Несмотря на свою тогдашнюю занятость, Николай Иванович сильно хандрил. Поэтому на некоторое время он устранился от занятий историей и ударился в чтение книг по физике и астрономии, прочтя с большим наслаждением Гумбольдта.
С весны 1853 года Николай Иванович принялся за архивную работу; он перебрал все, что мог найти печатного из актов и документов, касающихся внутреннего русского быта прошедших времен, и делал выписки на особых билетах, составляя из них каталоги, касающиеся разных отраслей исторической жизни. Это занятие растянулось на годы и увлекало Николая Ивановича до конца его пребывания в Саратове.
В этот период началась его дружба с Н. Г. Чернышевским, А. Н. Пыпиным, Д. Л. Мордовцевым и др. В губернском управлении, к секретным делам которого Костомарова неосторожно допустили, обнаружились материалы по истории раскола, которые историк затем использовал во многих своих научных трудах. В периодике появились анонимно изданные им местные народные песни.
В Саратове же были в основном написаны произведения, которые сразу по окончании ссылки поставили ученого в ряд выдающихся историков России. Как в годы участия в деятельности «братства», так и впоследствии его научные исследования шаг за шагом раскрывали историю народа, жизнь его деятелей. Вполне справедливо мнение ученого о том, что «история, занимаясь народом, имеет целью изложить движение жизни народа». Исторические монографии ученого публиковались журналами и многократно переиздавались в XIX – начале XX века как важнейший материал российской общественной жизни. Вот лишь главные из этого множества работ, вышедших по возвращении его из ссылки: «Иван Свирговский, украинский гетман XVI века» («Москвитянин», 1855); «Борьба украинских казаков с Польшею в первой половине XVII века до Богдана Хмельницкого» («Отечественные записки», 1856); «Богдан Хмельницкий и возвращение Южной Руси к России» (там же, 1857); «Очерк торговли Московского государства в XVI и XVII столетиях» («Современник», 1857–1858); «Бунт Стеньки Разина» («Отечественные записки», 1858), а также масса изданных народных песен и повестей и др.
Именно в Саратове Н. И. Костомаровым были задуманы и написаны такие фундаментальные сочинения, как «Очерк торговли Московского государства в XVI и XVII столетиях» и «Бунт Стеньки Разина», поставившие его в 60-х годах XIX века, по оценкам многих ученых, в первые ряды историков России.
В Саратове Н. И. Костомаров много работал, занимался не только фольклором и этнографией, физикой и астрономией, статистикой, но и активно интересовался вопросами общественно-политической жизни, в частности революционными событиями 1848 года в странах Западной Европы.
Так, в письме В. М. Белозерскому от 16 июня 1848 года Н. И. Костомаров просил выписать французский журнал, ибо ему очень хотелось «систематически изучить перевороты 1848 года». Дальнейшая переписка свидетельствует о том, что эта его просьба была удовлетворена. Тогда же историк читал и герценовский «Колокол».
В период работы делопроизводителем Саратовского статистического комитета Н. И. Костомаров глубоко изучил статистику этого края, написал и опубликовал исследования «Взгляд на состояние саратовской вывозной торговли в отношении предполагаемой железной дороги между Москвой и Саратовом», «О промышленной, ремесленной и торговой деятельности в уездных городах Саратовской губернии в 1853 году».
Зиму 1855/56 года Н. И. Костомаров провел в Петербурге, усиленно работая в Публичной библиотеке. Широту научных интересов и новаторство Н. И. Костомарова в постановке ряда тем подтверждает его намерение составить историю реки Волги «по всем доступным историческим источникам» с приложением видов волжских городов в XVII веке и карты Волги XVI–XIX веков. Но этот его замысел остался нереализованным. В то время не нашлось издательства, которое бы взяло на себя оплату и издание такого труда.
В ПЕТЕРБУРГЕ. СМЕРТЬ ШЕВЧЕНКО
После коронации нового императора в 1856 году последовал манифест, освободивший Н. И. Костомарова от надзора. Николай Иванович решил задержаться в Саратове, чтобы подготовить к печати «Очерк торговли», а в следующем году поехать за границу вместе с доктором Стефани.
О Шевченко Николай Иванович ничего не слышал до 1857 года. В этом году осенью, вернувшись из поездки за границу, он узнал, что Шевченко заезжал к нему в Саратов, возвращаясь по Волге из Петровского укрепления, в котором в последние перед тем годы служил рядовым. Потом Костомаров услышал, что Шевченко запретили жить в Петербурге и поэтому тот прожил зиму в Нижнем Новгороде, где, как рассказывали, чуть было не женился на какой-то актрисе.
Летом 1858 года, будучи в Петербурге, Николай разыскал Шевченко и увидел его впервые после долгой разлуки. Костомаров нашел его в Академии искусств, где ему дали мастерскую. «И вот однажды после своего обычного купания в Неве, в семь часов утра, зашел я в академию и нашел место проживания Шевченко. Я застал его за работой. „Здравствуй, Тарас!“ – крикнул я, заходя в комнату. Шевченко, отступив шага два назад, удивленно окинул меня взглядом с головы до ног и сказал: „позвольте спросить, кого имею честь видеть?“ – „Неужели не узнаешь?“ – спрашиваю я. „Нет“, – последовал ответ. „Не может быть, – упрямо продолжал я, – присмотрись хорошенько, прислушайся к голосу. Вспомни прошлое! Киев, Петербург, Цепной мост“. Шевченко стал осматривать меня со всех сторон и наконец, пожав плечами, сказал: „Нет, извините, не могу узнать“. Я еще некоторое время заставлял его узнавать меня, однако он, переходя от холодно-вежливого тона к дружески-фамильярному, стал просить не мучить его дальше и назвать себя. Я произнес свою фамилию. Тогда Шевченко, неожиданно для меня, заплакал и дружески обнимал меня и целовал. С того времени в течение двух недель мы виделись ежедневно, особенно вечерами, в трактире, куда я, по договоренности с ним, приходил после окончания своих дневных занятий в публичной библиотеке. В один из таких дней я заметил за нашим уважаемым поэтом такую же выходку запорожской странности, какой показалось мне его громкое пение на улице в Киеве. Договорившись со мной идти к букинисту искать редкую книгу, он прибыл и шел со мной по Невскому проспекту. Одет он был очень бедно, так что фигура его напоминала казака Голоту из народной думы или изгнанного из службы чиновника, который спился и обращается к прохожим с просьбой: „пожертвуйте бедному дворянину“. Что это было своеобразное чудачество, подтверждает то, что ни прежде, ни после Шевченко так не ходил по улицам».
Шевченко, как и раньше, не любил рассказывать подробностей о своей ссылке. Николай Иванович узнал от него только, что сначала ему было хорошо. Потом какой-то начальник дослужился до офицерских чинов из рядовых и стал его притеснять, но к концу службы судьба снова смиловалась: его перевели в Петровское укрепление, где комендант был к нему ласков, приглашал к себе в дом и вообще обращался с ним гуманно. Своим освобождением он считал себя обязанным ходатайству графа Федора Петровича Толстого, который был тогда вице-президентом Академии искусств, и отзывался о нем и его семье с чрезвычайным уважением и любовью.
Через месяц Николай Иванович расстался с Шевченко, выехав в Саратов, куда был приглашен в Комитет по устройству крестьян, а вернувшись в Петербург весной 1859 года, не застал уже там Шевченко: он был отпущен временно на родину.
В 1858 году Совет Казанского университета избрал Костомарова профессором, но Министерство народного просвещения наложило вето на это решение. Труднее для министерства было выступить против решения Совета Петербургского университета, профессором которого Николай Иванович стал в 1859 году. В ноябре Костомаров приступил к чтению лекций по истории России в Петербургском университете. Первым, кто сообщил радостную весть о его утверждении в звании профессора и разрешении читать лекции, был не кто иной, как Т. Шевченко, который вернулся в Петербург в том же году поздней осенью. Первая лекция, посвященная бунту Степана Разина, была прочитана с успехом: 42-летнего профессора студенты на руках донесли к экипажу. Император Николай Павлович так прокомментировал книгу «Бунт Стеньки Разина»: «В Разине нет ничего предосудительного; можете утвердить Костомарова профессором. Но в Киев его пока пускать не следует!»