По воспоминаниям работавшего с Алексеевым в то время в ГУГШ 2-го обер-квартирмейстера (разрабатывался план развертывания сил на Западном фронте — от границ со Швецией до Румынии), его сослуживца еще по Казанскому полку, генерал-майора В.Е. Борисова, «Алексеев, состоявший до этого назначения Начальником оперативного отделения Главного штаба, а во время Русско-японской войны — генерал-квартирмейстером штаба 3-й армии, знал ход всего стратегического делопроизводства и историю всех стратегических, организационных и военно-административных начинаний». Богатый опыт штабной работы на самых различных должностях, знания по истории военного управления, полученные во время проведения курсов истории военного искусства, — все это содействовало Алексееву в разработке и обосновании его проектов эффективной перестройки системы командования войсками.

Не оставались забытыми и «полевые выходы». На время лагерных сборов под Красным Селом (со 2 мая по 4 сентября 1907 г.) Алексеев принял командование над 1-й бригадой 22-й пехотной дивизии (85-й пехотный Выборгский Императора Германского Вильгельма II полк, 86-й пехотный Вильманстрандский полк, 87-й пехотный Нейшлотский полк и 88-й пехотный Петровский полк). 13 июля 1907 г. бригада была поднята по тревоге и прошла Высочайший смотр. В последующие дни бригада выполняла различные вводные задания, но, по собственному признанию Алексеева, далеко не самым лучшим образом. Мешали проливные дожди летнего петербургского сезона. Кульминацией стали маневры 31 июля. Как описывал их Михаил Васильевич, «нам выпала незавидная доля. 22-я дивизия маневрировала против кавалерийского корпуса, начальство над которым принял не кто иной, как сам (Великий князь) Николай Николаевич. За это на разборе вечером того же дня, после Царского обеда, и досталось же нам! Секли все, кто только мог, изрекая такие замечания, которые в наших трактатах не найдешь… А в общем ушел я с этого разбора с каким-то дрянненьким осадком и, вернувшись домой около 12 часов ночи, отказался даже от чая и улегся спать для восстановления равновесия в настроений». В начале августа маневры закончились. «Маневренный сезон приходит к концу, — писал Алексеев, — и, с Божией помощью, благополучному в смысле здоровья, ну а в отношении оценки — дело их, то есть здешнего высокого начальства».

1907 год стал не только последним годом первой русской революции. В 1907 г. Россия вступала в эпоху реформ, связанных с именем П.А. Столыпина, в период серьезных перемен во всех сферах государственной и общественной жизни. В ГУГШ Алексеев выступал с предложениями реформ военного аппарата. Не случайно он, а также новый начальник Академии Генерального штаба генерал от инфантерии Ф.Ф. Палицын, считались несомненными авторитетами среди участников кружка молодых генштабистов, иронично называвшихся в среде петербургской политической элиты «младотурками» (по аналогии с деятелями революционно-демократических перемен в Османской империи). В эту группу входили вернувшиеся с фронтов Русско-японской войны будущие известные лидеры Белого движения, соратники Алексеева — полковник Л.Г. Корнилов (бывший ученик Алексеева в Академии Генштаба), капитаны С.Л. Марков, И.П. Романовский, А.А. Свечин. Талантливая молодежь проявляла завидную активность: «Писались доклады, читались сообщения, устраивались взаимные собеседования; образовался тесный кружок людей, задавшихся целью привить армии новые тактические идеи, усилить в техническом отношении, создать из нее настоящее боевое оружие». Были установлены контакты с членами 3-й Государственной думы, в частности с А.И. Гучковым, пользуясь поддержкой которого надеялись на успешное прохождение через новообразованный российский «парламент» разрабатываемых Генштабом законопроектов.

Но если Алексеев, по причине «обстановки и положения» и «склада натуры», не мог «высказаться с прямолинейностью и порой даже резкостью» по проблемам военных преобразований, то, например, Корнилов не колебался в отстаивании своего мнения перед вышестоящими начальниками, хотя бы ценой потери престижной должности в столице. С легкого пера известной эмигрантской писательницы Н. Берберовой, этот, вполне легальный, кружок стал позднее одной из основ для создания некоей «Военной ложи», якобы готовившей государственный «переворот» в союзе с думской оппозицией, хотя подобное утверждение не подтверждается какими-либо объективными документальными свидетельствами. «В своем докладе в 1925 г. в Париже Маргулиес (известный масон, член французской ложи “Великий Восток”. — В.Ц.), касаясь этого периода, между прочим упоминает петербургскую “Военную ложу”, в которую краткое время входили А.И. Гучков, генерал Василий Гурко, Половцев и еще человек десять — высоких чинов русских военных… Генералы Алексеев, Рузский, Крымов, Теплов и, может быть, другие были с помощью Гучкова посвящены в масоны… Генерал Михаил Васильевич Алексеев, войдя в Военную ложу с рекомендацией Гучкова и Теплова, привел с собой не только Крымова, но и других военных. В этом свете становится понятно, почему именно генералы Алексеев и Рузский приняли участие вместе с Гучковым (и Шульгиным — не масоном) в процедуре подписания царем акта отречения».

О реальной подготовке «дворцового переворота» — впереди, а здесь пока следует отметить, что Алексеевым в ГУГШе был разработан план улучшения штабной работы. Примечательно, что его основой стали усвоенные Михаилом Васильевичем но курсу истории военного искусства положения оперативно-стратегических документов Наполеона I, например, декрета 1805 г. «О Большой Армии». По воспоминаниям генерала Борисова, «кровавый опыт утверждал декрет Наполеона 1805 года». Таким же образом «кровавый опыт» Русско-японской войны становился крайне важным для усовершенствования российского «Положения о полевом управлении войск». Алексеев был убежден, что «1) операции требуют, чтобы они велись исключительно одним лицом, не развлекаемым делами текущей жизни; 2) это лицо должно ежеминутно знать до деталей положение своих и неприятельских сил и оперативные распоряжения своих и неприятельских сил, и оперативные распоряжения своих низших инстанций, и 3) при Главнокомандующем (полководце) необходимо должны состоять генералы не только Генерального штаба, но и артиллеристы, военные инженеры и другие»^{16}.

Алексеев утверждал, что роль «полководца», иными словами — Верховного Главнокомандующего, должна быть максимально освобождена от «текущей» штабной работы с той целью, чтобы сосредоточиться на выработке стратегии военных действий. При этом работа штаба должна строиться на основе четкого разделения функций каждого отдела, определения должностных полномочий каждого работника, должна стать максимально приспособленной к решению сложных стратегических и тактических задач. У генерал-квартирмейстера, например, должно быть достаточное количество помощников для того, чтобы «резко отделить свою оперативную работу от работы по текущей военно-административной жизни».

Не оставалась без внимания Алексеева и сама Академия Генерального штаба. Им был составлен доклад, в котором предлагалось принципиально изменить порядок поступления в Академию и систему распределения выпускников. В докладе отмечалась целесообразность расширения состава слушателей до 450 человек (при среднем зачислении 300—350 слушателей). А выпускников в обязательном порядке направлять сначала в войска для прохождения стажировки и только затем переводить на службу в Генеральный штаб. Главным критерием отбора в Академию должны были стать не столько успешно пройденные вступительные испытания и последующая учеба, сколько приобретенные до этого опыт строевой службы и боевые заслуги. Тесные контакты с армейской средой позволяли, по мнению Михаила Васильевича, избежать излишнего формализма, «циркулярной бюрократии» при подготовке будущих генштабистов. Необходимо, отмечал Алексеев, «комплектование Генерального штаба поставить вне безусловной зависимости от степени успешности окончания офицерами Академии, обосновав это комплектование на возможно широком выборе из среды офицеров, как получивших высшее военное образование, так и фактически доказавших своей дальнейшей службой но окончании Академии пригодность к несению обязанностей офицера Генерального штаба».