Румынская пресса назвала Махно «гетманом», «мучеником цивилизации и прогресса», «уникальным стратегом», «человеком, который появляется один раз в сто лет». Румынские власти считали Махно влиятельным политическим деятелем, который может пригодиться хотя бы в случае войны с Советами. В Румынии Махно создает Заграничный центр махновского движения, с помощью которого он пытался руководить своими разрозненными отрядами и подпольем в УССР. Цель центра – подготовить все условия для возобновления широкомасштабной борьбы против красных. Центр организовывал «окна» на границе, через которые в УССР проникали махновские эмиссары. Махновский центр надеялся вовлечь в свои ряды украинских повстанцев петлюровского направления и солдат бывшей петлюровской армии.

В начале 1922 года из Румынии в Украину проникли 7 бойцов во главе с махновским командиром Кожей, который добрался до Гуляйполя и объединил там остатки махновской вольницы. Весной 1922 года еще 15 махновцев были направлены в Украину для организации восстания. Однако большинство из них были арестованы ЧК.

Правительства Советской России и Советской Украины в дипломатических нотах к румынской власти требовали выдачи Махно и его соратников, указывая, что все они являются разбойниками и бандитами и что они готовятся напасть на Украину. Однако румынская власть отвечала, что для выдачи Махно и его соратников нет никаких оснований – «в соответствии с нормами международного права». Для дискредитации Махно руководство Советской Украины, наркомат юстиции, наркомат иностранных дел, ГПУ завели следственное дело, стремясь доказать, что Махно – не политическая фигура, а главарь банды, которая совершила тысячи уголовных преступлений.

Обвинительный акт был подготовлен уже в январе 1922 года. Махно понимал, что румыны, получив какие-нибудь выгодные обещания, могут выдать его Советам или арестовать за «антирумынскую деятельность».

Махно предложил румынский власти переправить его отряд на границу с Польшей, и 28 апреля 1922 года Махно и 17 его соратников в сопровождении чинов румынской полиции были отправлены на север Румынии. Там ночью они нелегально переправились через польский участок границы в Галичину, уже два года назад захваченную поляками. После перехода группой Махно польской границы польские пограничники задержали махновцев и разместили их в лагере для военнопленных, где уже содержались интернированные петлюровцы. Сообщалось, что во время ареста Махно оказал сопротивление польским пограничникам и был ранен. Условия пребывания в лагере были ужасными даже в сравнении с лагерем румынским. Голод, тяжелый физический труд, колючая проволока, издевательство охранников сломили даже самых стойких бойцов.

В мае 1922 года суд Верховного ревтрибунала УССР утвердил обвинительный акт «уголовного преступника Махно» и потребовал от польской власти передать его советскому суду. Правительство УССР обращалось к польскому правительству с нотами, требуя выдать Махно, но поляки решили не выдавать политического беженца на расправу.

В сентябре 1922 года Махно, его жену Галину, а также его сподвижников Домашенко и Хмару арестовали и перевели в варшавскую тюрьму. Было начато следственное дело по обвинению махновской группы в попытке поднять антипольское восстание в Галичине и в связях с советской разведкой, с миссией УССР в Варшаве. Для Махно и его группы польское обвинение требовало наказания – восемь лет тюрьмы за шпионаж, разработку планов восстания и присоединения Галичины к УССР. Утверждалось, что Махно якобы получил из рук советской миссии 100 тыс. марок. Обвиняли Махно и в том, что «планы махновского восстания в Польше» были разработаны в Москве, что Махно требовал от Советов для восстания в Галичине передать под его руководство бригаду советской конницы и роту советской пехоты на тачанках… Больше года томились Махно, Хмара и Домашенко в варшавской тюрьме. Условия сырой камеры способствовали рецидиву туберкулеза легкого. Галина попала в тюрьму беременной и после рождения ребенка была выпущена на свободу. Дочка Махно, Елена, появилась на свет в тюремной камере 30 октября 1922 года.

23 ноября 1923 года начался судебный процесс по делу махновцев. Махно не вызывал симпатии у польской публики, свидетели обвинения Махно в бандитизме рассказывали о насилиях, грабежах, убийствах, бандитизме и погромах. «Адвокаты развеяли миф об антисемитизме махновцев, заявив, что американские евреи-анархисты собрали 5 тыс. долларов для Махно на все судебные расходы, что евреи всего мира считают Махно своим защитником. Защита строилась на полном отрицании обвинений. Защита убедила суд в том, что Махно никогда не боролся против польских войск, а в 1920 году даже отказался «воевать на Польском фронте». Защита утверждала, что и во время решающей битвы за Варшаву махновцы «помогли Польше», совершая рейд по тылам красных и подрывая боеспособность Красной армии. На суде Махно заявил: «Вы осуждаете не Нестора Махно из Гуляйполя. Вы осуждаете украинскую революцию, которая в настоящее время начинает изменять свою историю! Не знаю случая, чтобы кого-то из людей нашего времени могли судить за то, что он принадлежит будущему. Я – будущее!»

Махно в те тяжелые дни поддерживали анархисты всего мира, направляя в адрес польской власти протесты против его преследования. Анархисты США, Испании, Германии, Франции, Италии пикетировали польские и советские посольства в своих странах, протестуя против суда над Махно. Болгарские анархисты угрожали польской власти взорвать польские посольства по всей Европе, если Махно не будет оправдан.

27 ноября 1923 года суд признал надуманными все обвинения против Махно как против «уголовного преступника». Обвинения в советском шпионаже и намерении поднять восстание разваливались после экспертизы писем советских дипломатов, авторство которых приписывалось Махно. Махно и его побратимы были оправданы польским судом «ввиду отсутствия прямых доказательств» и уже на следующий день освобождены из тюрьмы. Но Махно было запрещено жить в Галичине, польская власть определила место его поселения – провинциальный городок Торунь. Махно и Галина с дочерью переехали в Торунь и поселились в местной гостинице. Там, в Торуни, советские чекисты снова попытались убить Махно. Но восьмая по счету попытка вновь оказалась неудачной.

За Махно был установлен полицейский надзор. Ему грозило насильственное выселение из Польши в случае «любых политических махинаций». Чувствуя постоянную слежку, Махно впал в депрессию и пытался покончить жизнь самоубийством. Через три недели после этого Махно вместе с женой и дочерью был выселен из польского государства на территорию «свободного города» Данциг (Гданьск).

Махно предстояло новое испытание. За участие в событиях 1918–1919 годов Нестора и Галину арестовывают власти «свободного города» Данциг. Махно обвинили в организации погромов и убийств немецких крестьян-колонистов. Нелепость этого ареста заключалась в том, что «свободный город» Данциг никакого отношения к событиям в Украине не имел и не мог выступать в роли международного суда или трибунала. К тому же Данциг не был исключительно немецким в этническом смысле. Но немцы (через самоуправление немецкого большинства города) фактически руководили этим городом, диктуя другим этническим сообществам свои законы. С немецкой педантичностью суд Данцига собрал свидетельства о преступлениях махновцев от потерпевших немцев-колонистов, которые эмигрировали на запад. Галина была освобождена из тюрьмы уже через несколько недель после ареста и вместе с дочерью выехала в Париж.

С мая 1924-го по февраль 1925 года Махно находился в тюрьме, а затем в тюремной больнице Данцига, не надеясь на скорое освобождение из новой западни. Для Махно эта тюрьма стала, наверное, самым тяжелым испытанием в жизни. Физические и моральные силы покидали его, болезнь становилась все тяжелее. Махно, видя бесцельность тюремного существования, решает уйти из жизни, пытаясь куском стекла перерезать себе горло. Но охрана тюрьмы нашла его в луже крови, и тюремные врачи возвращают его к жизни. Махно удается бежать из тюремной больницы, и он оказывается в Германии на нелегальном положении.