В мае 330 года до н. э. Александр двинулся из Персеполя на Экбатану, куда бежал Дарий после катастрофы под Гавгамелами. Дважды полностью разбитый, он все еще отказывался считать свое дело проигранным. Если бы наместникам в густонаселенных «верхних» сатрапиях Бактрии и Согдиане (нынешний Туркестан) вместе с их товарищами в других, еще не затронутых Александром восточных частях царства удалось собрать новые войска, то, по мнению Дария, война могла бы быть продолжена, и не без надежды на успех. Пока же Ахемениду ничего не оставалось, кроме как без боя оставить мидийскую столицу перед лицом надвигающегося противника и отойти в направлении «Каспийских ворот» (ряд проливов южнее Каспийского моря).

Немногим позже Александр появился в Экбатане, где подвел окончательную черту под эллинской войной возмездия, богато одарив солдат греческого контингента и отпустив на родину тех, кто не пожелал добровольно остаться наемником в его войске. Теперь, став настоящим царем Азии, он приложил все усилия, чтобы пленить последнего властителя из рода Ахеменидов. Оставив Пармениона с сильным гарнизоном в Экбатане, сам он в величайшей спешке направился к тем самым Каспийским воротам, которые Дарий на пути своего бегства только что миновал.

Что последовало за этим, уже невозможно восстановить в подробностях, ибо единственное подробное сообщение, оставленное нам римским историографом Курцием Руфом в его литературно-риторически приукрашенной истории похода Александра, не имеет исторической ценности. Точно известно, что большая часть персидских войск, еще находившихся при Дарии, придя к мнению, что от него больше нельзя ожидать энергичного и победоносного продолжения оборонительной войны против Александра, изменила своему царю под предводительством бактрийского сатрапа Бесса. Известно далее, что Бесс несколько позже пленил злополучного Ахеменида и вез его с собой в оковах. Лишь немногие из свиты великого царя и остатки греческих наемников на персидской службе не участвовали в этом предательстве, но и не смогли его предотвратить, и отправились к Александру, который с почестями принял последних из тех, кто остался верен его противнику, а после известия о происшедшем продолжил преследование с удвоенной энергией. Уже недалеко от Гекатомпила, южнее Каспийского моря, македонский авангард стал настигать бегущих персов. И тогда Бесс отдал приказ убить бывшего великого царя, чтобы он не попал живым в руки Александру. Через несколько минут первые македонские всадники, достигшие места кровавого деяния, увидели умирающего Дария в оковах, но убийцы уже скрылись на быстрых конях, чтобы избежать плена. Александр приказал отправить тело мертвого врага в Персеполь с царской пышностью и там захоронить его в гробнице Ахеменидов.

Такой конец постиг Дария III летом 330 года до н. э. Верно заметил новейший исследователь, что «даже более сильному властителю, чем Дарий, не суждено было бы устоять против духа, покоряющего мир». В мобилизации сил царства для отражения надвигающейся с запада бури этот последний Ахеменид все же показал определенную силу, кроме того, он проявил осмотрительность и военный опыт в планировании битв, однако оказался несостоятельным в самые решающие моменты, когда вокруг него кипел бой и носилась смерть. Великий эллинистический художник (а может быть, художница?) создал картину, копия с которой сохранилась на знаменитой мозаике Александра в Помпее. Мы не знаем, произошла ли вообще личная встреча подобного рода, как ее изобразил художник, и все же это, вероятно, нечто большее, чем художественное озарение: здесь изображен момент, когда Дарий обратился в бегство, увидев македонянина — могучего и непобедимого бойца. Великий царь, как зачарованный, смотрит на ужасную сцену: знатному персидскому воину, который как раз собирается сойти со своей смертельно раненой лошади, подлетевший слева Александр с невероятной силой вонзает в живот длинное македонское копье; однако возница уже повернул коней, и в следующее мгновение Дарий покинет поле боя и тем самым предрешит судьбу своего гордого войска, как, в конечном счете, и свою собственную судьбу, и судьбу своей империи.

Тяжелая локальная война с горным народом мардеров долгое время после случившегося в Гекатомпиле удерживала Александра в местности Гиркания. Затем поход был продолжен через Парфию в северные области сатрапии Арея, наместник которой Сатибарзан, тайный союзник Бесса, после внешней демонстрации покорности был утвержден на своем посту. Когда через некоторое время Сатибарзан проявил свою сущность, Александру пришлось прервать преследование Бесса, к тому времени провозгласившего себя в Бактрии великим царем, и свернуть на юг, в центральные области Ареи. Восставший сатрап даже не попытался оказать сопротивления и скрылся бегством от грозящего наказания. Вынужденный свернуть с пути на Бактрию, Александр, укрепив свое владычество в Apee основанием нового города — Александрии Арейской, двинулся дальше на юг, в провинцию Дрангиана, сатрап которой Барзент также был связан с Бессом и в создавшейся ситуации тоже не видел иной возможности, кроме как без борьбы покинуть поле боя.

В период пребывания царя в Дрангиане был раскрыт первый заговор против Александра. Хотя об этом деле сообщает также и Вульгата, мы тем не менее не можем ясно представить себе всю ситуацию. Во всяком случае, речь шла о составленном македонскими офицерами заговоре, в котором каким-то образом был замешан Филот, сын оставленного в Экбатане Пармениона. Будучи командиром конницы гетеров, Филот принадлежал к ближайшему окружению царя. Ему предъявили обвинение в том, что, по крайней мере зная о заговоре, он не сообщил о нем своему царственному господину. Созванное Александром собрание войска после обвинения, выдвинутого самим царем в страстной речи, признало Филота виновным и вынесло ему смертный приговор, который, по македонскому праву и традиции, был сразу же приведен в исполнение ударом копья. То, что произошло дальше, можно считать самым темным местом в жизни Александра. Без предварительного следствия, не говоря уже о вынесении приговора войском, он после казни Филота незамедлительно отправил в Экбатану приказ убить Пармениона. За одиннадцать дней приказ дошел до далекого мидийского города и был там исполнен. Считал ли Александр, что после происшедшего он больше не мог рассчитывать на верность своего старого и заслуженного полководца, или же считал его тоже виновным, или же им двигали иные побуждения, полностью нам не известные? Короче, Парменион был убит. Существует мнение, что требования обывательской морали неприменимы к великим людям политической истории, и нельзя не признать, что поведение Александра, как и других великих людей прошлого, полностью соответствует этому мнению.

Из столицы Дрангианы, где был раскрыт заговор, поход продолжился дальше, в Арахозию, следующую в восточном направлении сатрапию. Новая Александрия должна была и здесь обеспечить на будущее вновь установленное господство. Удачно расположенный географически, город этот существует и сегодня под названием Кандагар.

Как только позволили погодные условия, весной 329 года до н. э., Александр со своим войском пересек Гиндукуш, огромные, высотой до семи тысяч метров, горы, которые протянулись в северной части современного Афганистана с востока на запад и которые греки считали продолжением Кавказа или Тавра. Успех, которого Александр добился, является в своем роде единственным в античной истории, в крайнем случае, с ним можно сравнить переход Ганнибала через Альпы. Уже через пятнадцать дней, без очевидных потерь, Александр преодолел горы и вступил в Бактрию, более южную из двух «верхних» сатрапий Персидской империи. Узурпатор Бесс не решился противостоять противнику в открытом бою и ушел на север, опустошая все вокруг. Покинутый большей частью своих сторонников и солдат, он вскоре попал в руки македонского передового отряда под командованием Птолемея, будущего царя и историографа. Александр приказал привести пленного обнаженным и в ошейнике и поставить у дороги, чтобы его видело все проходящее мимо македонское войско. Сам Александр, повидав его, задал ему вопрос, почему Дария, своего владыку, родственника и благодетеля, он захватил и вез с собой пленного и, наконец, убил? Бесс ответил, что надеялся таким образом вместе с другими приближенными Дария заслужить милость Александра. Александр приказал бичевать пленника и через герольда объявил, о чем он говорил с цареубийцей. В Зариаспе, столице Бактрии, он позже по всей форме предъявил обвинение убийце своего предшественника. Согласно персидским обычаям и закону, приговор гласил: «искалечение и жестокая казнь». С отрезанными ушами и носом Бесс был доставлен в Экбатану и там, по-видимому, распят на кресте.