим гением и трудами заставивших весь мир уважать и ценить нашу Родину и ее Армию…
Во время экзаменов М.В. все так же доброжелательно, как и к юнкерам, относился к нам. Я не помню случая, чтобы он поставил кому-либо дурную отметку и тем испортил бы всю службу офицера. По себе зная, какой тяжкий труд приходится нести слушателю Академии, он был снисходителен к случайным ошибкам и никогда не был сухим, черствым педантом»{12}.
Снова обратим внимание на методику оценки знаний на экзаменах у профессора Алексеева. Не стремление «завалить» нерадивого слушателя Академии, а, прежде всего, стремление добиться знания предмета — это продолжало отличать Михаила Васильевича в его педагогической работе.
Период жизни с 1890 по 1904 г. был, пожалуй, наиболее спокойным и результативным в его биографии: завершилось обучение в Академии, успешно складывалась карьера в Генштабе, наладилась семейная жизнь. За это время Алексеев стабильно продвигался по служебной лестнице, обретя «по выслуге лет», «за беспорочную службу» многое и в наградах, и в чинопроизводстве. С 25 января 1899 до 5 августа 1900 г. он работал в должности старшего делопроизводителя канцелярии Военно-учебного комитета. Был последовательно награжден орденами Святого Станислава 2-й степени, Святой Анны 2-й степени, Святого Владимира 4-й степени с бантом и Святого Владимира 3-й степени. 5 апреля 1898 г. был произведен в чин полковника.