В течение 1997 года Чечня была исключена из сферы внимания российских политиков, стремящихся забыть провал военной операции. Именно поэтому практически полностью была проигнорирована информация о стремительной криминализации Чечни, а также об использовании этого неподконтрольного Москве анклава в качестве базы для российских преступных группировок. Чечня стала перевалочной базой для торговцев оружием и наркотиками, местом, где скрываются преступники, объявленные в розыск. Сюда переправлялись краденые автомобили, возобновлялось производство оружия, наркотиков, фальшивых денег и документов. Захват заложников превратился в выгодный промысел.
В условиях обострения противоречий между полевыми командирами, закрепившими за собой различные территории, и Грозным, Масхадов предпринимает попытки добиться компромисса путем включения в состав правительства наиболее признанных лидеров оппозиции. 1 апреля 1997 он официально объявил о назначении первыми вице-премьерами М.Удугова, М.Дошукаева и террориста Ш.Басаева. Неоднократные чистки в чеченском правительстве, завершаются к концу года его роспуском и формированием в новом составе под руководством Басаева.
Влияние Басаева в Чечне подтверждает и серия терактов — взрывы на вокзалах в Армавире-2 и Пятигорске, повлекшие за собой человеческие жертвы, а также нападение чеченских боевиков 22 декабря 1997 происходит на воинскую часть в Буйнакске, которое сопровождается человеческими жертвами и большим материальным ущербом.
Тяжелая и нестабильная политическая и социально-экономическая ситуация в Республике вынуждает ее руководство добиваться скорейшего подписания договора с федеральным центром. При этом предпринимались энергичные меры по оказанию воздействия на позицию России через зарубежные страны. 12 мая 1997 года подписан договор “О мире и принципах взаимоотношений между Российской Федерацией и Чеченской Республикой” и Соглашение об основных экономических отношений между Москвой и Грозным. К этому моменту складывается иллюзия, что Чечня может быть умиротворена фактической независимостью и экономической самостоятельностью за счет доходов от транзита каспийской нефти.
Несмотря на усилия правительства А.Масхадова, направленные на укрепление основ государственности и установление порядка в Чечне, реальной властью на местах по-прежнему обладали полевые командиры, большая часть которых не собиралась разоружаться и подчиняется правительству. Практически в каждом районе республики отряды боевиков сохранили свои структуры — штабы, военные базы, службы безопасности и даже тюрьмы. Они не считали войну законченной и в любой момент готовы были приступить к боевым действиям и совершению террористических актов.
Поскольку разрушенное войной и грабежами хозяйство Чечни практически не давало иных способов самообеспечения, кроме криминальных, официальные власти Грозного оказались бессильными перед волной преступности и не смогли разоружить боевые отряды, поделившие Чечню на зоны влияния. Безоглядная борьба за абсолютную свободу и полную независимость стала причиной абсолютного же беззакония и анархии. Масхадову приходилось лавировать между интересами различных группировок, сохраняя лишь видимость единства Чечни. При этом реального государственного строительства и восстановления экономики Республики Масхадов организовать не смог. Существование Чечни было обеспечено лишь практически открытыми границами с Россией, российской электроэнергией и энергоносителями, российским рынком.
Целенаправленные акции чеченских властей против нечеченского населения, нежелание вести серьезную борьбу с бандитизмом и терроризмом, похищениями людей и работорговлей, использование рабского труда заложников и военнопленных на тяжелых работах по строительству военных объектов в горных районах Чечни, говорило о полном циничном пренебрежении к правам человека.
Фактическая изоляция Масхадова и распространение сферы деятельности криминальных сообществ Чечни на прилежащие российские территории не могли не привести как к внутричеченскому конфликту, так и к обострению отношений Грозного с Москвой. Действительно, разногласия Масхадова с “непримиримыми” привели к уходу Шамиля Басаева с поста премьера Чечни и к методичной критике Масхадова со стороны Салмана Радуева. В Урус-Мартане и близ Гудермеса происходят атиправительственные выступления ваххабитов. Масхадову приходится концентрировать свои вооруженные силы в Грозном.
20 июня 1998 года Радуев выступил по местному телевидению с призывом чеченцев к активным действиям против руководства республики. На следующий день в центре Грозного состоялся многочисленный митинг. Радуев отдал приказ о захвате телевидения и мэрии Грозного. Но отряды Масхадова рассеяли митинг. В перестрелке были убиты несколько сторонников Радуева и Басаева. 24 июня Масхадов ввел в Чечне чрезвычайное положение.
13 июля произошло столкновение между боевиками Исламского полка спецназначения (А.Бараев) и боевиками Гудермесского батальона Национальной гвардии Чечни. В последующие два дня в перестрелках было убито около 50 человек. После этого Арби Бараев был из генералов разжалован в рядовые и обвинен в похищении людей, в том числе в похищении и убийстве трех англичан и новозеландца. Однако Бараев сохранил хорошо вооруженную группировку и свою зону влияние, неподвластную Грозному. 23 июля 1998 года произошло покушение на Масхадова.
25 июля 1998 года по инициативе муфтията Чечни в Грозном прошел съезд мусульман Кавказа. На нем присутствовали делегаты из Дагестана и Ингушетии. В резолюции съезда говорилось о необходимости запрета ваххабизма в регионе.
Вместе с тем, новая оппозиция тем временем консолидировалась. Антимасхадовскую группировку составили Шамиль Басаев, Салман Радуев, руководитель Антитеррористического центра Чечни Хункар Исрапилов, Арби Бараев, Рамзан Ахмадов и другие.
29 сентября в Грозном на съезде Движения сопротивления (съезд проходил на грозненском стадионе, в нем участвовали около пяти тысяч человек) оппозиционные полевые командиры потребовали отставки Масхадова, обвинив его в нарушении законов шариата и Конституции республики. На его место участники съезда прочили Салмана Радуева. В случае невыполнения их требования оппозиционеры пригрозили организацией акций гражданского неповиновения. Масхадов же заявил, что “таких, как Радуев, надо расстреливать” и устроил демонстрацию военной силы вблизи места проведения съезда оппозиции.
Пытаясь перехватить инициативу у радикальной оппозиции, Масхадов проводит в декабре 1998 года Верховный шариатский суд Чеченской Республики, который рассматривает обвинения со стороны “непримиримых” и не находит достаточных оснований для отстранения Масхадова от должности.
9 января 1999 года Масхадов выступил за создание в Чечне исламского государства и объявил об учреждении Исламского совета из ученых алимов и богословов, который должен был заменить так называемую «шуру», идею которой выдвинул один в декабре 1998 года из лидеров оппозиции вице-президент Ваха Арсанов. Но это не ослабило противостояния с оппозицией. Район Урус-Мартана стал базой оппозиции, живущей по своим законам. Именно здесь иорданский террорист Хаттаб открыл свою диверсионную школу.
26 января в селе Старые Атаги состоялось экстренное совещание оппозиции. В совещании участвовали экс-президент Зелимхан Яндарбиев, вице-президент Ваха Арсанов, “генералы” Шамиль Басаев, Хункарпаша Исрапилов, Руслан Гелаев, экс-министра иностранных дел Мовлади Удугова и бывшие активные сторонники президента вице-премьеры Ахмед Закаев и Казбек Махашев, а также большая группа влиятельных полевых командиров, включая руководство расположенного в городе Урус-Мартан подразделения “Джамаат” (Арби Бараев).
3 февраля 1999 года Аслан Масхадов издал указ о введении в республике шариатского правления “в полном объеме”. Он поручил парламенту и муфтияту в течение месяца разработать проект шариатской конституции.
7 февраля — Масхадов формирует “шуру” и называет ее Госсоветом. В него включены ведущие лидеры оппозиции, которые, однако, не поддержали инициативы Масхадова. Ваха Арсанов заявляет, что не намерен “быть соучастником этого фарса”, а Масхадов должен сложить свои полномочия перед “шурой”.