Одна за одной проваливались попытки северян взять твердыни Виксбурга приступом. В апреле 1963 г. генерал Грант решил обойти Виксбург с юга, перерезав линии снабжения защитников города, затем окружить Виксбург и удушить его в кольце блокады. Для исполнения плана армия нуждалась в поддержке со стороны кораблей Западной флотилии канонерских лодок, которым предстояло вести артиллерийские дуэли в фортами Виксбурга. Теперь все корабли передали под флотское командование. Флотилией стал командовать контр-адмирал Дэвид Д. Портер. Портер стал немедленно готовить флотилию к сражениям. Защиту спардеков от навесной стрельбы усиливали всеми возможными материалами — в ход шли мешки с песком, дерево, железо. В ночь на 16 апреля Портер выстроили свои корабли напротив Виксбурга. Головным шел «Бентон», рядом с ним держался буксир «Иви». Сзади шли «Лафайет», «Луисвилль», «Генерал Прайз», «Маунд-Сити», «Питтсбург» и «Карондолет». В самом конце колонны держались три транспорта с войсками и броненосец «Таскумбия». Флотилия находилась в 800 ярдах от берега, когда ее обнаружили конфедераты. Форты открыли огонь. Попадания получили все без исключения броненосцы, хотя серьезных повреждений стрельба фортов кораблям северян не причинила, лишь «Лафайет» потерял ход вследствие прямого попадания в гребное колесо, но его удачно отбуксировали. Флотилия миновала форты. Флагманский «Бентон» получил пять прямых попаданий, в том числе одним 10-дюймовы снарядом в каземат, однако потерь в составе команд убитыми не понес ни один корабль юнионистов.

Фотография трофейных броненосцев северян «Барон де Кольб» (бывший «Сент-Луис») и «Цинциннати» сделана фотографом южан на Миссисипи под Каиром в начале 1863 г.

Крупный броненосец «Бентон» сфотографирован на якорной стоянке ввиду Нэтчюа, Миссисипи, в середине 1864 г. Мощное вооружение и большие внутренние объемы сделали броненосец идеальным флагманом Западной флотилии в начальной фазе кампании на Миссисипи.

Почти две недели спустя, 29 апреля, броненосцы опять пошли в бой. Корабли осуществили бомбардировку обороны конфедератов в Гранд-Гольфе, шт. Миссисипи. Четыре броненосца — «Города» в короткий срок подавили огонь береговых батарей в нижнем течение, после чего к ним присоединились «Бентон», «Лафайет» и «Тускумбия». Все корабли приступили к обстрелу батарей, расположенных выше пор течению. За шесть часов бомбардировки флотилия Портера произвела более 1000 выстрелов. Батареи конфедератов после такого ураганного обстрела затаились. Впрочем, без потерь северяне не обошлись. Прямым попаданием пробившего каземат броненосца «Бентон» снаряда было выведено из строя 25 человек команды, повреждения получила «Тускумбия». После боя Портер отметил, что «Тускумбмя являются «плохим кораблем для жаркой схватки». Одной из проблем являлось сильное течение реки, местами достигавшее 5 узлов, из-за чего трудно было удерживать броненосцы на отведенных для них ордером местах. Поврежденный «Бентон» и медлительная «Тускумбия» больше в боях за Виксбург участия не принимали. Виксбург пал 4 июля, но с его падением кампания еще не завершилась. В боях в окрестностях Виксбурга и на окрестных притоках Миссисипи северяне потеряли броненосцы «Каир», «Цинциннати», «Индиана» и «Барон де Кальб» (бывший «Сент-Луис»), хотя «Цинциннати» оперативно подняли и отремонтировали.

После Виксбурга речной флот был разбит на мелкие отряды для патрулирования но всей длине Миссисипи и по ее притокам. Однако в марте 1864 г. флотилию опять собрали в единый кулак с целью проведения крупной наступательной операции на Красной реке против Шревепорта. В этой кампании приняли участие броненосцы «Бентон», «Эссекс», «Карондолет», «Луисвилль», «Маунд-Сити», «Питтсбург», «Истпорт», «Чилликот», «Лафайет», «Чоктау», «Неошо», «Рсэйг» и «Озарк». Кампания едва не завершилась потерей всех броненосцев. Войска юнионистов генерала Бэнка начали отступление, а корабли отойти по реке не могли из-за низкой воды. Броненосцы были спасены умелыми действиями инженеров, которые в короткий срок соорудили дамбу, подняв тем самым уровень воды в реке. Потерян был только броненосец «Истпорт», получивший удар шестовой миной. Броненосец затем был взорван командой, чтобы не достался противнику. В который раз броненосцы северян показали свою уязвимость внезапным атакам и обстрелам с берега. Одним из уроков кампании на Красной реке стала необходимость установить самое тесное взаимодействие кораблей флотилии с сухопутными войсками.

Броненосец «Эссекс», гравюра Шелла иллюстрирует захват Батон-Ружа федеральными войсками 17 декабря 1862 г.

Армия конфедератов под командованием генерала Худа наступала на север от Атланты в направлении Нэшвилля и Теннеси. Для помощи защитникам Нэшвилля на реку Кумберленд отрядили броненосцы «Карондолет» и «Неошо» в сопровождении эскадрона деревянных канонерских лодок. 3 декабря «Карондолет» обстрелял береговую батарею южан в Кларксвилле, а на следующий день отбил у южан три ранее захваченных ими транспортных судна северян. 6 декабря «Карондолет» и «Неошо» вели бой с батареями южан под Биллз Милл. В том бою «Неошо» получил более ста попаданий, ни одно из которых не причинило кораблю серьезного урона. Таким образом, «Неошо» продемонстрировал насколько удачен оказался проект и прочна конструкция корабля. Когда 15 декабря армия северян под командованием генерала Томаса нанесла удар во фланг Худу, броненосцы поддержали огнем правое крыло войск северян. Бои под Нэшвиллем стали редким примером эффективного использования броненосцев для артиллерийской поддержки сухопутных войск. Речной флот способствовал разгрому последней крупной полевой армии Конфедерации на Западном театре военных действий.

В заключительные дни войны действия сухопутных и речных сил северян концентрировались в районе Мобиля, шт. Алабама. В тот период в регионе оперировало три броненосца конфедератов, поэтому действия броненосцев северян «Цинциннати» и «Осэйг» обеспечивали четыре монитора та «Милуоки». Флотилия обстреливала испанский форт, форт Блэйкли, охраняла устье реки Мобиль. Во время похода вверх по реке Блэйкли мониторы «Осэйг» и «Милуоки» были повреждены шестовыми минами, 29 марта и 18 марта соответственно. Не смотря на противодействие броненосцев южан «Хантсвилл» и «Тускалуза», корабли северян смогли пройти по реке Блэйкли и выйти на дистанцию обстрела форга Блэйкли. Форт Блэйкли пал 8 апреля, а через несколько дней юнионисты оккупировали Мобиль. «Цинциннати» затем пошел вверх по реке Томбигби для преследования броненосца южан «Нэшвилль», в то время как два монитора северян очищали от противника реку Алабама. В конечном итоге 19 мая капитулировала команда конфедеративного броненосца «Нэшвилль», а через месяц завершилась Гражданская война.

Броненосцы расположены в хронологическом порядке относительно месяца вступления в строй. Всего приведены данные по 19 броненосцам.

Странной формы броненосец «Чилликозе», гравюра и› «Баффордз Мэгэзин» за 1864 г. Корабль представлял собой уменьшенный вариант броненосца «Тускумбия», сохранив все недостатки, присущие последней. Растяжки уменьшают прогиб корпуса броненосца.