Между тем в Индонезию продолжали прибывать одна за одной новые эскадры голландцев. 29 апреля 1603 г. в Бантам прибыла эскадра адмирала ван Варвейка из 11 кораблей. Ван Варвейк добился от регента Бантама разрешения построить в городе новую большую каменную факторию. Прежние голландские фактории, принадлежавшие отдельным компаниям, были эвакуированы. Затем вап Варвейк разделил эскадру и направил свои суда в разные концы региона, в Греснк на Яве (здесь его представителю разрешили открыть факторию с условием не воевать на территории этого княжества с португальцами), в Сукадану на Калимантане (здесь голландцы закупили большую партию бриллиантов), на Бали, в Джохор, Паттани и в Сиам.

Ван Варвейк хотел завязать отношения с Сиамом, потому что слыхал, будто из Сиама каждый, год отправляется посольство в Китай. Он направил ко двору короля Наресуана своего посла Корнелиса Спенса с просьбой разрешить последнему присоединиться к сиамскому посольству в Китай. Но в этом году посольства из Сиама в Китай не было. Тогда Спенс передал Наресуану вторую просьбу ван Варвейка — дать голландцам рекомендательное письмо к китайскому императору. И в этой просьбе ему было отказано. Тогда в июне 1604 г. ван Варвейк отплыл в Китай без всяких рекомендаций, но китайцы не допустили его в свои порты. После этого ван Варвейк до марта 1605 г. крейсировал у берегов Южного Вьетнама, перехватывая португальские суда, шедшие с китайскими товарами из Макао. В июле 1607 г. эскадра ван Варвейка вернулась в Голландию. Прибыль этой экспедиции составила 165 %, однако половина этой прибыли образовалась за счет трофеев, захваченных у португальцев [242, с. 39–41].

31 декабря 1604 г. в Бантам прибыла еще более крупная к сильно вооруженная эскадра Стевена ван дер Хагена, специальной задачей которой был разгром испано-португальских опорных пунктов в Южных морях. По дороге эта эскадра уже нанесла ряд сильных ударов по португальским базам в Африке и Индии. В Бантаме ван дер Хаген встретился со своими старыми знакомыми — старейшинами Хиту, с которыми он заключил союз в 1600 г. Они прибыли с просьбой поддержать новое восстание против португальцев, которое назревало на Амбоне.

Эскадра ван дер Хагена направилась на Амбон и 21 февраля 1605 г. бросила якорь против большой португальской крепости в Лейтиморе. Начались приготовления к штурму, но 23 февраля крепость сдалась без единого выстрела. Ван дер Хаген дал крепости название «Виктория» и поместил в нее голландский гарнизон. Эта крепость стала первым территориальным приобретением голландской Ост-Индской компании в Юго-Восточной Азии [158, с. 207; 263, с. 119],

25 февраля 1605 г. ван дер Хаген заключил с амбонцами два договора: один с народом, капитаном (главой общины) и старейшинами Хиту, а второй с регентом (патихом) области Ома — Харуку [96, т. I, с. 32–34].

В обоих договорах амбонцы признавали сюзеренитет Голландии и клялись в верности Генеральным штатам, принцу Нассаускому и вновь назначенному голландскому губернатору Амбона. Все службы и повинности, которые местные жители раньше несли в пользу короля Португалии, они теперь обязывались нести в пользу Голландии. Голландская Ост-Индская компания получала монополию на торговлю с Амбоном. Поскольку на Амбоне жили христиане (католики), мусульмане и анимисты, договор гарантировал свободу всем религиям. Но этот пункт договора соблюдался голландцами только несколько месяцев.

Первым голландским губернатором Амбона был Фредерик Хоутмап, хорошо изучивший индонезийский язык и обычаи этой страны в ачехском плену. К этому времени он перевел на малайский язык основные христианские тексты. Португальских и индонезийских католиков на Амбоне вскоре вынудили принять протестантство. Затем Фредерик Хоутман энергично взялся за крещение мусульман и язычников. Это вызвало напряженность на острове, но голландцы уверенно контролировали Амбон [192, с. 59–60; 280, с. 80].

Подчинив Амбон, голландская эскадра направилась на Молуккские острова. Султан Тернате со своим войском присоединился к голландцам. 2 мая 1605 г. вице-адмирал Корнелис Бастиансзон осадил португальскую крепость на Тидоре. Португальцы упорно защищались и отразили два штурма. При третьем штурме взорвался пороховой погреб, погибли 76 португальцев, а гарнизон лишился боеприпасов. Комендант крепости Педро Альварес дс Абреу начал переговоры о капитуляции. Бастиансзон разрешил португальскому гарнизону свободно отплыть со знаменами и оружием в Манилу. Тернатские воины, сражавшиеся бок о бок с голландцами, собирались разрушить крепость, но Бастиансзон пресек это намерение и поместил в крепость свой гарнизон [132, с. 185; 158, с. 207; 242, с. 51].

В то время как шла борьба за Тидоре, адмирал ван дер Хаген с частью эскадры прибыл на острова Банда. Здесь уже несколько лет существовали две голландские фактории, скупавшие у населения мускатный орех. Двое голландцев, тесно общавшихся с мусульманским населением острова Банда Найра, перешли в ислам. Богобоязненные соотечественники решили их убить. Новообращенные мусульмане укрылись в доме главы мусульманской общины острова. Голландцы ворвались в этот дом и убили «изменников». Это вызвало всеобщее восстание банданцсв. Часть голландцев была убита, остальные бежали на остров Серам, откуда глава голландской фактории Якоб де Биттер послал ван дер Хагену донесение о случившемся [242, с. 51–52].

Ван дер Хаген «замирил» острова Банда, и 13 июля 1605 г. заставил старейшин островов подписать договор с голландской Ост-Индской компанией [96, т. I, с. 36]. Первый пункт договора был посвящен взаимной веротерпимости (впрочем, голландцы вскоре нарушили это обещание). Голландцам предоставлялась монополия на скупку мускатного ореха и мускатного цвета по установленным в договоре низким цепам. Банданцы обещали во всем поддерживать представителя голландской Компании старшего купца Хендрика ван Бсргсля. В этом договоре не было речи о голландском сюзеренитете. Это был только договор о торговле и дружбе. Однако в 1606 г. голландцы объявили ван Бергеля губернатором островов Банда и, таким образом, явочным порядком как бы аннексировали эти острова. Однако до полного покорения банданцев было еще далеко.

После поражения 1605 г. португальцы больше уже не вернулись на острова Пряностей. Они были слишком заняты отражением массированной голландской атаки на Малакку, начавшейся в 1606 г. Однако в марте 1605 г. в Молуккском архипелаге появился большой испанский флот из 32 кораблей, снаряженный в Маниле, под командованием адмирала Педро да Кунья. Испанцы атаковали бывшую португальскую крепость на Тидоре и легко выбили из нее немногочисленный голландский гарнизон. Быстро подчинив Тидоре, испанцы обрушились на Тернате. Солдаты Педро да Куньи огнем и мечом прошли по острову. Большая часть населения и султан Саид-уд-дин эмигрировали, однако испанцам удалось вероломно захватить султана и увезти в Манилу, где его держали до самой смерти, надеясь обратить в католичество. Испанские укрепленные посты были основаны на всех мелких островах Молуккского архипелага. Оставшееся население ушло в горы и вело партизанскую войну [132, с. 185; 158, с. 209; 192, с. 60; 242, с. 55].

Испанское нашествие крайне ослабило некогда могущественный султанат Тернате. Новый султан, ребенок, с частью тернат-ских вельмож скитался по Хальмахере. Его опекун, вице-король Тернате Хидаят, решил обратиться за помощью к голландцам и направил посольство в Бантам к находившемуся там адмиралу Корнелису Мателиффу. 10 мая 1607 г. эскадра Мателиффа из 8 кораблей прибыла на Тернате. Выбить испанцев с Молукк Мателиффу оказалось не под силу, он отвоевал только восточную половину Тернате, где построил крепость, названную им «Форт Оранжи».

Над западной половиной Тернате господствовала испанская крепость Гамламо, голландцы же возвели малые укрепления на мелких островах Молукк. Чтобы закрепить свой половинчатый успех, Мателифф 26 мая 1607 г. подписал договор с султаном Тернате [96, т. I, с. 50–53]. По этому договору султанат Тернате признавал Генеральные штаты Нидерландов своим протектором, а султан отныне оплачивал расходы голландских гарнизонов в своих владениях. Обе стороны клялись не заключать сепаратный мир с Испанией либо ее вассалом Тидоре. Голландская Ост-Индская компания получала монополию на торговлю тернатской гвоздикой. Комендантом голландской крепости на Тернате и по совместительству губернатором Молукк был назначен Геррит Герритсзон. Этим актом было положено начало голландскому владычеству на Молукках [96, т. I, с. 50–53; 263, с. 123; 280, с. 80].