А. Ф. Кони с грустью многократно отмечает, что осуществление в жизни основных начал Судебных уставов вызвало резкие и все возрастающие нападки на эти начала. Демократические начала и институты не могли пустить корни в почву царской России (это далеко не всегда понимал А. Ф, Кони). Их судьба оказалась печальной. «Мировой институт, — констатирует А. Ф. Кони, — судебные следователи, прокуратура, адвокатура и присяжные заседатели были подвергаемы беспощадной и, по большей части, крайне односторонней критике».

А. Ф. Кони возмущался несправедливостью огульных обвинений учреждения адвокатуры, «неразрывно связанного с коренным началом нового суда — состязанием сторон», и отмечал ту тяжелую и бескорыстную помощь, «которую оказывала адвокатура отправлению правосудия в массе уголовных, подчас очень долгих процессов».

Он решительно отбивал все атаки на суд присяжных и отстаивал необходимость его сохранения. В присяжных заседателях он видел представителей общества, выразителей общественной совести, указывал на ту пропасть, которая отделяла их от сословных представителей. «Присяжные заседатели, — писал А. Ф. Кони, — решают дела по внутреннему убеждению, которое складывается свободно и независимо, согласно с тем, что они видят и слышат на суде. Это коренное свойство суда присяжных».

Как известно, суд присяжных подвергался в то время критике главным образом за то, что он выносил значительное число оправдательных приговоров. Особой силы достигла эта критика, когда был вынесен оправдательный приговор по делу Веры Засулич, по которому председательствовал А. Ф. Кони (в качестве наказания за это он был «разжалован» в цивилисты и направлен в петербургскую судебную палату для рассмотрения гражданских дел). А. Ф. Кони потратил немало сил и энергии на то, чтобы вскрыть подлинные причины оправдательных приговоров, выносимых присяжными заседателями. Он указывал на то, что присяжных спрашивают не о том, совершил ли подсудимый преступное деяние, а виновен ли он в том, что совершил его. И поэтому они нередко, установив факт совершения подсудимым преступления и не найдя его личной вины в этом, выносят оправдательный вердикт. Он считал преувеличенными многочисленные заявления о слабой репрессии суда присяжных.

А. Ф. Кони утверждал, что можно не соглашаться с тем или иным оправдательным приговором суда присяжных, но его всегда можно понять и объяснить.

Оправдательные приговоры суда присяжных во многих случаях содержали в себе критику действовавших тогда законов, с которыми не могло примириться правосознание присяжных заседателей. Поэтому А. Ф. Кони подчеркивал, что систематически повторявшиеся оправдательные приговоры «сослужили службу законодательству, указав ему на противоречие жизни с требованиями законам.

А. Ф. Кони приходил к выводу, что правильное решение вопроса заключается не в принятии предложений об упразднении суда присяжных, а в осуществлении мер по улучшению практики его деятельности. «Суд жизненный, — писал он о суде присяжных, — имеющий облагораживающее влияние на народную нравственность, служащий проводником народного правосознания, должен не отойти в область преданий, а укрепиться в нашей жизни».

«Суд присяжных России, — говорил А. Ф. Кони 28 ноября 1880 г. в С.-Петербургском юридическом обществе, — похож на дорогое и полезное растение. Опытный и знающий садовод, в лице составителей Судебных уставов, перенес его из чужих краев на нашу почву, вполне для него пригодную, и затем уступил другим возращение этого растения. Пока оно не пустит глубоких корней и не распустится во всей своей силе, необходимо не оставлять его на произвол судьбы, а заботливо следить за ним, охранять его от непогоды, защищать от дурных внешних влиянии, окопать и оградить таким образом, чтобы не было поводов и возможности срезать с него кору или обламывать его ветки».

В суждениях А. Ф. Кони о суде присяжных в царской России имелось немало заблуждений и главное чрезмерной идеализации этого института. Некоторые его предложения по усовершенствованию суда присяжных были ошибочными. Он неправильно, например, полагал, что одной из причин недостатков в деятельности суда присяжных является привлечение в их состав крайне бедных людей. Отмечая в работе «О суде присяжных и о суде с сословными представителями» невысокий имущественный ценз для включения в списки присяжных (200 руб. валового дохода или жалованья в год) и предлагая повысить этот ценз, А. Ф. Кони писал: «…всякий суд, не исключая и суда присяжных, должен состоять из людей, независимых от нужды и от страстей, ею порождаемых». Он считал в связи с этим правильным исключение законом 1887 года из состава присяжных Людей, впавших в крайнюю бедность, и домашнюю прислугу и ставил вопрос о возможности исключения из их состава «…таких представителей служебных профессий, которые, будучи надломлены в своей жив-ни и искажены в трезвости своих взглядов непрерывным механическим трудом за кусок хлеба, приносят затем на скамью присяжных болезненную односторонность». Он сетовал на «…призыв в присяжные заседатели, по нескольку лет сряду, одних и тех же лиц из числа весьма недостаточных крестьян, тогда как в тех же местностях много лиц дворянского и купеческого сословий…».

Отдавая должное судебной реформе, А. Ф. Кони тем не менее иногда трезво понимал, что если найдутся люди для ее осуществления в жизни, то не будет условий для деятельности этих людей. В речи в годовом собрании Юридического общества при С.-Петербургском университете 26 января 1892 г. «Новые меха и новое вино» он говорил: «У нас часто жалуются, что «нет людей», когда в сущности нет не людей, а условий для их деятельности. Являются условия — появляются неведомо откуда, из безвестной тьмы предполагаемого безличья, и деятели бодрые и добрые…».

В августе 1913 года в канун 50-летия Судебных уставов А. Ф. Кони писал: «Скоро минет пятьдесят лет с 20 ноября 1864 г…. Гармонические черты богини изменились, чело ее покрыли морщины — плод горьких утрат и тяжелых испытаний, но для тех, кто ее узнал полвека назад, кто с любовью и тревогой следил за ее жизненным путем, ее внутренняя красота осталась неизменной, и в душе их живет вера, что все наносное, временное, случайное, вызванное «злобой дня» и служащее последней, при дальнейшем развитии русской правовой жизни «спадет ветхой чешуей», открыв неувядающие черты первоначального образа».

Демократические начала правосудия и идеалы, в которые верил и которым служил А. Ф. Кони, были, однако, несбыточной мечтой в условиях царской России. Ему суждено было дожить и увидеть их торжество после Октября 1917 года в Советской России, где произошло действительное судебное обновление как составная часть всеобщего обновления экономической, общественной и политической жизни,

А. Ф. Кони был неизменным приверженцем демократических принципов уголовного процесса. Гласность, устность, непосредственность и свободную оценку доказательств он считал коренными началами правосудия.

Он высоко ценил принцип состязательности и полагал, что «едва ли скоро человечество… найдет возможным обходиться без состязательного начала», так как именно в судебном состязании «взаимно создаются и разрушаются аргументы и установляются новые и не всегда ожиданные точки зрения не только на закон, но и на личность подсудимого, взятую не отвлеченно, а выхваченную из жизни со всеми своими корнями и ветвями».

«Гласность и устность, — писал он, — внесли в судебное производство начало непосредственного восприятия материала для суждения. Они расшевелили и разметали по сторонам тот ворох бумаг, докладов, протоколов, проектов, резолюций и т. п., под которым был погребен живой человек, становившийся лишь нумером дела. Он встал из-под этого нагромождения письменной работы, стиравшей его личные краски, и предстал перед судьею вместе со своими фактическими обличителями и заступниками-свидетелями».

Демократические принципы правосудия хорошо раскрыты А. Ф. Кони в работе «Заключительные прения сторон в уголовном процессе». Здесь, в частности, указывается на то, что состязательное начало в процессе выдвигает как необходимых помощников судьи в исследовании истины — обвинителя и защитника, совокупными усилиями которых освещаются разные и противоположные стороны дела.