Удручённый неудачей, Стеллецкий понял, что для дальнейших исследований подземной Москвы ему необходима поддержка какой-то комиссии или общества. В 1909 году он становится одним из учредителей комиссии «Старая Москва». При поддержке комиссии Игнатий Яковлевич нашёл и обследовал подземные ходы в Донском и Новодевичьем монастырях и в ряде зданий ХVI-ХVII веков. В Кремль он попадает волей случая лишь на короткое время, проверяя сохранность документов губернского архива старых дел, хранившихся в Арсенальной башне. Уже первое знакомство с подземным Кремлём подтверждает некоторые догадки Стеллецкого.

В это же время происходят перемены и в личной жизни учёного. В 1908 году Стеллецкий обвенчался в Киеве с потомственной дворянкой Анной Васильевной Супруненко. От этого брака родились дочери Любовь (1909) и Злата (1911) и сын Донат (1917).

В 1910 году Стеллецкий защитил диссертацию на тему «Мадебская карта-мозаика Палестины в связи с вопросом о новой «Горней» и получил звание «учёного археолога». В этом же году он участвовал в раскопках в Крыму.

В последующие два года Игнатий Яковлевич неоднократно выезжал в командировки для обследования найденных подземных ходов. Изучал он крепостные сооружения Изборска, Пскова, Новгорода, Выборга. Особое внимание уделял Игнатий Яковлевич пещерным монастырям. На Археологическом съезде в Новгороде, выступая с докладом, Стеллецкий призвал археологов изучать памятники подземной старины. Призыв этот был встречен ироническими улыбками, а археолог И. К. Линдеман был невероятно возмущён предложением Стеллецкого, заявив: «Докладчик дерзает посылать археологов туда, куда раньше лишь каторжников посылали» [5]. Негативное отношение к подземной старине собратьев по науке не обескуражило Игнатия Яковлевича, он продолжал заниматься подземным миром, только предпочитал теперь работать в одиночку, стал более замкнутым и реже рассказывал о своих находках.

На третьем году существования комиссии «Старая Москва» между её членами возникли разногласия. Большинство историков считали, что изучать надо Москву наземную, подземная может и подождать. Стеллецкий решает создать новое общество. Его поддержал чиновник губернского правления Н. Г. Способин. Собрав коллектив единомышленников, они объявили о рождении Общества по исследованию памятников древности. При обществе стала существовать Комиссия по изучению подземной старины. Её-то и возглавил Игнатий Яковлевич. В «Положении о Комиссии...» говорилось:

«Комиссия ставит своей задачей выявление и изучение памятников подземной старины, то есть предметов первобытной и бытовой археологии, скрытых в недрах земли временем или волей человека. Но особенно Комиссию интересуют всякого рода древние подземные сооружения, бытовые и военные, сохранившиеся в недрах территории России. В этом отношении во главу изучения ставятся Комиссией связанные с подземными замковые и крепостные сооружения, валы, городища, курганы, всякого рода пещеры, погреба, ямины, оседания и провалы почвы, клады и сопутствующие им явления: кладоискательство и «магический жезл» [6]» [7].

С первых же шагов комиссии ей оказал помощь архив Министерства юстиции. От него было направлено письмо министру внутренних дел, тот пообещал помочь в сборе материалов. И в самом деле, вскоре в комиссию стали поступать из разных областей империи сведения, собранные статистическими комитетами, Присылали материалы и губернские архивные комиссии, отдельные исследователи. Иногда информация дополнялась планами, схемами, рисунками, фотографиями. Сведения о подземных ходах Стеллецкий всегда старался проверить лично. В короткий срок был собран обширный материал, который собирались издать в виде сборника, однако сделать это не удалось. Игнатий Яковлевич не забывал и о подземной Москве. После долгих изысканий в архивах он пришёл к выводу, что «подземные ходы или тайники Москвы всегда составляли элемент фамильной и государственной тайны и в официальные документы сведения о них не заносились» [8]. Оставалось осматривать здания, где могли быть подземелья, проверять предания, легенды, слухи. Иногда (но очень редко) Стеллецкому удавалось встретить людей, проходивших тем или иным ходом.

Следует сказать, что работа по изучению подземных сооружений древности и по сей день связана с большими трудностями. Исследователя подстерегают обвалы и удушливые газы. Многие подземные ходы заполнены водой или землёй. Иные ходы замурованы.

Для расчистки тайников требовались средства и рабочая сила. У Стеллецкого не было ни того, ни другого. Он мог полагаться только на себя, на свой опыт. Вооружённый лишь свечами да заступом, он проникал в неведомые подземелья, и день за днём перед ним открывались тайны подземной Москвы.

В 1912 году в Обществе бывших слушателей Археологического института Стеллецкий прочитал доклад «План подземной Москвы». Согласно этому плану, подземные сооружения под зданиями XVI-XVII веков, находящимися в пределах Садового кольца, связаны между собой и с Кремлём сетью подземных лабиринтов. Игнатий Яковлевич считал, что учителями русских зодчих в подземном деле были итальянские архитекторы-строители, творцы Кремля и Китай-города Аристотель Фиораванти, Пьетро Антонио Солари, Алевиз Новый, Петрок Малый. Он высоко ценил талант и мастерство этих людей, создавших уникальные памятники русского зодчества. Стеллецкий утверждал, что подземный и наземный Кремль был построен по плану «мага и чародея» Аристотеля Фиораванти. Зная из летописных источников, что в древние времена посредине Боровицкого холма проходил глубокий овраг, Стеллецкий предполагал, что на дне оврага находились выходы из неолитических пещер. По этой же версии, Фиораванти посредством подземных ходов связал пещеры между собой. Подобное сооружение было встречено Игнатием Яковлевичем в Киеве.

Здесь мы не будем рассказывать о работах Стеллецкого в Кремле в 1914 году, так как этот период описан в «Мёртвых книгах...». Скажем только, что в 1914-1916 годах Игнатий Яковлевич читает лекции в Московском археологическом институте о подземных древностях и пещерах Востока. В эти же годы он собирает кладовые записи, встречается с кладоискателями, ищет сведения о кладах в архивах. Летом 1916 года он начинает поиски клада польского гетмана Иеремии Вишневецкого в Лубнах (Полтавская губ.) на средства, выделенные городской управой.

В 1912 году Стеллецкий производится в титулярные советники и получает медаль в память 100-летия Отечественной войны 1812 года. В 1913 году он становится коллежским асессором и награждается медалью в память 300-летия дома Романовых. В этом же году он «за отлично усердную службу всемилостивейше награждён орденом Св. Станислава П1 степени при грамоте» [9].

Осенью 1916 года Стеллецкого командируют в Управление завоёванными областями Турции в качестве учёного археолога. Наместник Кавказа великий князь Николай Николаевич потребовал от управления тщательной фиксации и бережной охраны памятников на территории, занятой русскими войсками. Для проведения этих работ потребовались специалисты, одним из которых и явился Игнатий Яковлевич. Прибыв в Тифлис (Тбилиси), Стеллецкий разрабатывает план экспедиции Трапезунд-Багдад, получивший поддержку генерал-губернатора М. В, Романовского-Романько и академика Ф. И. Успенского. В связи с Февральской революцией разрешения на проведение экспедиции пришлось ждать полгода. Летом 1917 года небольшой отряд, возглавляемый Стеллецким, в течение трёх месяцев прошёл от Трапезунда до озера Ван. Наряду со спелеологическими исследованиями и археологическими раскопками проводился поиск полезных ископаемых.

После Октябрьской революции Стеллецкий пытался пробраться в Москву, но гражданская война задержала его на Украине, где он пробыл несколько лет. Надо сказать, что Игнатий Яковлевич был человеком, далёким от политики. Главным в его жизни было любимое дело, которому он отдавал всего себя. Начав раскопки на Зверинце в Киеве, он продолжал их, невзирая на смену властей. Не обращая внимания на белых, красных, зелёных, он спокойно раскапывал скифские курганы в степи, исследовал пещеры в Холодном яру, собирал памятники по разрушенным помещичьим усадьбам. В 1918 году его избирают профессором Украинского государственного университета, он читает лекции по археологии. В это же время ведёт работу по описанию украинских памятников, хранящихся в русских музеях. В 1919 году по заданию Украинской Академии наук (УАН) Стеллецкий организует сбор памятников искусства и старины. С этой целью его экспедиция проходит по маршрутам Лубны-Золотоноша-Канев, Киев, Лубны, Кременчуг-Харьков. Наиболее ценные экспонаты он передаёт в УАН. В сёлах он читает лекции, создаёт общества по охране памятников и музеи.