В 1836 году преподобный Макарий был назначен духовником Оптиной пустыни, а в 1839 году — скитоначальником.

Как уже было сказано выше, духовным наставником преподобного Макария стал преподобный Лев, которому он полностью вверял свою волю, не дерзая предпринимать что-либо без его благословения. Семь лет преподобные Лев и Макарий руководили духовной жизнью братии и многих тысяч людей. Интересный случай находим мы в жизнеописании старца Макария, из которого видно трогательные отношения двух преподобных — ученика и учителя.

Однажды отец Моисей позвал к себе отца Макария (уже после его назначения духовником обители) и просил его принять от мантии готовившихся к пострижению братий. Отец Макарий, вменяя просьбу начальника в приказание, отвечал на нее смиренным поклоном. Придя к старцу Льву, он застал сего духовного вождя, как обычно, окруженного множеством вопрошавших о своих нуждах и недоумениях. Отец Макарий кратко поведал ему, зачем звал его настоятель. Опытный старец, пользуясь случаем доставить подвижнику-иноку венец терпения, а других воспользовать примером его смирения, с видом строгости спросил у отца Макария:

— Что же, ты и согласился?

— Да, почти согласился, или, лучше сказать, не смел отказаться, — отвечал отец Макарий.

— Да, это свойственно твоей гордости… — сказал старец Лев, возвысив голос, и, притворяясь гневающимся, довольно долго укорял отца Макария. А тот стоял с поникшей головой, смиренно кланяясь и повторяя время от времени:

— Виноват, простите Бога ради, батюшка!

Все присутствовавшие, уважавшие отца Макария наравне со старцем Львом, смотрели на эту сцену — одни с недоумением, другие с благоговейным удивлением. Когда же старец умолк, отец Макарий, поклонившись ему в ноги, кротко спросил:

— Простите, батюшка, благословите отказаться?

— Как отказаться? Сам напросился — да и отказаться? Нет, теперь уже нельзя отказаться, дело сделано, — сказал отец Лев, вовсе не имевший в виду лишать духовной пользы тех, которые вверялись духовному руководству опытного наставника. Цель выговора была иная — испытать смирение преуспевающего в оном старца-ученика и воспользовать через то других, — и она была достигнута.

Став скитоначальником, преподобный Макарий обратил особенное внимание на чтение, пение и вообще порядок церковной службы и, будучи сам знатоком церковного устава, проходя порядно должности канонарха и уставщика (еще в Площанской обители), любя и зная твердо нотное церковное пение, личным руководством, трудом и терпением постепенно ввел порядок и точность в отправлении церковных служб, ровное чтение без ложной чувствительности и тщеславия голосом; им же введена была в скиту должность канонарха и пение на подобны, которое отсюда перешло в монастырь. Он обратил внимание скитской братии на изучение церковного пения по нотам и ввел пение по обиходу: догматиков, славников и антифонов. Во время великопостных служений, преимущественно первой и Страстной седмиц, когда вся скитская братия готовилась к причащению Святых Таин, установлено было старцем на шестом часе чтение из творений преподобного Иоанна Лествичника с таким расчетом, чтобы вся книга была прочтена в течение Великого поста: для чего он сам размечал ее и назначал, сколько именно в какой день прочесть. Но и после введения вышеозначенного порядка по церкви старец постоянно наблюдал за поддержанием оного, никогда не оставлял без замечания в отношении церковного устава чтения или пения не только важной ошибки, но и малейшего опущения: разделит ли канонарх не на месте церковную стихиру (с нарушением смысла), ошибутся ли в чем-нибудь певчие на клиросе, чтец суток или канона — старец не оставлял их без вразумления. Если нужно поправить тон или напомнить забытый напев, сам запевает ирмос или указывает чтецу, где он ошибся и как надобно поправиться. А канонарха по окончании стихир зовет к себе с книгою и указывает, как надо правильно разделить ту или иную стихиру. И все это — с любовью, кротко, тихо, вразумительно. Вместо всяких оправданий сделавший ошибку обыкновенно говорил: "Простите, батюшка", на что старец отвечал: "Бог простит!" — и благословением оканчивалось дело.

Семь лет прожил отец Макарий со своим учителем, а по его кончине самостоятельно выступил на подвиг старчества. Еще при жизни старца Льва все относящиеся к нему ученики привыкли смотреть на преподобного Макария как на его духовного друга и сотаинника. А потому после кончины преподобного Льва они, нимало не колеблясь, обратились за духовным окормлением к отцу Макарию. Одаренный духовным рассуждением и обладавший твердой памятью, старец наставлял своих учеников словами Священного Писания и отеческих поучений, глубоко укоренившихся в чистоте его ума и сердца. Доколе позволяли ему силы, он старался прежде всего поддерживать в монастырском братстве, так же как и в скитском, заведенное его предшественником отцом Львом откровение помыслов, от которого проистекает хранение совести, справедливо признавая сие делание основанием внутреннего благоустройства и порядка, а следовательно, и процветания обители.

Усвоив себе, по слову преподобного Иоанна Лествичника, матерь дарований — смирение, старец поставил ее на страже прочих дарований, которые даны были ему на общую пользу.

Известен такой случай: к преподобному Макарию привели одного бесноватого, который ничего ранее не знал о старце и никогда его не видел. Бесноватый, бросившись к приближающемуся старцу с криком: "Макарий идет, Макарий идет!" — ударил его по щеке. Преподобный тут же подставил и другую щеку, а больной рухнул на пол без чувств. Очнулся он исцеленным: бес не смог перенести великого смирения старца.

Наделил Господь преподобного Макария и даром духовного рассуждения. Каждому приходящему к нему на откровение помыслов он подавал приличное немощи врачевство, предлагая всем, требующим от него духовного совета, наставление правое и истинное, по учению святых и богоносных отцов.

Его смиренное слово было словом действенным, словом со властью, ибо оно заставляло повиноваться и верить неверующего. Смирение проявлялось и во внешности преподобного, в его одежде, в поведении, в каждом жесте. Лицо его было светло от постоянной Иисусовой молитвы, творимой им, оно сияло духовной радостью и любовью к ближнему.

Любовь старца, какой он возлюбил от юности всей душой Господа Бога, была поистине пламенная и деятельная. Исполненный такой любви, старец обильно проливал милость на духовных своих детей, объемля их всех душой своей и вмещая в своем сердце. По примеру нашего Создателя и Искупителя он не отвращался ни от кого, приходящего к нему и требующего милости душевной или телесной, и никого не отпускал от себя, не оказав чем мог внимания его нужде.

Долготерпение и кротость также были украшением старца, ибо никто не видел в нем гнева или смущения за что-либо, разве за преступление заповеди Божией; но, напротив, кротость и терпение его были видны всем окружающим. Обличая кого-либо, он запрещал с тихостью, наставлял и поучал с любовью, миловал и долготерпел с надеждой исправления согрешающих. Незлобие и простота в нем были поистине младенческие. По временам старец приходил в состояние духовного восторга, особенно при размышлении и беседе о неизреченных судьбах Промысла Божия, Его великой и присносущной силе и Божестве. Тогда запевал он одно из своих любимых песнопений, как, например: "Покрываяй водами превыспренняя Своя, полагаяй морю предел песок…", или песнь, в которой с такой глубокой силой и вместе краткостью выражено Таинство Святой Троицы: "Приидите, людие, Триипостасному Божеству поклонимся…", или один из догматиков, коим воспевается неизреченное и недоуменное таинство воплощения, и послужившая этому Божия Матерь, как, например: "Кто Тебе не ублажит, Пресвятая Дево…", "Царь Небесный…" и прочее. А иногда, выйдя из келлии с костылем в руке, прохаживался по скитским дорожкам и, переходя от цветка к цветку, молча погружался в созерцание премудрости Творца, от творений познаваемого.