Особое раздражение у Батюшина вызывало безграничное доверие, которым пользовался в Ставке Лемке. Батюшин отмечал, что Лемке «совершенно откровенно говорит о том, как он использовал доверчивость и халатность чинов Ставки — до генерала Алексеева включительно — чтобы похищать секретные военные документы. Он копировал их почти что на глазах у всех и ежедневно в казенных пакетах отправлял их в Петроград с фельдъегерями». Когда же Лемке заподозрили в чрезмерном внимании к военным сведениям, то ему удалось представить свое положение как жертвы «жандармской слежки» и, «базируясь на безграничном к нему доверии генералов Алексеева и Пустовойтенко», обеспечить свою неприкосновенность. «Алексеев, — писал в своем дневнике Лемке, — был вообще возмущен работой жандармов; говорил, что они пересадили в контрразведку политический сыск, совершенно не способны отказаться от него и даже провоцируют, считая это лучшим способом уловления». С большим трудом, не без содействия дворцового коменданта В.Н. Воейкова, Батюшину удалось добиться перевода Лемке из Ставки (2 июня 1916 г.) в ГУГШ.

Как можно заметить, Алексеев, при характерных для него подозрительности и беспокойстве, не доверял работе разведки в борьбе с «внутренними врагами». Здесь играла роль очевидная неприязнь военного цензора вообще к «жандармерии» и «политическому сыску». Думается, однако, что Батюшин несколько преувеличивает степень того влияния, которым пользовался Лемке в Ставке. Ведь непосредственного доступа к секретным картам и схемам этот офицер не имел, а та информация, которую он получал, не имела систематизированного характера. Лемке, но собственному признанию, пользовался несовершенством распорядка дня в Ставке. Зная, что во время завтраков управление генерал-квартирмейстера пустеет, «кроме дежурного по аппаратной внизу», он мог «сделать, что хочешь, со всем, что не заперто». Ему, несомненно, удавалось копировать многие документы, а также собирать разнообразные, подчас противоречивые, слухи, делая на основании их выводы, тщательно заносимые в дневник. Этот дневник можно считать вполне достоверным историческим источником о жизни Ставки в 1915—1916 гг.

Что же касается отношения Алексеева к организации самостоятельных структур спецслужб, то здесь его «пассивность» вполне объяснима нежеланием выделять кадры разведчиков и контрразведчиков из уже имеющихся генерал-квартирмейстерских отделов. Кроме того, создание органов подобного рода должно было получить одобрение Государя, а его отношение к организационным нововведениям в военное время трудно назвать безусловно позитивным. Алексеев, очевидно, считал, что для противодействия шпионажу целесообразно использовать действующие судебно-следственные подразделения и отделы квартирмейстерской части. Разведывательная информация, с точки зрения Михаила Васильевича, была важна не сама по себе, не собранная по принципу «полного мешка», а тщательно отобранная, систематизированная и проанализированная. Так, например, в январе 1916 г. генерал телеграфировал в ответ на собранные начальником штаба Одесского военного округа сведения: «Благоволите относиться критически и вдумчиво к сообщаемым вами агентурным сведениям, не давая ходу явно вздорным. Это вредно. Потребуйте от начальника разведывательного отделения исполнения обязанности не простого собирателя сведений, а офицера, изучающего весь поступающий материал. Нужно уметь разбирать, сличать, оценивать».

Немаловажным для понимания отношения Алексеева к контрразведке следует считать и его негативную позицию к намерениям Министерства внутренних дел поставить, формально и фактически, под свой контроль службу борьбы с военным шпионажем. В этом случае получалось бы опасное совмещение уголовного, военного и политического следственного производства. Поэтому на предложения МВД о реорганизации контрразведки в письме от 12 февраля 1916 г. Алексеев и Пустовойтенко ответили: «1) на театре войны нечего изменять, так как все жандармские организации уже имеют обязанность следить и передавать сведения в контрразведывательные отделения; 2) вне театра военных действий обязать все жандармские учреждения следить за шпионами, но приступать к ликвидации не иначе, как с согласия военных подлежащих властей, т.е. начальников штабов округов, которым по этим вопросам обязан докладывать губернский жандарм».

Тем не менее нельзя не отметить и заслуг Михаила Васильевича в становлении отечественных спецслужб. Еще 1 октября 1915 г. Алексеев отправил главкомам фронтов телеграмму, в которой особо подчеркивал важность тактической разведки в плане информации, получаемой на допросах военнопленных: «В данную минуту нам более, чем когда-либо, важно знать действительную силу и распределение находящихся перед нами австро-германских войск… до настоящего времени наша разведка не дает необходимых сведений, опросы пленных недостаточно тщательны и настойчивы, не выясняется число батальонов в полках, число людей в ротах и батальонах, что часто ведет к преувеличенным выводам о силе противника. Необходимо сосредоточить опрос большинства пленных в штабах армий, произвести тщательную поверку всех имеющихся сведений и устроить более энергичный захват пленных».

Не оставалась без внимания и «стратегическая разведка». В марте 1916 г. Алексеев поддержал инициативу действительного статского советника В.Г. Орлова в деле организации борьбы с австро-немецким шпионажем. С должности военного переводчика, аналогичной должности Лемке, Орлов 2 апреля 1916 г. был переведен на специально созданную для него должность военного следователя но особо важным делам при штабе Верховного Главнокомандующего. Алексеев лично содействовал работе Орлова, с отцом которого он был знаком еще с Русско-турецкой войны. По данным современного историка отечественных спецслужб А.А. Здановича, благодаря работе Орлова «в полосе действий фронта удалось вскрыть крупную нелегальную организацию австрийской разведки, состоявшую почти из 50 человек». Орлов успешно провел «расследование по факту бегства к врагу коменданта одного из корпусов штабс-капитана Янсена». В октябре 1915 г. интерес Ставки привлекло издание в Одессе газеты «Унзер лебен» на еврейском языке. Местные военные власти отметили, что газета с трудом подвергается цензуре, поскольку цензоры-евреи могут пропускать на ее страницы антирусскую, а также шпионскую информацию. Алексеев одобрил решение о закрытии газеты и не согласился с ходатайствами (в том числе членов Государственной думы) о возобновлении издания.

Но наибольший резонанс и весьма заметный эффект имела работа созданной 31 мая 1916 г., при непосредственной поддержке Алексеева, Комиссии для борьбы с военными шпионами и мародерами тыла. Михаил Васильевич активно поддерживал создание структур, ведущих борьбу с экономическими преступлениями. Еще летом 1916 г. с санкции Алексеева был арестован известный банкир Д. Рубинштейн, «переводивший крупные суммы через Скандинавские страны в Германию». Косвенно это наносило удар и по Распутину, знакомому с Рубинштейном и получавшему от него поддержку, и, вероятно, по сионистским политическим кругам.

Комиссию возглавил Батюшин, столь критично относившийся к работе Ставки. «В район этой Комиссии, — но оценке Батюшина, — входила не только территория Европейской России, но и оккупированная часть Персии». Благодаря ее работе вскрылись значительные злоупотребления при продаже сахара крупнейшими сахарозаводчиками-фабрикантами России. Было установлено, что сахар-рафинад «переправлялся нелегальным путем через границу, а затем караванами шел на Багдад для снабжения наших противников». А 26 октября 1916 г. в очередном номере «Правительственного вестника» было опубликовано сообщение об аресте «по распоряжению военных властей на театре военных действий — киевских сахарозаводчиков: Израиля Бабушкина, Авеля Гопнера и Абрама Доброго — за противодействие снабжению армии сахаром, умышленное сокращение выпуска сахара на внутренний рынок Империи и злонамеренный вывоз сахара за границу в ущерб снабжению воюющей армии и населения». Алексееву и Батюшину пришлось преодолевать активное противодействие работе Комиссии со стороны М. Цехановского — Председателя Правления Всероссийского общества сахарозаводчиков. По оценке историка Здановича, в прессе «началась травля и дискредитация Комиссии генерала Батюшина», и «только авторитет создателя Комиссии — Михаила Васильевича Алексеева, его всемерная поддержка, вплоть до докладов Царю как Верховному Главнокомандующему, спасали дело и расследования продолжались».