С 25 августа полк был переведен на новую организационно-штатную структуру ИАС: техсостав эскадрилий выведен из состава боевых подразделений и в виде ТЭЧ АЭ включен в ПАС полка.

В сентябре войсковые испытания самолета закончились — к этому времени было переучено 46 экипажей. В конце месяца в полку была проведена научно-техническая конференция с участием представителей 4 ЦБП и ПЛС и переучивавшихся на Як-27Р частей — 48 ОГРАП, 164 ОГРАП, 511 ОРАП, а также представителей ГК НИИ ВВС, ОКБ Яковлева и ГШ ВВС. В ходе совещания летчики, штурманы и инженеры полка выступали с докладами о боевом использовании и тактико-технических возможностях нового самолета, а также о его конструктивно-производственных и эксплуатационных недостатках, выявленных как в ходе войсковых испытаний, так и при полетах по плану боевой подготовки. Отмечая положительные качества Як-27Р, в адрес его разработчиков прозвучал целый ряд серьезных претензий:

• разведоборудование самолета позволяет вести фоторазведку только днем в ПМУ и под облаками — ни в СМУ, ни ночью никакие виды разведки, кроме визуальной, невозможны;

• несовершенное для данного времени пилотажно-навигационное и радиотехническое оборудование, не позволявшее решать в полном объеме задачи самолетовождения в СМУ;

• неудовлетворительная звуковая изоляция кабин;

• катапультные кресла не позволяют покидать самолет на малых (ниже 200 м) высотах.

В общем, можно сказать, что сравнение нового разведчика с Ил-28Р вызывало много вопросов — особенно учитывая, что дальность заметно сократилась, а набор разведоборудования не впечатлял. На основании материалов этой конференции ГК НИИ ВВС выпустил «Инструкцию по эксплуатации самолета Як-27Р» и «Методики по обучению технике пилотирования, самолетовождению и боевому применению». За отличное проведение ВИ участникам объявили благодарности и вручили денежные премии.

1961. В мае-июне 24 лучших экипажа полка готовились к воздушному параду в День Воздушного Флота. Гвардейцам доверили продемонстрировать новый самолет перед всем миром. Сначала отрабатывали групповую слетанность пар и звеньев, одновременные взлеты парой и звеном, а также всей группой с интервалом 20 секунд между звеньями. А 29 мая вся группа из 25 самолетов перелетела в Мигалово, где началась отработка полетов строем всего парадного расчета. Точность выхода групп в в точку сбора составляла 5 секунд.

9 июля в 9.30 начался взлет участников парада и их сбор в полковую колонну на главную парадную петлю. 21 самолет Як-27Р 47 ОГРАП в четком монолитном строю, секунда в секунду прошли над Тушино на высоте 125 метров и скорости 850 км/ч. Для большего звукового эффекта экипажи открыли люки перспективных аэрофотоаппаратов.

На Як-27Р полк преодолел звуковой барьер, Шаталово, начало 60-х гг.

К концу года 33 экипажа могли вести воздушную разведку днем, а 23 из них — и ночью в ПМУ.

1962. Но даже высокий уровень подготовки не гарантировал от случайностей. В июне во время ночных полетов, у самолета гв. ст. л-та Пеганова (штурман гв. ст. л-т Балденков) на пробеге убралось шасси. Летчик быстро выключил двигатели, обесточил самолет и вместе со штурманом покинул его, не доложив группе руководства. Садившийся следом Як-27Р гв. ст. л-та Воробьева увидел оставленный на ВПП самолет слишком поздно. Обе машины при столкновении были очень сильно повреждены (самолет Пеганова отправили как пособие в одно из технических училищ, а Як-27 Воробьева — на свалку), но никто не пострадал.

18 октября в полк прибыл новый командир, гв. п/п-к И. Гуржий — с этого момента он возглавлял полк 10 лет, дольше всех других командиров. Его вступление в должность пришлось на один из самых напряженных моментов в истории — во время Карибского кризиса полк был приведен в полную боевую готовность. Личный состав переведен на казарменное положение. Сменяя друг друга, одно звено разведчиков круглосуточно находилось в готовности № 1, и по одному звену в готовности № 2 и № 3. Так продолжалось до конца октября.

1963. Поскольку Як-27 не имел учебно-тренировочного варианта с двойным управлением, подготовка летчиков производилась на Як-25М. В конце февраля им на смену появились 3 новых учебно-боевых самолета Як-28У. По летным характеристикам и технике пилотирования новая спарка значительно отличалась от Як-27Р, и эта замена оказалась чрезвычайно необдуманной. Но из всего семейства Яков именно Як-28У служил в 47-м ОГРАП дольше всех — почти 20 лет.

Год оказался очень насыщенным в отношении учений, тревог и проверок. 23–24 мая 32 экипажа принимали участие в ЛТУ полка с ведением разведки РЯС на незнакомых полигонах ПрикВО и с посадкой на аэр. Коломыя 57-й ВА. 1–7 июля полк был проверен комиссией ГИМО. Наряду с хорошими и отличными оценками по всем видам боевой подготовки было отмечено нарушение приказа МО СССР «летать без аварий и катастроф» (столкновение самолетов на ВПП) и общую оценку снизили до удовлетворительной. 9-10 сентября в ходе ЛТУ полка с посадкой на аэр. Буялык (ОдВО), экипажи выполняли разведку на незнакомых полигонах этого округа: Тарутино, Киево-Александровский, мыс Свободный Порт, а также разведку ВМБ Одессы, Ильичевска, Николаева и др. 26 сентября, при отработке вывода полка из-под удара по тревоге, за 4 минуты 19 экипажей произвели старт парами из Шаталово и по трем разным маршрутам выполнили перелет на аэр. Тамбов с выполнением попутной разведки.

Осенью впервые проводились соревнования по воздушной разведке. Первое место в них занял экипаж командира 3-й АЭ гв. м-ра Коваленко и штурмана АЭ гв. м-ра Коннова.

1964. С 13 января полк переведен на новую организационно-штатную структуру: инженерно-авиационная служба ТЭЧ эскадрилий выведена из состава ИАС полка и включена непосредственно в боевые подразделения.

Летный состав продолжал осваивать Як-28У, а также отрабатывал полеты на боевых самолетах на предельномалых высотах (100–150 м).

3 июня в учениях с перебазированием на аэр. Буялык принимал участие 21 экипаж. Особое внимание уделялось ведению разведки на предельно-малых высотах и преодолению воздушных пространств, зараженных радиоактивными веществами с дезактивацией самолетов после посадки.

1965. В этом году полк готовился к боевым действиям: разведке, доразведке и определению координат подвижных малоразмерных объектов в оперативной и тактической глубине. Дополнительные трудности создавало преодоление сильной ПВО противника на предельно-малых высотах и больших скоростях с переменным профилем. Продолжались испытания лидерных самолетов, начатые в 1962 г.

27 мая произошла катастрофа самолета Як-27Р, командира 1-й АЭ гв. м-ра Суховерхова. В ходе учений полк перебазировался на аэр. Екабпилс. Экипаж Суховерхова (штурман АЭ гв. м-р Каленчук) был замыкающим. При подходе к аэродрому комэск доложил: «Катастрофически падает топливо». На высоте 5000 м двигатели остановились. Снизившись до 1000 м, Суховерхов пытался перетянуть болотистую местность, после чего подал команду на покидание машины. После выхода кресла из кабины, летчик так и не смог отделиться от него. Причиной стал перекос объединенного разъема парашютного кислородного прибора (конструктивно-производственный недостаток). Останки пилота вместе с креслом нашли недалеко от упавшего самолета. Полеты запретили, а проверка выявила подобные дефекты еще на семи самолетах. В результате все кресла дорабатывали по рацпредложению начальника группы СД и САПС Кубасова, одобренному представителями МАП. После этого над аэродромом произвели показательное катапультирование манекена на доработанном кресле в присутствии всего летного состава полка.

Во втором периоде обучения полк продолжал полеты на совершенствование боевой выучки и готовился к выполнению перелетов на предельную дальность с ведением воздушной разведки РЯС на полигонах БелВО и Приб- ВО. Эти ЛТУ выполнялись 15 июня с перелетом 20 экипажей полка и посадками на аэр. Щучин и Екабпилс. При этом полет проходил с переменным профилем в диапазоне высот от 200 до 900 м, по трем разным маршрутам, протяженность каждого из которых составила 650–670 км. На аэродромах посадки самолеты встречали и обслуживали передовые команды ИТС полка. При выполнении заданий по разведке передача разведданных с воздуха производилась непосредственно на КП полка в Шаталово через самолеты-ретрансляторы, находившиеся на удалении 150 км от своего аэродрома на высотах 10–11 тыс. м. В ходе этих учений выполнено 45 полетов на разведку РЯС и 15 — на разведку ВМБ.