Дальнейшую работу над проектом направлял майор Фишер, командир FAG 5 — части дальней разведки, взаимодействующей с подводными лодками. 16 октября 1944 года Фишер потребовал увеличить дальность полета до 8000 км. От Ju 635 он ожидал также большой скорости, достаточной для того, чтобы уходить от истребителей союзников.

Хейнкель постепенно передавала свои проекты, которые находились на стадии предварительных набросков. 25 октября началась проработка двигательной системы. За этот участок работ отвечал инженер Якш, а доктор Гофман работал над кабиной. Всю работу координировал доктор Вессель из Ораниенбаума, он же разрабатывал общую конструкцию фюзеляжа. Снова перепроектировали центроплан, увеличив его ширину до 7,5 м и увеличив его профиль до 15,5 %.

Тем временем Дорнье подготовил макет одного фюзеляжа. 27 октября макет отправили для инспекции в Дессау вместе с одним Do 335.

В ходе дальнейших работ рассчитали необходимый запас топлива и массу самолета. При этом выяснилось, что колеса 520x1440 мм, взятые у Ju 352В-2, оказались маловаты. Тем не менее, 1 ноября 1944 год RLM заказало макет самолета.

Вместе с контрактом на строительство макета самолету присвоили обозначение Ju 635, а также были заказаны четыре прототипа и шесть предсерийных машин. Всего планировалось выпустить 20 машин. Самолет планировалось оснастить двигателями DB 603E.

Сопоставив все предъявляемые к самолету требования, конструкторы выяснили, что потребуются серьезные переделки. В период с 3 по 18 ноября перепроектировали фюзеляжи так, чтобы в них разместить четыре дополнительных топливных бака. Еще два бака разместили в бомбоотсеке. При этом запас топлива довели до 17530 л. Однако размещение баков в бомбоотсеке было неверным, поскольку там уже предполагалось установить две камеры Rb 50/30,250-литровый бак для GM-1 и 5 60-кг бомб. Пилот и штурман-оператор радара находились в общей кабине в левом фюзеляже, место второго пилота находилось в правом фюзеляже. Предусматривалась возможность увеличить экипаж до четырех человек. Места штурмана и второго пилота были оборудованы астронавигационным оборудованием. Запас кислорода для экипажа обеспечивал восемь часов полета на большой высоте. Перепроектировали шасси, оснастив их брызговиками, защищающими воздухозаборники радиаторов от камней и грязи, летящих из-под колес при взлете и посадке. Предполагалось, что при взлете будут использоваться два навесных ракетных ускорителя с тягой 20 кН (2190 кг).

Заказанный Do 335 прибыл в Дессау 14 ноября 1944 года. Спустя две недели, 27 ноября майор Фишер и обер-лейтенант Мюллер ознакомились с макетом фюзеляжа Ju 635. Они приняли кабину самолета, предложив лишь заменить водяную систему отопления более простой электрической.

К середине декабря 1944 года подготовили схему размещения радиооборудования: FuG 10 или FuG 10КЗР (радиостанция с проволочной антенной, растянутой между левым фюзеляжем и серединой центроплана), Peil G6 (радиопеленгатор, установленный перед бомбоотсеком левого фюзеляжа), FuG 15Z или FuG 16 (ВЧ-радиотелефон с антенной в левом горизонтальном стабилизаторе), Fu B1 2 (система для посадки вслепую в левом фюзеляже), FuG 101 (радиоальтиметр с антенной под правым крылом), FuG 25A (устройство «свой-чужой»), FuG 217 (радар задней полусферы с антенной в киле), FuG 200 «Hotentiel» (морской радар для атаки надводных целей, позднее его планировалось заменить радаром FuG 224 «Berlin А»). Как видно, Ju 635 был начинен электроникой не хуже современного AWACS.

Некоторое время рассматривалась возможность выноса фотокамер за пределы фюзеляжа, однако в RLM решили, что камеры должны размещаться также, как на Do 335A-4/B-4. При необходимости самолет можно было оснастить трехметровым понтоном и системой сигнализации Schwan-See FuG 302с, а также комплектом маркеров. Кроме того, самолет получил мощное вооружение, защищающее заднюю полусферу.

Ознакомившись с машиной, находившейся в Дессау, свое слово высказал летчик-испытатель фирмы Junkers Зигфрид Гольцбаур. Он раскритиковал машину за плохой обзор назад и за слишком вялую, по его мнению, работу закрылков. При больших скоростях самолет начинал рыскать, причем этот недостаток, как уже говорилось выше, устранить не удалось. Была лишь надежда, что проблему удастся решить на Ju 635.

До конца декабря 1944 года успели разработать гидравлическую систему уборки шасси, автопилот и концепцию расположения радара. Доработали ряд других узлов. Закрылки спроектировали так, что выпускавший их механизм можно было втиснуть внутрь их самих. Это позволило освободить дополнительное место внутри крыла, которое тут же заняли дополнительные топливные баки, а также баки с воднометанольной смесью MW-50. Крылья и хвостовое оперение оснастили системой антиобледенения. Автоматическая система пожаротушения заливала пеной двигательное отделение и топливные баки. Параллельно дорабатывалась конструкция кабины и винтов. Все эти работы шли в тот момент, когда каждому из участвовавших в проекте было очевидно, что Ju 635 не имеет ни малейшего шанса воплотиться в металле. Война подходила к концу, а люфтваффе не было никакого дела до патрульного самолета. Требовались только истребители, способные бороться с бомбардировщиками союзников.

Тем не менее, рабочий план с немецкой пунктуальностью расписывал ход проектных работ, словно не было никакой войны и не было бесчисленного количества проблем. Например, в январе 1945 года план предусматривал завершение предварительных проектных работ и постройку модели для испытаний в аэродинамической трубе. Выяснилось, что самолет имеет асимметричную аэродинамику, то есть воздушные потоки на одном крыле располагаются иначе, чем на другом. Параллельно велись работы над вооружением самолета. RLM предложило, чтобы Ju 635 был вооружен четырьмя пушками MG 151/20, размещенными в фюзеляже и защищающими заднюю полусферу. Альтернативный проект предусматривал установку дистанционно управляемых турелей FDL 151Z, FDL-B или FDL–C с такими же пушками. Кроме того, самолет должен был нести и наступательное вооружение.

В письме от 17 января Циндель высказался против таких планов, поскольку они бы резко ухудшили летные качества машины. В качестве основного средства защиты от союзнических истребителей Циндель предлагал использовать преимущество в скорости и большой запас хода, позволявший легко уходить из зоны действий авиации противника. Например, разведывательные самолеты «Mosquito» заслужили репутацию несбиваемых, а ведь Ju 635 мог обогнать «Москита». Кроме того, Циндель предложил использовать на самолете вместо бензина В4 с октановым числом 87 бензин СЗ с октановым числом 100. Это позволило бы поднять мощность двигателей и значительно повысить летные характеристики самолета. Однако в RLM ответили, что бензин СЗ в настоящее время недоступен. Вместе с тем было разрешено сохранить катапульты кресел экипажа. Вскоре стало ясно, что проект Ju 635 зашел в тупик. Желая получить с него хоть что-то, RLM разрешило продать Японии лицензию, на Ju 635. Самолет произвел на японцев огромное впечатление. 18 января 1945 года должна была состояться передача комплекта документации. Однако промышленность Страны Восходящего Солнца находилась к тому времени в таком удручающем состоянии, что просто не смогла бы наладить выпуск такого сложного самолета. 5 февраля 1945 года программу официально закрыли. Профессор Гертель получил сравнительные данные по Ju 635/4, Huetter Hu 211 и Ju 488. Ju 635 заметно проигрывал конкурентам. Это обстоятельство стало последним гвоздем в крышку гроба проекта Ju 635.

Прототип Do 335V1 сверху (борта и верх фюзеляжа, верхние стороны крыльев) был выкрашен краской RLM 71 Dunkelgruen. Снизу (нижняя сторона фюзеляжа и крыльев) была покрашена краской RLM 65. Винты вместе с обтекателями втулки в соответствии с правилами были покрыты краской RLM 75 Schwarzgruen.

Последующие прототипы и серийные машины имели стандартный заводской камуфляж. Верхние и боковые стороны самолета покрывали пятнами красок RLM 71 и RLM 70. Пятна были регулярные и имели границу плавного перехода шириной около 2,5 см. Такой же плавный переход имелся и на границе с нижним камуфляжем, который представлял собой сплошной фон RLM 65. Такую окраску имел Do 335V3, у которого краской RLM 65 был дополнительно выкрашен нижний киль. Следующие машины вплоть до V9 (кроме V4 и V5) окрашивались также, но оба киля у них несли верхний камуфляж. Лишь у V7 и, возможно, V6, нижний киль был окрашен как у V3. Следует заметить, что камуфляж Do 335 соответствовал камуфляжу, применяемому в бомбардировочной и разведывательной авиации.