Член совета главного управления по делам печати министерства внутренних дел Варадинов представил в связи с этим 17 октября 1866 г. служебную записку. Полагая, что она будет «доведена до сведения господина министра внутренних дел и господина министра просвещения», он писал:
«В начале этого года в № 8 и 9 Московских Университетских Известий помещено кандидатское рассуждение г. Кони «О праве необходимой обороны», которую автор считает возможной "как против официальных лиц, злоупотребляющих своею властью, так и против самого правительства в форме революции, если правительство нарушило право, действительно принадлежащее народу» [2].
Обстоятельно излагая содержание работы, чиновник предлагал предать Кони судебному преследованию за одобрение и оправдание действий, запрещенных законами.
Следует вспомнить события, происшедшие незадолго до появления в печати работы «О праве необходимой обороны».
4 апреля 1866 г. в Петербурге, в Летнем саду, прозвучал выстрел Д. Каракозова, покушавшегося на царя Александра II. Страну захлестнула волна реакции. Решительное /подавление печати, свобода которой, как писал возглавлявший расследование каракозовского дела М. Н. Муравьев-вешатель, «несовместима с нашим образом правления», явилось одним из признаков усиления правительственной реакции. Вместе с закрытием демократических журналов «Современник» и «Русское слово» под строгое полицейское наблюдение и контроль была поставлена вся остальная печать и высшая школа. И именно в это тяжелое время, когда последовали многочисленные аресты, А. Ф. Кони грозило предание суду. Неожиданно в дело вмешался влиятельный в правящих кругах издатель «Московских ведомостей» М. Катков. Типография, где печаталась работа Кони, арендовалась «Московскими ведомостями». Наряду с автором ответственность должен был бы нести владелец типографии. Дело было прекращено.
Первый и очень чувствительный удар, полученный А. Ф. Кони, во многом определил его скрытое оппозиционное отношение к правительству.
Он проявил блестящие способности к научной деятельности, но опубликование «Необходимой обороны» в корне изменило его жизненный путь. А. Ф. Кони решил вступить на судебное поприще и в апреле 1866 года начал свою деятельность с должности помощника секретаря Петербургской судебной палаты. В середине шестидесятых годов в России приступили к постепенному, крайне нерешительному введению в действие уставов, принятых 20 ноября 1864 г.
Порою горькое уныние охватывало молодого юриста при виде людей, проводивших в жизнь новые правовые принципы. Почти сплошь это были те же самые вершители старого дореформенного суда.
В письме к одному из своих московских друзей осенью 1866 года Кони рисовал весьма неутешительную картину: «Я иногда прихожу просто в отчаяние, видя это сонмище чиновников, без всякой любви к делу, без истинного понимания целей и назначения суда, — чиновников, готовых собственными руками разрушить здание, созданное судебными установлениями, пустых по натуре, алчных до денег и власти…»
Позднее Кони, долго веривший в «силу и мудрость» начинаний Александра II, неоднократно наблюдал деятельность различных комиссий, призванных осуществить изменения Судебных уставов, к которым он относился с глубокой преданностью.
А. Ф. Кони покинул в 1867 году Петербург, и его деятельность в течение ряда лет протекала в Москве, в Харькове и Казани, где он вскоре обратил на себя внимание как смелый, талантливый юрист. Речи его, лишенные ложного пафоса и риторических нагромождений, были необычайно логичны и убедительны.
Выдающиеся личные качества и незаурядные способности обусловили назначение Кони прокурором столичного окружного суда. Здесь он поддерживал обвинение по ряду нашумевших тогда уголовных дел.
Прокурорская деятельность А. Ф. Кони успешно сочеталась с литературной и научной. Он опубликовал много судебных очерков и статей по различным вопросам уголовного процесса. В 1876 году А. Ф. Кони был приглашен преподавать теорию и практику уголовного судопроизводства в училище правоведения. В январе 1878 года его назначают председателем Петербургского окружного суда.
В качестве председателя он связал свое имя с одним из самых громких политических процессов семидесятых годов — процессом В. И. Засулич. 24 января 1878 г. Вера Засулич выстрелом из револьвера тяжело ранила петербургского градоначальника генерала Трепова, известного своей деспотичностью, по приказанию которого в доме предварительного заключения был высечен розгами политический заключенный А. С. Боголюбов (Емельянов), на прогулке не снявший перед ним шапку. Выстрел Веры Засулич прозвучал далеко за пределами России и сыграл огромную роль в истории революционного движения России семидесятых годов. Этот поступок, направленный в защиту элементарных человеческих прав политического заключенного, подвергнутого публичному надругательству, рассматривался как протест против унижения гражданского достоинства и вызвал горячие симпатии не только в среде революционно настроенной молодежи, но и в более широких слоях русского общества. Рассмотрение дела Засулич происходило 31 марта 1878 г. За несколько дней до его слушания А. Ф. Кони был принят Александром II. Кони решился обратить внимание царя на «печальные причины, создавшие почву, на которой могут вырастать подобные проявления самосуда». Но его надежды сказать слово правды русскому самодержцу оказались несбыточными.
Александр II не выслушал Кони, удостоив его лишь самым беглым вниманием. А на следующий день министр юстиции Пален потребовал от председателя окружного суда вынесения обвинительного приговора Вере Засулич. Однако, несмотря на молодость, Кони проявил зрелость и твердость своих правовых убеждений. Он не только не согласился на сделку со своей совестью, но решительно отстаивал перед Паленом независимость своих взглядов.
Оправдание Веры Засулич вызвало бурю нападок на Кони. Наиболее реакционные круги во главе с М. Катковым называли Кони «красным», влиятельные реакционные газеты травили его. Дело Веры Засулич стало знаменательной вехой в биографии А. Ф. Кони, усилив его оппозиционное отношение к правительству.
После рассмотрения этого дела Кони навсегда остался в немилости у царя и его приближенных. Его обвиняли в том, что в своем резюме он «внушил», «предложил» присяжным заседателям вынести Засулич оправдательный приговор.
Так как должность председателя окружного суда была несменяемой, Кони «намекнули» на необходимость подать прошение об отставке, но он отказался сделать это.
Оставаясь на своем посту, несмотря на нападки и травлю, он отлично понимал, что в условиях наступления реакции уход с должности, которая формально позволяла ему разрешать дела по своему внутреннему убеждению, независимо от сановной бюрократии, окажет пагубное влияние на деятельность судей.
Опасения Кони не были беспочвенными. Задолго до рассмотрения дела по обвинению Веры Засулич началась полоса отступлений от наиболее прогрессивных нововведений судебной реформы. Так, частым нападкам подвергались суд присяжных, состязательность, гласность и другие демократические основы уголовного судопроизводства.
Процесс Засулич наложил печать на всю последующую судебноправовую деятельность юриста. Тяжелая атмосфера «мстящей неприязни» очень тяготила Кони.
Дальнейшая служба шла, по его словам, «горестно и трудно». Он находился в положении вынужденно терпимого, но отчужденного судебного деятеля. Так, в 1881 году он был назначен членом комиссии для разбора старых архивных сенатских дел. Придирчивость министра юстиции, недоброжелательство сановных лиц и вызванное этим злорадство «вчерашних друзей», пренебрежительное отношение подчиненных серьезно осложняли служебные отношения А. Ф. Кони.
Но он по мере сил и возможностей продолжал отстаивать интересы несправедливо притесняемых и гонимых.
В семидесятые годы окончательно оформилась жизненная философия А. Ф. Кони. Умеренные политические убеждения сблизили его с кружком либерального журнала «Вестник Европы», в который входили М. М. Стасюлевич, Н. И. Костомаров, В. Д. Спасович, А. Н. Пыпин, К. Д. Кавелин, К. К. Арсеньев, отчасти И. С. Тургенев. Позднее А. Ф. Кони вспоминал, что для него, «чужого» по характеру своей служебной деятельности, этот кружок был «своим». В нем он видел высший «моральный суд», «нравственный ареопаг» [3].