Этот детальный и окончательный план Моро направляет Бонапарту. Последний, в свою очередь, направляет Бертье к Моро в его штаб-квартиру в Базеле (Швейцария) для совместной координации действий Рейнской и Резервной армий. Соглашение подписано между двумя генералами 23 жерминаля. Оно войдет в Историю под названием Базельского соглашения, малоизвестного современному читателю. В соответствии с этим документом Моро соглашался отрядить пятую часть своей армии, а именно корпус Лекурба, для поддержки операций Резервной армии в Италии лишь после того, как он разобьет армию Края и войдет в Ульм.
В итоге получалось, что первый консул не отказывался от своего плана от 10 вентоза — он лишь модифицировал его.
Однако гонения на Моро на этом не прекратились. Эстафет привозит новую депешу от первого лица государства: «Рейнская армия должна начать наступление 25 апреля 1800 г.». Через Карно Бонапарт требует (24 апреля) «…издайте приказ для генерала Моро атаковать неприятеля: заставьте его почувствовать, что дальнейшее промедление компрометирует спасение Республики».
Много позднее (через сто лет после описываемых событий) в архиве Лекурба было обнаружено письмо Моро, в котором, в частности, сообщалось о секретных демаршах французского правительства на предмет возможного перемирия с австрийцами. «Мой дорогой генерал, прилагаю к настоящему письму депешу французского правительства Венскому двору, которое я направляю генералу Краю с предложением о перемирии до получения ответа, но для наших армий, полагаю, оно не будет принято».
Таким образом, время, отведенное на подготовку сложнейшей военной операции, было потрачено генералом Моро на отстаивание разработанного им плана кампании, на бесполезную борьбу с придирчивым, амбициозным и завистливым соперником в лице главы французского правительства. Этой борьбе уже не суждено будет прекратиться вплоть до жестокого урока, который преподнесет диктатору австрийский генерал Мелас при Маренго. Эта борьба еще более обострится: она станет подобием кровной мести корсиканца особенно после триумфа Моро при Гогенлиндене и с тех пор вплоть до самой смерти нашего героя не прекратится ни на минуту, не пощадив ни его самого, ни его семью.
В первых числах марта 1800 г. существование армии, державшейся до тех пор в секрете, обнаружилось отданным ей приказом передислоцироваться к Цюриху и быть готовой к переходу через Альпы. Удачные действия Массены в предшествовавшем году передали всю Швейцарию в руки французов. Швейцарская территория не была уже нейтральной, а потому имелась полная возможность воспользоваться ею для наступательных операций против неприятеля. Массена получил первые инструкции несколькими днями раньше, чем Моро. Ему предписывалось сосредоточить Итальянскую армию для обороны Генуи и путей, ведущих из Италии во Францию. Мелас, без сомнения, последует излюбленной австрийской тактике наступления тремя колоннами для концентрического нападения на противника. Французскому главнокомандующему следовало маневрировать так, чтобы уклониться от двух из этих колонн и ударить всеми силами на третью. В апреле месяце Массена был проинформирован об изменениях в планах верховного командования и ему предписано ограничиться обороной до тех пор, пока Резервная армия не перейдет через Альпы. «Для полководца, располагающего меньшими силами, чем неприятель, военное искусство состоит в том, чтобы выиграть время», — говорил Бонапарт. Массена, бывший и сам талантливым полководцем, собирался выполнить этот приказ, когда неожиданно 6 апреля 1800 г. Мелас атаковал его во главе шестидесятитысячной армии. Французам неоднократно удавалось в частных стычках одерживать верх над неприятелем, значительно превосходящим в силах, но тем не менее через каких-нибудь две недели активное сопротивление оказалось невозможным, и к 21-му апреля весь центр французской армии был вынужден укрыться за стенами Генуи. Положение становилось для французов тем опаснее, что Геную блокировал с моря Британский королевский флот, продовольствия в городе было мало, так что при максимальной экономии его могло хватить не более чем на месяц.
Тем временем генерал Сюше с левым крылом французской армии, численностью в 10 000 человек, отступил вдоль берега, преследуемый Меласом с 28 000 австрийцев, и вынужден был 14 мая 1800 г. переправиться через р. Вар. Австрийский генерал Отт, с 24 000 солдат, остался осаждать Геную, где Массене удалось продержаться до 4 июня. Эта оборона считается одной из самых упорных в военной истории.
При Директории военное министерство работало настолько плохо, что Консулат не имел возможности оперативно и быстро исправить все недостатки и просчеты. Армия Моро не была в достаточной степени снабжена всем необходимым, и ее полководец согласился перейти в наступление лишь месяцем позже, чем это было первоначально установлено.
Только уступая настоятельным требованиям Бонапарта, Моро рискнул 25 апреля двинуться вперед, несмотря на все еще недостаточное снабжение своей армии, и принялся за выполнение своего, как утверждали, осторожного плана переправы через Рейн четырьмя колоннами, а не всей армией вместе в одном пункте, как советовал первый консул. Следует признать, что план Моро являлся менее рискованным, чем план Бонапарта, но зато не обещал привести к таким же ожидаемым блестящим результатам. Несмотря на свою сложность, он был выполнен великолепно. Делая вид, будто намеревается занять Шварцвальд, Моро сумел обмануть Края относительно действительных намерений Рейнской армии и побудил его покинуть сильную позицию под Донауэшингеном. После целого ряда маршей и контрмаршей отдельные части французской армии переходили с одного берега Рейна на другой. Дивизия Сен-Сюзанна, например, трижды форсировала эту мощную водную преграду, причем в разных местах, чтобы ввести в заблуждение австрийцев. В итоге вся армия Моро оказалась сосредоточенной к востоку от Шварцвальда, удачно обойдя не только этот удобный для обороны горный хребет, но также и неприятельскую армию, которая все еще занимала позиции перед ущельями гор, сквозь которые, по мнению Края, надлежало пробиваться французам. Прекрасно продуманные контрмарши Моро напоминали искусные ходы превосходного шахматиста.
«Так ловко завязанная партия, — писал Дэвид Чандлер, — счастливо закончилась быстрым наступательным движением французов, спешившим первыми нанести удар австрийцам, прежде чем они успеют отступить на новую безопасную позицию». Моро при этом разбросал свои войска так, что в последних числах апреля оказался лишь с 25 000 человек лицом к лицу с главной австрийской армией, сосредоточившейся под начальством самого Края близ Энгена. В тылу Моро, южнее, находилась на расстоянии нескольких переходов дивизия Сен-Сира. Рассчитывая на ее скорое прибытие, главнокомандующий атаковал 2 мая неприятеля, значительно превосходившего его в численности. Однако ожидаемое подкрепление не прибыло. Тем не менее французы после ожесточенного боя одолели австрийцев, хотя сами понесли большой урон в живой силе и артиллерии. Сен-Сир прибыл только на следующий день. Австрийцы, узнав, что Штоках, с заготовленными там складами провианта, захвачен другой французской дивизией под начальством Ле-курба, отступили к северо-востоку, по направлению к Дунаю. Моро одержал блестящую победу (3 мая 1800 г.). Путь отступления к Тиролю через Швейцарию и Форарльберг австрийцам был отрезан. Они потеряли 3000 убитыми и 7000 пленными, а также большое количество пушек, зарядных ящиков и продовольственных запасов.
Несмотря на постигшую неудачу, барон фон Край не падал духом и спустя двое суток решился дать французам бой под Месскирхом. Сражение было очень упорным и кровопролитным, длилось 13 часов, но оказалось одинаково неудачным для австрийцев. Победа, одержанная французами, несомненно, была бы еще более решительной, если бы Сен-Сир вновь не уклонился со своей дивизией от участия в бое. Говорили, что Сен-Сир был недоволен тем, что Моро не назначил его командующим резервным корпусом, и в отместку провел, как сейчас бы сказали, «итальянскую забастовку», т.е. находился на поле боя, но ничего не делал. На справедливые упреки в свой адрес он отвечал: «Ах, я не двигался с места лишь потому, что был уверен в том, что генерал Моро с имеющимися у него резервами сумеет сам легко выйти из дела». Однако произведенное следствие пришло к выводу, что этот генерал строго придерживался буквы приказа, но не обнаружил должного усердия и доброй воли при его истолковании. Вот почему вялость действий Сен-Сира не была поставлена ему в вину. Вскоре после этого выяснилось, что австрийцы вновь собрались в значительных силах с намерением защищать Биберах, где у них имелись большие провиантские склады. На этот раз Сен-Сир повел себя по-иному. В бою он проявил мужество и отвагу, нанеся удар прямо в центр линии австрийцев, значительно превосходивших его численностью, и сбил их с позиций. Воодушевленный победой, он вызвал на помощь другую дивизию, под начальством Антуана Ришпанса, атаковал главные силы австрийцев, дислоцированных на склонах Метенберга, и принудил их к отступлению. Блестящая победа армии Моро при Биберахе 9 мая 1800 г. вписала новую строку в летопись побед республики. Два дня спустя Лекурб овладел Меммингеном и взял 1800 пленных, вследствие чего 10 мая австрийцы отступили в укрепленный лагерь под Ульмом, где решились ожидать нападения французов.