Получив согласие Ротерта на создание музея «Подземная Москва», Стеллецкий обращается к рабочим метрополитена с просьбой передавать предметы, найденные при земляных работах в шахтах метро, в музей. К сожалению, рабочие не были в этом заинтересованы, часто они не только не сообщали о своих находках, но и разрушали найденное. «При проходке тоннеля метро через кладбище у башни Кутафьей [17], встреченные погребения не могли, конечно, замедлить темпы работ. Я дежурил ночью. Один цельный гроб велел окопать. Пока осматривал другой, первый был растащен крючьями, а череп из него, с волосами, усами, бородой, вызвав огромный интерес, пошёл гулять по рукам, пока не исчез бесследно. Этот случай красноречиво говорит за то, что даже личное присутствие исследователя не всегда могло гарантировать сохранность находок. Неудивительно, что погиб редчайший экземпляр захоронения - отлично сохранившийся труп, снежно-белый и мягкий, который легко было проткнуть: вместе с обломками гроба он был вывезен на свалку» [18]. Игнатий Яковлевич предложил Ротерту назначить награды для находчиков, но откуда взять деньги?

Метрополитен не смог выделить даже комнаты для экспонатов музея, и все они размещались в маленькой квартире Стеллецких.

В подвалах бывшего дома Стрешневых (ХVII в.) на территории строящейся Библиотеки имени Ленина Стеллецким были обнаружены ступени каменной лестницы, уходящей под землю. Игнатий Яковлевич приступил к расчистке ступеней, но ночью кто-то специально повредил свод подвала настолько, что работать в нём стало опасно. Этим воспользовались противники Стеллецкого. Группа археологов из Московского отделения Государственной академии истории материальной культуры (МОГАИМК), написала отрицательный отзыв о работе Стеллецкого в метро и, не поставив в известность исследователя, разослала отзыв в разные организации. Но, очевидно, Ротерт больше доверял Стеллецкому, так как не реагировал на отзыв. В дневниковых записях Игнатия Яковлевича есть упоминание о невыносимо тяжёлой обстановке вокруг него, о том, что он неоднократно предлагал своим противникам выяснить отношения; «Если приемлем, готов служить и жизнь отдать за науку, если горбат, только могила исправит» [19].

В 30-е годы Стеллецкий часто выезжает с геологоразведочными экспедициями, В 1931 году он разыскивает старинные места добычи серебра на Украине. В 1932 году по заданию Союзгеоразведки проводит экспедицию по бассейнам рек Малки, Баксана, Ингури. После этой экспедиции он создаёт книгу «Золотой Кавказ», которая получила положительный отзыв начальника объединения «Главзолото».

В 1933 году Игнатий Яковлевич пишет письмо Сталину с просьбой разрешить ему начать поиски библиотеки Грозного в Кремле. И он получает это разрешение. Одиннадцать месяцев он ведёт раскопки в подземелье Арсенальной башни. «Везде и всюду подземелья временем и людьми приведены в состояние если не полного, то очень большого разрушения. Общей участи не избежал и Кремль, и потому нельзя обольщать себя мыслью, что достаточно открыть один ход и по нему уже легко пройти подо всем Кремлём, если не подо всей Москвой. В действительности путешествие по подземной Москве - скачка с препятствиями, притом весьма существенными, устранение которых потребует усилий, времени и средств. Но всё это ничто по сравнению с возможным идеальным результатом: очищенная, реставрированная и освещённая дуговыми фонарями подземная Москва явила бы из себя подземный музей научного и любого интереса» [20]. Стеллецкий мечтал о том, что подземный Кремль станет музеем, он верил, что Сталин разрешит это, как разрешил начать поиски библиотеки. Поскольку читателю ещё предстоит познакомиться с дневниковыми записями Стеллецкого, повествующими о работах в Кремле, мы не будем рассказывать о результатах его работы. Отметим только одно: до самой смерти Стеллецкий был уверен, что работы были прекращены из-за «придворных» интриг, в Сталине он не сомневался.

Тридцать пятый год был во многом чёрным для Игнатия Яковлевича: прекращены работы в Кремле, арестованы многие друзья и знакомые. К тому же на его глазах почти ежедневно шло разрушение тех памятников, которые он пытался сохранить ещё до революции. «О, Вы, далёкие потомки, поймёте ли Вы, как болит археологическое сердце, видя воочию, как разрушаются краса и гордость древнего человеческого творчества, кружевные церкви ХV-ХVII веков, таинственные, с подземными ходами, башни, как, например, Ильинская или Варварская, а вот сейчас даже Сухарева [...]. Ах, нет, не поймёте, холодные и безразличные к этому. И счастливые! А нам, свидетелям и работникам двух веков, двух эпох - горе, горе…» [21]

В конце 30-х годов Стеллецкий был приглашён консультантом по спелеологии в Народный комиссариат обороны. Очевидно, здесь сыграли свою роль предложения Игнатия Яковлевича об использовании пещер для наступательных и оборонительных действий и об использовании подземелий Москвы в качестве газо- и бомбоубежищ. В это же время он работает с академиком А. Е. Ферсманом в спецкомиссии № 2 АН СССР. Неоднократно участвует в съёмках художественных и научно-популярных фильмов [22].

В войну Стеллецкие оставались в Москве. Игнатий Яковлевич имел возможность эвакуироваться, но в памяти была свежа утрата архива в 1919 году. Он принял решение остаться и уничтожить бумаги, если немцы возьмут Москву. Военные годы были полны лишений и тяжёлого труда. Несмотря на свой возраст (а ему было 63 года), Стеллецкий тушил пожары и зажигательные бомбы на крыше своего дома, по ночам дежурил во дворе. После войны он был награждён медалью «За оборону Москвы». Только в 1943 году о нём вспомнили в Академии наук, и он стал получать литерную продуктовую карточку, а до этого Стеллецкие делили один обед, получаемый в столовой Союза писателей, на двоих, варили суп из лебеды и кашу из «смёта» [23]. Голод привёл к дистрофии. Квартира не отапливалась, и жить Стеллецкие перебрались в ванную комнату. В декабре 1941 года, голодный, с распухшими ногами, сидя в промёрзшей квартире, Игнатий Яковлевич записывает: «Проверить упоминаемый в летописи «тайник», т. е. подземный ход из Беклемишевской башни к Москве-реке... Пройти из Спасской башни подземным ходом до храма Василия Блаженного, близ которого спуск в большой тоннель под Красную площадь, тоннель весьма загадочного назначения. Пройти из Никольской башни подземным ходом, спускающимся ниже алевизовского рва в район Китая и Белого города» [24]. И ещё одна запись в дневнике: «Но после войны, после победы, заветный клад (библиотека Грозного - Т. Б.) будет найден, порукой в том слово великого Сталина» [25].

Летом 1942 года Стеллецкие получили огород на Шелепихе (по Белорусской дороге). Непосильная физическая работа привела к кровоизлиянию. Игнатий Яковлевич ослеп на один глаз. После лечения у гомеопата зрение восстановилось. Зимой 1943 года его парализовало, и два месяца он пролежал в Остроумовской больнице. Вопреки мрачным прогнозам врачей Стеллецкий встал на ноги. Большой радостью было появление в 1944 году в журнале «Наука и жизнь» его статьи о библиотеке Грозного. Получив много писем от читателей, Игнатий Яковлевич принял решение написать документальную историю библиотеки Грозного. Летом 1945 года он отдыхал в санатории в Риге и обследовал подземелья ратуши. Это была последняя встреча Стеллецкого с подземным миром.

В мае 1947 года - второй паралич. Едва встав на ноги, Стеллецкий начинает работать директором библиотеки на спелеологической станции Московского университета. Но годы и болезни брали своё, порой он с трудом добирался до библиотеки.