В Петербурге на глаза Ивану Тимофеевичу Савенкову попадались статьи о жизни первобытного человека, но они тогда не затронули души студента. Статья Черского потрясла его: оказывается, и в Сибири возможны находки человека столь древнего возраста.
Большое влияние на формирование интересов Савенкова оказал Иннокентий Александрович Лопатин — известный путешественник и исследователь Сибири и Дальнего Востока. Горный инженер по специальности он, как и многие образованные люди того времени, не замыкался в кругу своих узких профессиональных интересов, занимался археологией, этнографией и другими науками. С 1862 по 1864 год он ведет поиски угля, золота и других полезных ископаемых в Приамурье, Приморье и на Сахалине. За это время он собрал сведения о местонахождении большого числа археологических памятников и составил первую археологическую карту юга Дальнего Востока. Позднее, работая в Западной Сибири, он увлекся древностями и составил одну из лучших коллекций изделий из бронзы.
Лопатин и посоветовал Савенкову заняться поисками древних памятников, но не в пещерах, как это было в Европе, а на открытых террасах, где в лессовых отложениях могли быть, по его мнению, остатки следов постплиоценового времени.
Савенков обследует террасы Енисея и в 1882—1883 годах находит орудия труда вместе с костями плейстоценовых животных. Поиски древних стоянок настолько увлекли его, что он потерял интерес ко всем другим занятиям, за исключением, пожалуй, шахмат. Будучи одним из сильнейших русских шахматистов конца XIX века, он остался верен этой древнейшей игре.
Наиболее значительные открытия Савенкова связаны с исследованием Афонтовой горы, расположенной у Красноярска. В глиняных карьерах здесь и раньше находили кости ископаемых животных, в том числе и мамонта. Савенков почти каждый день посещал карьеры, собирая кости животных, вырытые рабочими, а со временем сам стал вести систематические раскопки. Вскоре у негой собралась большая коллекция ископаемой фауны и различных каменных орудий, среди которых он впервые отмечает преобладание «плоских», односторонне обработанных орудий «типа мустье» над двухсторонне обработанными с грубой оббивкой «типа ашель». Здесь же, на Афонтовой горе, обнаружил он наконечники копий, топоры, рога северного оленя, сделанные в виде молотка, и костяные ножи с «желобком». Черский, познакомившись с материалами, собранными Савенковым, и осмотрев глинистые отложения на Афонтовой горе, полностью согласился с его выводами о постплиоценовом возрасте находок. «Я не сомневаюсь в палеолитической древности, — сделал заключение Черский, — не описанных еще отбивных каменных орудий, добытых Савенковым в городе Красноярске из знакомой мне толщи лесса около Афонтовой горы. Следует ожидать с нетерпением подробности описания этих находок».
В 1892 году Савенкова приглашают в Москву для участия в работе Международного антропологического конгресса. Но это совсем не означало, что его открытия нашли широкое признание. Организаторы конгресса попросили его выступить с рассказом о... красноярском неолите. Открытие Савенковым палеолита на Енисее никто не хотел замечать, а многие считали это фантазией сибирского провинциала. Живейший интерес, проявленный французскими учеными к коллекциям, собранным Савенковым, вызвал у устроителей выставки большое недоумение. Французский археолог Жозеф де Бай заявил корреспондентам газет, что эти грубые камни и кости животных с Енисея самое неожиданное, что удалось ему посмотреть на выставке.
Доклад Савенкова, в который он вопреки желанию устроителей конгресса все-таки включил материалы по палеолиту, стал настоящей сенсацией и центральным событием. Многих участников конгресса привело в изумление не только обилие самих материалов из глубинных районов Сибири, но и скрупулезный анализ всех фактов, профессионализм и четкая логика изложения. Жозеф де Бай назвал доклад Савенкова «наиболее значительным научным событием среди представленных оценке членов конгресса... Доклад открывает новую эру в исследованиях о начальном периоде существования человека и там, где предполагалась его колыбель. И эта новая эра будет плодотворна благодаря добросовестным работам, для которых господин Савенков столь блестяще проложил дорогу». Благодаря Жозефу де Баю находки палеолита на Енисее стали широко известны в Европе. Сразу после возвращения из Москвы Жозеф де Бай выступает во Французской академии наук с докладом о выдающемся открытии на Енисее. Через четыре года он сам приезжает на Енисей и в разрезах Афонтовой горы находит многочисленные каменные орудия и кости ископаемых животных. Коллекция, привезенная им из Сибири, часто выставлялась во Франции и неизменно привлекала большое внимание специалистов и любителей древностей.
Не успели утихнуть споры вокруг находок Савенкова, как в пятом томе «Известий Академии наук» за 1896 год публикуется письмо профессора Томского университета зоолога Н. Кащенко, направленное академику Фридриху Шмидту. Автор письма сообщает, что ему «посчастливилось сделать в высшей степени интересную наш ходку, именно скелет мамонта, съеденного людьми».
История этой находки довольно типична для того времени, когда почти никто не занимался профессионально поисками древних стоянок, и честь открытия многих из них принадлежала людям, далеким от науки. В воскресный день 14 апреля 1896 года один из томских гончаров брал глину из оврага, разрушавшего невысокий холм поднимавшийся над рекой метров на сорок. Здесь же рядом раскинулся большой гарнизонный сад, заполненный отдыхающей публикой. Пригревавшее солнце оттаяло верхние слои, и от случившегося обвала только чудо спасло гончара. Немного оправившись от испуга, он пи дошел к оползшей глине и стал набирать ее в корзину благо не надо было теперь долбить киркой. И тут он увидел какие-то крупные кости, обнаженные обвалом. Oни были очень крупные и совсем не похожи на кости других животных, которые гончару пришлось видеть. С большим старанием он стал расчищать одну наиболее крупную кость. Весть о находке быстро распространилась среди гулявшей по саду публики. Добровольные помощники рьяно взялись за работу, разрушая вместе с глыбами земли и кости. К счастью, нашлись грамотные люди, которые поспешили известить о находке археолога С. Кузнецова и профессора Н. Кащенко.
На следующий день Кащенко с помощниками внимательно осмотрел место находок: кости животных выступали из глины в двух местах, с восточной стороны стенки оврага прослеживались обломки сильно испорченного любительскими раскопками черепа, а с западной — тазовые кости. У Кащенко не осталось никакого сомнения, что кости принадлежат мамонту. Следовало немедленно приступить к раскопкам, пока дотошные любители не испортили здесь все. В Сибири и раньше случалось находить кости мамонтов и даже трупы, которые хорошо сохранились в условиях вечной мерзлоты. Это породило среди народов Сибири различные легенды и предания. Многие в связи с тем, что, остатки мамонтов всегда находились в земле, считали их животными, живущими под землей, вроде гигантских кротов, которые, попадая на свет, мгновенно погибали.
Такое фантастическое представление о мамонтах бытовало потому, что ученые приходили слишком поздно. Найденные кости ископаемых животных или уносились водами сибирских рек, или растаскивались местными жителями на различные поделки и другие нужды. Кащенко понимал огромное значение для науки томской находки. Вечером 15 апреля с несколькими рабочими он приступает к раскопкам. Работы продолжались почти неделю. Нужно отдать должное Кащенко в том, что он провел раскопки по всем правилам, со всеми предосторожностями, скрупулезно изучая все обнаруженное при вскрытии рыхлых отложений. Каждая из находок не извлекалась из раскопа, а осторожно освобождалась от глины и оставлялась на месте до тех пор, пока рабочие не раскопали всю площадь с разбросанными по ней обломками костей мамонта. К концу работы на томском мысу перед глазами изумленной публики предстала невиданная картина, которая даже равнодушного человека не могла не заинтересовать.