Пока наверху команда расправлялась с офицерами, кочегары и машинисты под руководством С.А. Денисенко и Е.К. Резниченко, выполняя план восстания, готовили корабль к походу. Машинные кондукторы не оказали восставшим никакого сопротивления. Специально выделенные матросы периодически информировали кочегаров и машинистов о ходе вооруженной борьбы на верхней палубе. Машинисты собирали разобранные накануне машины.

А тем временем старший инженер-механик броненосца подполковник корпуса инженер-механиков флота Н.Я. Цветков пробрался в кочегарку. Он приказал хозяину трюмных отсеков К. Давиденко затопить пороховые погреба, так как по всему кораблю прошел слух о готовящемся взрыве броненосца. С.А. Денисенко, появившийся в кочегарке вслед за Н.Я. Цветковым, сообщил кочегарам о ходе восстания, убедил их в ложности слуха о взрыве и велел разводить пары. Надежные матросы встали на караульные посты у всех клапанов затопления».

Позднее мятежники пустят слух, будто бы это пытался взорвать броненосец его командир капитан 1-го ранга Голиков, чтобы разом покончить со всеми. Скорее всего, эта «утка» произрастает именно из попытки механика Цветкова затопить водой артпогреба.

После того как власть на корабле окончательно перешла в руки мятежников, Матюшенко велел собрать «авторитетов», чтобы выслушать их предложения о дальнейших действиях. Некоторые предлагали тут же взорвать броненосец, другие — уходить в иностранный порт, третьи — идти с повинной в Севастополь. Затем слово взял сам Матюшенко и объявил, что броненосец пойдет в Одессу, где его уже ждут восставшие рабочие. После этого на верхней палубе был собран митинг, где Матюшенко снова объявил о походе в Одессу, там же для руководства всеми делами была избрана корабельная комиссия, возглавил которую, разумеется, сам же Матюшенко.

Историк Гаврилов пишет: «Членов комиссии выбрали из наиболее авторитетных, технически грамотных и преданных общему делу товарищей. Кандидатуры для утверждения по списку, составленному социал-демократами, предлагал команде В.П. Кулик Точный состав комиссии неизвестен. Все писавшие мемуары называют совершенно разное число ее членов. А.П. Березовский определял число ее членов в 22—25 человек, К.И. Фельдман — в 32, С.Ф. Найда и некоторые другие — в 15, а П.П. Гришин считал, что состав комиссии доходил до 36 человек. Столь значительное расхождение вызывается тем, что на заседаниях комиссии обычно присутствовали не только ее постоянные члены, но и многие другие политически активные матросы, формально не входившие в состав комиссии».

Есть данные, что судовая комиссия насчитывала даже 65 человек. Любопытная особенность — если полистать послереволюционные мемуары потемкинцев, то окажется, что все они или входили в состав судовой комиссии, или хотя бы принимали участие в некоторых ее заседаниях. Разумеется, перед нами пример того, как желаемое выдается ветеранами за действительное во имя собственного престижа. На самом деле главные вопросы решала отнюдь не аморфная судовая комиссия, а Матюшенко с его ближайшим окружением.

По наблюдениям поручика Коваленко, на «Потемкине» «…людей решительно настроенных, готовых стоять до конца, было человек полтораста, между ними душ пятьдесят были, кроме того, люди совершенно сознательные и более или менее развитые… Явно враждебных революционному направлению было душ семьдесят во главе с кондукторами и, пожалуй, прапорщиком Алексеевым. Остальная часть команды, хотя и была… в общем, проникнута революционным настроением, однако совершенно не была воспитана в этом направлении и потому являлась элементом весьма неустойчивым».

Анализируя личности лидеров мятежа, необходимо отметить, что это были в основном унтер-офицеры срочной службы, говоря современным языком старшины. Унтер-офицерами были и Матюшенко, и Денисенко. Практически из одних унтер-офицеров состояла и созданная Матюшенко судовая комиссия. Так что на самом деле, говоря о потемкинском мятеже, более корректно называть его не матросским, а унтер-офицерским. Именно группа старослужащих унтер-офицеров и захватила власть на корабле. Что касается рядовых матросов, то для них ситуация изменилась лишь в худшую сторону. Никаких прав на корабле они не приобрели, что такое революция и для чего она вообще нужна, понимали смутно. Уже вечером после мятежа начали раздаваться первые голоса за то, чтобы освободить оставшихся в живых офицеров и идти в Севастополь с повинной. Однако об этом говорилось лишь шепотом, подальше от членов судовой комиссии и других активистов.

Ни о какой демократии в выборах нового руководства речи тоже не шло. Все решали сам Матюшенко и его ближайшее окружение. Именно поэтому Матюшенко сам себя и определил в руководители судовой комиссии, в состав которой тоже вошли его дружки. Команда, потрясенная всем случившимся, что называется, безмолвствовала… Ни о какой демократии не могло быть и речи, с точки зрения Матюшенко, и в остальных делах. На корабле с первого дня была установлена самая настоящая диктатура небольшой группы лиц, которые взяли себе право не только решать возникающие проблемы, но и карать непослушных. Из воспоминаний машинного унтер-офицера Денисенко: «В машинном отделении были собраны все машинисты. Им были объяснены все достижения матросов и предложено как можно тщательней выполнять свои обязанности; машинисты были также предупреждены о том, что в случае халатного отношения к своим работам их ожидают строгие наказания (!)…» Этот факт говорит о том, что машинистам недвусмысленно угрожали расправой в случае их неприсоединения к Матюшенко, это означает, что власть на броненосце перешла вовсе не ко всей команде (мнением которой никто особо и не интересовался), а к группе заговорщиков во главе с Матюшенко, которые немедленно и стали претворять в жизнь свой собственный «Одесский план».

Так как командовать броненосцем Матюшенко не мог, он назначил командиром «Потемкина» прапорщика Алексеева, кондуктора Мурзака — старшим офицером, кондуктора Шопоренко — артиллерийским офицером, а квартирмейстеров Волгина и Коровенского — вахтенными начальниками. Общее «политическое» руководство взялся осуществлять, разумеется, сам Матюшенко.

Спустя пять часов после начала восстания «Потемкин», бросив на произвол судьбы так и не законченные установкой щиты, снялся с якоря и взял курс на Одессу. На этом переходе мятежники выбрали из своей среды комиссию, которая должна была управлять всеми судовыми делами и корабельной кассой.

Итак, мятеж на «Потемкине» начался с массового убийства офицеров корабля. Подобное в российском флоте произошло впервые за всю его историю, а потому на этом необходимо остановиться отдельно.

Разумеется, идеализировать морской офицерский корпус России было бы совершенно неправильно. В отношении офицеров к матросам в определенной мере сказывалась и кастовость Морского корпуса, куда брали, прежде всего, сыновей офицеров и дворян. Как и в любом другом флоте (в том числе и советском), в российском императорском флоте тоже встречались различные люди. Попадались гордые и холодные аристократы, не видящие матросов в упор, были настоящие мужланы, которые если и не били матроса кулаком в лицо, то унижали его бранью и презрительными кличками, были вообще никчемные и бездарные личности. Но ни те, ни другие, ни третьи не определяли офицерского корпуса в целом, так как основу его составляли преданные флоту и Отечеству люди, понимавшие матросов и видевшие в них, прежде всего, защитников Отечества и своих боевых товарищей. Таких настоящих флотских офицеров было подавляющее большинство. Подавляющее большинство таких офицеров было и на «Потемкине». Отметим сразу, что личное отношение матросов к тем или иным офицерам на «Потемкине» никакого влияния на развитие событий на броненосце не имело. Все было предрешено заранее, и даже если бы на месте одних офицеров броненосца оказались другие, пусть даже самые демократичные и либеральные, это ничего бы не изменило.