Следующим законченным прото­типом стал Do 335V4 (CP+UD, W.Nr. 240004). Однако из-за технических про­блем самолет поднялся в воздух лишь 9 июля. Пока тянулась эта пауза, в строй успели встать еще пять прототи­пов. V4 имел новое крыло размахом 18,4 м. Это крыло спроектировали на фирме Heinkel и предназначалось оно для модификации Do 335B-4. Новое крыло отличалось большим удлинени­ем, характерным для планеров, что позволяло увеличить дальность поле­та и потолок. Хейнкель создавал это крыло для самолета Huetter Hu 211 -высотного ночного истребителя на базе Не 219. Позднее, на Do 335B-4 лишь увеличили размах крыла, сохра­нив без изменения его геометрию.

Все четыре первые прототипа не несли вооружения. Лишь на Do 335V5 (CP+UE, W.Nr. 230005) установили длинноствольную пушку МК 103 ка­либра 30 мм, стрелявшую через вал переднего винта и расположенную в развале блока цилиндров. Первона­чально рассматривалась возможность установить на это место пушку МК 108 того же калибра, но имевшую боль­шую скорострельность. Однако пре­имуществом МК 103 была почти в два раза большая начальная скорость сна­ряда, что обеспечивало значительную эффективную дальность огня. Над мо­тором установили две 20-мм пушки MG-151/20. При этом самолет имел возможность брать в бомбоотсек 500 кг бомб.

Do 335V5 свой первый полет совер­шил в феврале 1944 года, после чего его передали в исследовательский центр в Тарневице. Тут провели первые проб­ные стрельбы. К сожалению, неустой­чивость самолета снова дала о себе знать, и испытания закончились пол­ным провалом. На любых скоростях, самолет так и не смог поразить цель. Это поставило крест на карьере само­лета как истребителя, по крайней мере, до тех пор, пока проблему не удалось бы разрешить. Несмотря на это, в фев­рале был уточнен план, согласно ко­торому серийный выпуск Do 335 пред­полагалось начать на фирме Luther Jordan в Брунсвике. Однако, из-за пе­регрузки фирмы другими заказами и затягиванием с доводкой прототипов, план остался невыполненным. 30 сен­тября 1944 года Do 335V5 передали в Рехлин, потом вернули в Менген, где он летал в составе Erprobungskommando 335 (Ekdo 335).

25 марта 1944 года в воздух поднял­ся следующий прототип - Do 335V6 (CP+UF, W.Nr. 230006), предназначен­ный для испытаний оборудования. На этом прототипе испытывался, в част­ности, радиоальтиметр FuG 101. По­леты на шестом прототипе проводил Альтрогге. Вероятно (хотя точной ин­формации нет), V6 был дублером V7 в программе испытаний двигателя Jumo 213, проводившихся летом 1944 года на фирме Junkers в Дессау.

До этого времени испытания про­тотипов проходили без серьезных про­блем. Единственным серьезным недо­статком была недостаточность системы охлаждения заднего двигателя. 15 апреля (в литературе также сообщают­ся даты 14 и 16 апреля) Дорнье поте­рял один прототип и пилота. Во время полета на малой высоте у Do 335V2 загорелся задний двигатель. Огонь, по-видимому, повредил тяги рулей, и не­управляемый самолет рухнул на склад снарядов зенитной артиллерии в рай­оне Меммингена. Пилот Вернер Альтрогге не сумел покинуть самолет и по­гиб под его обломками. По правде го­воря, ни о каких обломках и речи не было. Взрыв склада боеприпасов раз­веял тело пилота и самолет в мелкую пыль. Место погибшего летчика занял флюгкапитан Карл-Хайнц Аппель. Причину катастрофы точно опреде­лить не удалось, поскольку отсутство­вали хоть какие-нибудь материальные свидетельства.

Следующий прототип - Do 335V7 (CP+UG, W.Nr. 230007) - был готов в мае 1944 года. Его облетали 19 мая, после чего передали на предприятие Junkers в Дессау. Там самолет должны были подготовить к установке двига­телей Jumo 213, по характеристикам похожие на DB 603. Скорее всего, V7 ни разу не поднимался в воздух с дви­гателями Jumo 213, а в январе 1945 года машину вернули Дорнье. Известен один послевоенный снимок этого са­молета - разбитая машина, брошенная на опушке леса (правда, на фото мож­но разглядеть только второстепенные детали конструкции). Передний мотор оторван и валяется на боку перед са­молетом. Фотография очень низкого качества, невозможно точно опреде­лить тип заднего двигателя. Передний, оторванный двигатель по мнению спе­циалистов - стандартный DB 603. Ско­рее всего, вернувшись на родной завод, самолет получил «родные» двигатели. Правда, есть предположение, что Юн­кере заменил только задний мотор. В этом случае у прототипа воздухозабор­ники обоих двигателей должны нахо­диться на одном, правом борту. Объе­динение двух разных двигателей в од­ном фюзеляже было возможно, так как оба мотора работали на бензине В4 с октановым числом 87. На серийных самолетах, конечно, предполагалось ставить двигатели одного типа. Но другие подробности проекта навсегда останутся тайной.

Следующим прототипом стал Do 335V8 (CP+UH, W.Nr. 230008), кото­рый предполагалось передать на фир­му Daimler-Benz. Там на машину дол­жны были поставить моторы DB 603E (или LA). Установка новых двигателей влекла за собой переделку капотов, а также ряд других переделок, в том чис­ле укороченные воздухозаборники для турбонаддува. В октябре 1944 года в Менгене прототип совершил пробный полет на большой высоте, а с февраля испытания 8-го «ферзуха» проводили в Рехлине.

Do 355V9 (CP+UI, W.Nr. 230009) был последним прототипом перед на­чалом серийного производства. От своих предшественников самолет отли­чался усиленным шасси, а также рядом усиленных деталей внутренней конст­рукции. Кроме того, в конструкции самолета учли опыт испытаний преды­дущих прототипов.

Девятый прототип служил образ­цом для модификации истребителя-бомбардировщика Do 335A-0/A-1. Первый полет Do 335V9 совершил 29 июня 1944 года. Управлял самолетом Квенцлер. Самолет был вооружен пуш­кой МК 103 с боекомплектом 70 выст­релов. Пушка стреляла через вал вин­та. Кроме того, над двигателем стояли два 15-мм пулемета MG 151с боеком­плектом 200 выстрелов на ствол. Ис­пытания вооружения прошли в июле 1944 года. На V9 стояли 12-цилиндро­вые рядные двигатели DB 603A-2 с перевернутым V-образным блоком ци­линдров.

7  августа 1944 года самолет пере­дали в исследовательский центр люф­тваффе в Рехлине (Erprobungsstelle Rechlin). Испытания проводились с целью выяснить годность самолета к службе в линейных частях. Испытания проводил один из опытнейших пило­тов центра инженер Генрих Бовэ. По всей видимости, Бовэ летал на всех ти­пах самолетов, созданных в Рейхе. Он участвовал в испытаниях транспортни­ка Аг 232, реактивных истребителей Не 280 и Me 262, ракетного Me  163 «Komet», разведчика Fi 256, ночного истребителя Та 154 и даже планера Fa 223. Удача способствовала Бовэ, он пе­режил все свои самолеты. Например, удача была на его стороне 18 августа 1944 года, когда он посадил аварийный V9, лишь незначительно повредив маши­ну. Самолет удалось быстро отремонти­ровать и продолжить испытания.

8 конце войны самолет оставался в Рехлине, откуда неизвестный пилот вылетел на ней в сторону нейтральной Швейцарии. Однако он сбился с курса и, в конце концов, истратив бензин, выпрыгнул с парашютом над террито­рией Свободной Франции. Do 335V9 разбился, а дезертир попал в плен.

В Рехлине Бовэ многократно летал на Do 335V9, стараясь вскрыть все его недостатки и разработать наиболее эффективную технику пилотажа. В ходе полетов ему удавалось разгонять самолет до 760 км/ч! Быстрее летали только реактивный «Schwalbe» и ра­кетный «Komet». Принимая во внима­ние всю экзотичность «Komet», единственным конкурентом «Pfeil» был только Me 262.

Несмотря на свои внушительные размеры, Do 335 оказался на удивление маневренным. В пробных боях с Fw 190 тяжелый двухмоторный Do 335 частенько садился Fw 190 на хвост. В худшем случае, Do 335 давал полный газ и молниеносно отрывался от противника. Его не мог догнать ни один самолет с поршневым двигателем, ни немецкий, ни союзнический.

Все это шло на пользу машине. Бовэ высоко оценил и комфортность самолета. Самолет был легкий в пило­тировании, а кабина была очень удоб­ной, что у немецких самолетов наблю­далось не часто. Например, пилоты Bf 109 часто жаловались на тесноту каби­ны. Кроме того, Вилли Мессершмитт любил травить пилотов выхлопными газами, которые неизвестно откуда все время проникали в кабину. До конца войны угар в кабинах «мессеров» устранить не удалось.