Политбюро поручило Н. И. Ежову, заместителю председателя Комиссии партийного контроля при ЦК ВКП(б) и Я. С. Агранову, заместителю Наркома Внутренних Дел (НКВД), расследовать убийство Кирова. Хотя предпринятое Ежовым широкое расследование и теории заговоров, которые он создавал, в конечном счете и способствовали его выдвижению на пост главы НКВД, вначале следствие ограничило розыскные действия небольшой группой подозреваемых.

В течение месяца Николаев и еще тринадцать человек были арестованы, осуждены и казнены в соответствии с новым законом от 1-го декабря. На втором судебном процессе 15-16 января 1935 года Г. Е. Зиновьев, Г. Е. Евдокимов, Л. Б. Каменев, И. П. Бакаев и еще пятнадцать человек были признаны виновными в организации так называемого «Московского центра», который якобы руководил деятельностью различных контрреволюционных группировок, включая группу, осужденную за убийство Кирова. Однако Зиновьев и Каменев отрицали какую-либо свою роль в убийстве С. М. Кирова. Обвиненные в подстрекательстве к убийству путем поддержки оппозиции, они были приговорены к тюремному заключению.^{146}

На следующий день после судебного процесса Сталин охарактеризовал политическую ситуацию в своем письме в Политбюро. 18 января Центральный Комитет разослал это «закрытое» письмо всем партийным организациям для обсуждения. В письме, подготовленном под личным контролем Сталина, объяснялось, что группа зиновьевцев была арестована за убийство Кирова, признана виновной и приговорена к тюремному заключению.^{147} Иными словами, убийц нашли и наказали, дело было закрыто. Нелепый синтаксис письма и несвязное изложение были необычными для такого важного официального документа «сверху». Отличавшееся не к месту вставленными фразами и повторами, письмо читалось так, будто было подготовлено трясущейся и нерешительной рукой. В письме подробно описывался ход судебного расследования на процессе по делу «Московского центра»: Киров был убит руководимым из Москвы «Ленинградским центром», который поддерживал терроризм, но не был осведомлен о планах политического убийства. Оба центра разделяли взгляды «троцкистско-зиновьевской платформы» и планировали поставить на руководящие посты своих членов, многие из которых были партийцами. Не найдя поддержки своей программы в рядах партии и среди рабочего класса, они использовали тактику террора и установили связи с латвийским консулом в Ленинграде, сторонником германского фашизма. В письме многократно подчеркивалось, что оба центра не предлагали социалистической альтернативы руководству Сталина, и не могут рассматриваться как альтернативная фракция в партии. Они были террористами, фашистскими коллаборационистами, представителями «бывших буржуазных классов». Письмо представляло подсудимых подлинными контрреволюционерами, дискредитировало их личности, клеветало на их родственников. В письме подчеркивалось, что бывшие оппозиционеры 1920-х годов не были настолько «покорны и безобидны», как считали многие члены партии. Они были «лицемерами», притворялись лояльными политике партии и ее руководителям, тайно готовили террористические акты. Имея партийные билеты и занимая важные посты, они маскировали свои истинные намерения. Фактически отсутствие бдительности в Ленинградской партийной организации, и в особенности в НКВД Ленинграда дало им возможность совершить убийство Кирова. Кроме того, письмо предупреждало, что другие «замаскировавшиеся» оппозиционеры все еще оставались в рядах партии и занимали руководящие посты. В письме требовалось исключить их из партии, арестовать и выслать все «остатки антипартийных групп в рядах партии», а также содержался призыв к членам партии изучать историю ВКП(б) с тем, чтобы научиться распознавать «остатки» антипартийных групп» и уничтожать их.^{148}

Некоторые историки полагают, что это письмо представляло собой прямое указание не только к исключению оппозиционеров из партии, но также к их арестам.^{149} Все же в тексте письма не предлагалось конкретного образа действий, кроме усиления бдительности и изучения истории партии. В 1927 году была подавлена последняя открытая оппозиция в партии, и в 1935 году большинство членов партии не верили, что в местных парторганизациях могли находиться «остатки антипартийных групп». Они с готовностью признавали, что некоторые члены партии могли голосовать за резолюции троцкистов или проявлять активность в оппозиционных кругах, но также они верили, что эти люди давно уже отказались от своих прошлых взглядов. Члены партии с почтительным вниманием отнеслись к письму, но не считали его применимым в собственных организациях.

Вскоре после рассылки этого письма Политбюро по инициативе Сталина предприняло контрмеры против бывших левых оппозиционеров. Из Ленинграда было выслано 663 зиновьевцев, 325 членов партии, бывших «левых», перевели на работу за пределы города. В январе и в феврале НКВД Ленинграда арестовал еще 843 бывших сторонников Зиновьева. Во время их допросов версия об убийстве Кирова, представленная на суде и в письме, Продолжала развиваться и уже включала большее количество злоумышленников, их действий и объектов преступления. Новую версию Ежов изложил в рукописи «От фракционизма к открытой контрреволюции и фашизму», которую выслал Сталину в мае 1935 года с сопроводительным письмом, где просил дальнейших указаний. Согласно версии Ежова, бывшие троцкисты тоже предпочитали террор и подстрекали к этому зиновьевцев. Тем же летом Ежов дал указание НКВД найти и ликвидировать скрывавшихся представителей троцкистского центра. Бывшие члены левой оппозиции, находившиеся в ссылках, в тюрьмах, а также те, кто еще оставался на руководящих постах, были доставлены в Москву для новых допросов.^{150} Круг предполагаемых злоумышленников быстро расширялся.

По мере роста масштабов расследования в поле внимания следствия оказывались как бывшие троцкисты, так и зиновьевцы; таким образом, расширялся круг потенциальных подозреваемых. Люди, давно отказавшиеся от оппозиционной деятельности, были смещены со своих должностей, уволены, в некоторых случаях арестованы и многократно допрошены. Однако на местном уровне заводские парткомы не так активно реагировали на письмо и продолжавшееся расследование, этим они защищали своих членов от арестов. Естественно, все знали об убийстве Кирова, посещали собрания и чтили его память, читали многочисленные статьи, посвященные достижениям Кирова и его «зверскому убийству». Они произноси нужные слова по поводу «бдительности», но в общем и целом, продолжали считать более раннюю оппозиционную деятельность безобидным пережитком, отзвуком прежних партийных дебатов. Представители Пролетарского райкома партии организовали дискуссии по поводу убийства Кирова на крупных заводах «Динамо», «АМО» и «Серп и молот». Секретарь Московского комитета партии М. М. Куликов с несчастным видом докладывал, что многие члены партии сохраняли терпимое отношение к бывшим оппозиционерам. Несмотря на постоянный барабанный бой критики против Троцкого, Зиновьева, Каменева и других в газетах и в руководстве ВКП(б), рядовые члены партии по-прежнему относились к ним с уважением. Один из членов партии, работавший в прокатном цеху завода «Серп и молот» заявил: «Мы не должны забывать заслуги Троцкого, Зиновьева и Каменева в Гражданской войне». Куликов возмущенно ответил: «Разве это вопрос? Вопрос заключается в том, кто будет действовать против партии». Все же многие члены партии и рядовые рабочие отказывались очернять бывших оппозиционеров. Верные памяти революции, они имели свое мнение об убийстве Кирова, и их взгляды не всегда соответствовали «урокам», которые Центральный Комитет партии тщательно изложил в своем январском письме в 1935 году на хлебозаводе № 3 рабочий встал во время выступления официального докладчика и заявил ему: «Ты еще молокосос говорить о Зиновьеве и Каменеве». Докладывая, Куликов кипел от злости: «А там сидят два коммуниста: один — как в рот воды набрал — молчит, а другой выступил и сказал, что они еще отсидят и нам пригодятся».^{151}