С 20 марта по 5 апреля Махно, Галина и несколько штабистов скрывались в Изюмских лесах в «гостях» у атамана Савонова. Красные «следопыты» потеряли след Махно, и пресса вновь принялась разглагольствовать о смерти батька. Будучи деятельной натурой, Махно во время лечения в подполье искал приложения своих сил. Он сел за написание «Декларации махновцев».
Узнав о прекращении действий Повстанческой армии, Постоянный совет по борьбе с бандитизмом решил досрочно провести продразверстку на Гуляйполыцине, что вызывало новую волну крестьянских выступлений. Но неожиданно для красных, как только Махно выздоровел, его отряды быстро возродились. Уже 6 апреля Махно со своим полком (1 тыс. сабель и 30 пулеметов) появился вблизи Гуляйполя. Однако красные части отогнали махновцев от села. Махно издал приказ о новом сборе Повстанческой армии, чтобы прийти на помощь полтавским повстанцам, выступившим против продразверстки. Оттеснив части красных, махновцы пробиваются к Кобелякам, где действовал атаман Шевченко, который провозгласил себя главным атаманом Полтавщины. 5 мая Махно объявил всеобщий сбор Повстанческой армии. Повстанческая армия увеличилась до 5 тыс. человек при 8 пушках и 200 пулеметах. Но этого было недостаточно для взятия Полтавы или Харькова. Покружив возле Полтавы, Махно решил вернуться в Запорожье. Фрунзе приказал своим частям прижать армию Махно к Днепру и уничтожить силами двух дивизии. В Запорожье Махно поджидали тщательно подготовленные ловушки. Батько снова распускает свою армию и с особым полком (500 человек) направляется на Большой Токмак. Отряд Щуся (500 человек) пошел на Гришине, Кожи (500 человек) – на Павлоград, Куриленко (500 человек) – на Бердянск.
В середине мая 1-я Конная армия на своем пути на Кавказ оказалась в махновском районе, где начала боевые действия против отрядов Махно. 18 мая повстанцы были окружены 19-й кавдивизией и броневиками. На махновцев с самолетов полетели бомбы. Но они блестяще вышли из затруднительного положения, разгромив три кавполка дивизии, а также стрелецкий полк, захватили 3 броневика и вынудили дивизию спешно отступить. 20 мая буденновцы покинули махновский район, а Махно объявил о сборе своей Повстанческой армии через 5 дней (место сбора армии – лес на р. Самара). Махно издал приказ о возвращении в армию всех бывших махновцев. 25 мая на смотр частей армии прибыли отряды Куриленко, Кожи, Белаша, Забудько, Золотарева, Савонова, Бровы, Каменюка, Маруси, Матвиенко, Петренко. Всего объединенная армия выросла до 2,5 тыс. штыков, 3 тыс. сабель при 300 пулеметах и 12 пушках. В приказе по Повстанческой армии шла речь о необходимости начать поход против большевиков, захватить Харьков и разогнать украинское советское правительство.
Были созданы две мобильные конные группы. Первыми командовали Щусь и Забудько, вторая находилась под объединенным командованием Куриленко, Кожи и Шевченко. Был разработан общий план рейдов: 3 тыс. махновцев отправились на Полтавщину, отряды Бровы, Матвиенко, Петраша остались в базовых районах Екатеринославщины, Белаш повел своих бойцов в район Новоспасовки. 31 мая махновская армия захватила Решетиловку (7 верст от Полтавы), а 2 июня – Зеньков, но идти на Полтаву не имело никакого смысла. Махно отказался от этого плана, потому что в городе находилось около 12 тыс. красноармейцев.
Фрунзе изменил тактику: теперь махновцев преследовали «летучими» конными отрядами и группами броневиков и создавали заслоны из надежных частей на пути к базовым районам, сочувствующим Махно. В этих районах действовали чекистские истребительные отряды. Красное командование уже предугадывало маршруты их рейдов и громило «секретные» базовые районы. При подготовке плана Фрунзе проанализировал предыдущие рейды махновцев на Полтавщину, предусмотрев серию встречных ударов. Чтобы лишить махновцев одного из основных преимуществ – маневренности и скорости, было решено отгонять лошадей от районов, через которые будут идти махновцы, а также снимать телефонные аппараты, чтобы предотвратить прослушивание махновцами. Для разведки и определения направления рейдов повстанцев и с целью бомбардировки их маршевых колонн было решено широко применять авиацию. 15 июня Фрунзе выехал из своего штаба в Полтаву для выяснения обстановки и оценки действий частей Красной армии и, едва не попав к махновцам в плен возле Решетиловки, был ранен.
7—16 июля Махно совершал рейд между Гадячем и Зеньковом, пытаясь поднять крестьян на борьбу. Красные пытались окружить махновцев, но те, словно песок сквозь пальцы, проскакивали через заслоны красных частей, нанося при этом ощутимый удар последним. За 10 дней махновцы выдержали 8 боев и вырвались из четырех «мешков»-окружений. Но повстанцы были невероятно измучены постоянными преследованиями и боями, около половины армии Махно погибло на Полтавщине или рассеялось. Для восстановления своих сил батько решает вернуться в Гуляйпольскую волость.
16 июня махновцы были снова окружены на переправе через Ворсклу Повстанческая армия рассредоточилась и спряталась в лесах. Но на юг махновцам прорваться не удалось. Они наткнулись на засаду частей Иркутской дивизии и 3-го конного корпуса. Истерзанные в боях махновцы начали действовать разрозненными отрядами, перейдя к пассивным действиям. Они совершали рейды по уездам, вовлекая местных повстанцев в свою армию. Положение махновцев несколько улучшил отряд Иванюка, который присоединился к батьке, после чего в рядах Махно насчитывалось 1,5 тыс. повстанцев при 72 пулеметах.
27 июня Махно направился в Недригайлов, который служил повстанцам базой, где собирались добровольцы и оружие. Красное командование именно на это и рассчитывало, образовав у Недригайлова очередной «мешок»; оно заранее перебросило корпус красных казаков и Владимирскую дивизию, перекрыв Махно путь. Красные попытались окружить махновцев на линии Ромны – Лохвица, создав барьер из бронепоездов и броневиков. Вечером 27 июня махновцы столкнулись с отрядом броневиков и грузовиков с красной пехотой. Несколько часов этот отряд преследовал повстанцев, но ночью махновцы все же оторвались от преследования. На следующий день возле Недригайлова махновцы были окружены отрядом красных казаков и пехотной бригадой. В ожесточенном бою повстанцы потеряли треть своего состава, но все же вырвались из окружения, бросив 20 тачанок обоза. Вскоре махновцы вновь были окружены возле с. Будки. Батько повел повстанцев в лобовую атаку на село. Красноармейцы разбежались, потеряв 150 бойцов и 8 пулеметов. 30 июня произошел бой двух конных отрядов, который мог закончиться победой Махно, но на помощь красным подошли отряды Заволжской и 55-й кавбригад, а с воздуха красных поддерживал авиаотряд. Учитывая эти обстоятельства, махновцам пришлось отступить и рассредоточиться. 2 июля повстанцы были окружены возле ст. Кочубеевка. Со значительными потерями, под огнем пулеметов и артиллерии им пришлось переправляться через р. Ворскла. Переправившись, махновцы попали под артобстрел бронепоездов. Разгромив отряд КНС (Комитета незаможных селян), они вырвались из нового окружения, бросив обоз и артиллерию. За ними ринулся истребительный отряд Харьковского округа, который преследовал махновцев более суток (преследование велось с помощью аэропланов).
Махновцы вернулись на ст. Кочубеевка, ночью перейдя мелкими группами железную дорогу под носом у красных. Благодаря этому маневру махновцы оторвались от преследователей на 100 верст, сохранив 300 всадников и 12 пулеметов. Они направились в свои базовые Новомосковские леса. В течение 77 дней этого рейда махновцы выдержали 69 боев, в которых потеряли всю свою артиллерию, большинство пулеметов, а главное – 4/5 личного состава. Погибли лучшие махновские командиры Щусь и Куриленко, были тяжело ранены Махно и Кожа. 3750 километров, которые прошла почти без отдыха махновская кавалерия, бесконечные бои истощили махновцев и подорвали их боевой дух, веру в победу.
Последние 53 дня пребывания Махно на родине были полны непрекращающихся боев, крови и отчаяния. За это время его отряд прошел 2700 км и выдержал 41 бой. Фактически повстанцы уже отказались от любых планомерных тактических действий, а стремились лишь сохранить свой отряд, выжить, спасаясь от преследователей. Перспектива остаться в живых для каждого махновца была равна нулю, однако какая-то сила вынуждала махновцев не выпускать сабли из рук. Они были «конкистадорами» степей – в их души вселился боевой дух вольных людей. Инстинктивное ощущение своей земли порождало страстную ненависть к носителям «нового революционного порядка». Однако крестьяне, обескровленные и измученные войной и голодом, уже не так активно поддерживали махновцев. Из политической силы махновское движение постепенно превращалось в небольшой кочевой отряд.