Покупка в 1938 г. для аэроклуба английского учебного моноплана «Майлз Мэжистер» (эстонский борт. № 159) подстегнула конструкторскую мысль инженерной троицы, предложившей военным создать аналогичный самолёт собственного производства. К этому времени конструктор Нейдорф, немец по национальности и подданный Германии, сменил гражданство на эстонское, а фамилию на Тоома. В результате новое детище коллективного творчества получило обозначение РТО-4. Этих монопланов в 1939–1940 гг. было построено пять штук: три для авиационного клуба (коды ES-A1N, ES-ENN и ES-EPP) и два для военной авиации (бортовые № 161 и № 162). Первые четыре имели открытые кабины, а на 162- м её закрыли лёгким фонарём — в основном для обучения слепым полётам. Потом теми же конструкторами по заказу военных был построен аналогичный самолёт PN-3, также с закрытой кабиной и более мощным мотором «Роллс-Ройс Кестрел-II». Он предназначался специально для переучивания эстонских лётчиков на «Спитфайры». В январе 1939 г. его облетали и вскоре машина получила ортовой № 160. Но на этом история собственного самолётостроения в Эстонии закончилась, и непохоже, чтобы в наше время она могла хоть как-то продолжиться…

РТО-4 был довольно удачным и вполне современным учебным самолетом, показавший возросший уровень эстонской промышленности, однако для реализации последнего в полной мере времени в конце ЗО-х годов уже не оставалось.

Создание лёгкомоторных PON-1 и PON-2 оказалось неплохой школой для эстонских авиаконструкторов и позволило им впоследствии перейти к следующему этапу — разработке полноценного учебно самолёта для ВВС, который и был реализован в РТО-4 и PN-3.

С момента ввода советских войск спокойный период для эстонских военных закончился. Кроме наземных войск в Эстонию были переброшены из СССР четыре авиационных полка: 25-й и 38-й истребительные, 35-й и 44-й скоростные бомбардировочные. С началом советско-финляндского конфликта бомбардировщики СБ из состава обоих СБАПов начали активно участвовать в боевых действиях; к ним привлекались и корабли советского Балтийского флота, базировавшиеся в эстонских портах. Сказать, что такое невольное соучастие в войне против дружественной Финляндии просто не нравилось эстонцам, значит ничего не сказать. Соответственно практически всё эстонское военное командование стремилось предоставить финнам всю возможную информацию о частях РККА на территории своей страны. Кроме финской агентуры в Эстонии в это время активно работал германский абвер, а также разведслужбы Англии и Франции, практически открыто поддерживавших Финляндию в войне с СССР. В начале 1940 г. в Финляндию практически открыто отправились около двухсот добровольцев (это были, видимо, сливки из общего числа горячих эстонских парней), в основном из числа военнослужащих, решивших лично повоевать с большевиками.

Командование Красной Армии всячески старалось пресекать деятельность вражеской агентуры и постоянно «накачивало» расквартированные в Эстонии части на предмет повышения бдительности. В результате 2 февраля 1940 с советских кораблей, базировавшихся в Таллинской бухте, открыли огонь по пролетавшему вблизи эстонскому военному самолёту — это был то ли «Харт», то ли «Поте». Эстонские представители заявили, что «самолёт летел в пределах установленного соглашениями воздушного коридора», а советская сторона утверждала, что полёты над портом этим соглашениям несомненно противоречат.

16 июня 1940 правительствам прибалтийских государств была вручена советская нота с требованием строгого соблюдения «Соглашения о взаимопомощи» и сформирования лояльных СССР правительств; 17 июня 1940 года СССР начал второй этап ввода своих войск в Эстонию. В ходе политических выступлений под руководством компартии, состоявшихся 21 июня, прежняя власть была бескровно свергнута и сформировано Народное правительство во главе с Й.Варесом. Новая власть провела 15 июля выборы в Государственную думу, которая приняла 22 июля 1940 года декларацию о вступлении в СССР и обратилась с соответствующей просьбой в Верховный Совет СССР. Эстония была принята в СССР 6 августа 1940; после чего в стране быстро были сформированы структуры государственной власти по советскому образцу.

Из частей бывшей эстонской армии в конце августа 1940года был сформирован 22-й территориальный (эстонский) стрелковый корпус РККА, командование которым принял генерал-майор А.С.Ксенофонтов. В корпус вошли две стрелковые дивизии (180-я и 182-я), 614- й артиллерийский полк, 415-й батальон связи и ещё ряд частей и подразделений обеспечения. На базе эстонской военной авиации было решено сформировать 22-ю корпусную авиаэскадрилыо. В её состав включили пять «Хейншелей», семь «Хартов» (восьмой «Харт» к этому времени был разобран эстонцами на запчасти) и один или два «Префекта». Кроме того, совместно с 22-й эскадрильей базировался единственный эстонский «Энсон», использовавшийся командованием советских авиачастей в качестве связного и курьерского.

Западные авторы обычно утверждают, что все остальные эстонские самолёты были «перегнаны на территорию СССР». В реальности дело обстояло не так. Прибалтийскому управлению ГВФ были переданы только один «Юнкере Ju-52/Зм» эстонской гражданской авиакомпании и один «Локхид L-14H Электра» бывшей польской авиакомпании LOT, застрявший в Эстонии в сентябре 1939 года. Кроме того, для испытаний в НИИ ВВС забрали ещё одного «поляка» — RWD-13S и эстонский PN-3. Прочая эстонская авиатехника совершенно не заинтересовала советское командование ввиду своей устарелости и ветхости; лишь на нескольких самолётах были совершены ознакомительные полёты, да и то это была личная инициатива отдельных «сталинских соколов» 4*. В итоге вместо эстонских опознавательных знаков на самолётах нарисовали на всякий случай красные звёзды и оставили зимовать на открытых стоянках. В результате к весне 1941 года- все они пришли в полную негодность; окончательно этот хлам был добит в первые дни Великой Отечественной войны лётчиками Люфтваффе, бомбившими всё без разбора. Лишь часть учебных самолётов эстонского и английского производства пережила советский период в ангарах аэроклуба, после чего благополучно досталась немцам, о чём будет сказано далее.

В декабре 1940 года командному составу 22-го территориального корпуса, в том числе авиаторам, были присвоены советские воинские звания, а 23 февраля 1941 г. весь личный состав корпуса принял советскую военную присягу. Интересно, что никаких данных о репрессиях против эстонских военных, перешедших на службу в ВВС РККА, о которых так любят писать «демократические публицисты», до сих пор не удалось обнаружить даже эстонским историкам.

Группировка советской авиации в Эстонии к концу 1940 года была усилена частями авиации Балтийского флота; в октябре две эскадрильи 57-го БАП КБФ, вооружённые самолётами СБ, были преобразованы в 73-й БАП и перебазированы в Пярну; на побережье и Моонзундских островах разместили несколько звеньев летающих лодок МБР-2 и эскадрилью истребителей И-153.

Активность 22-й корпусной авиаэскадрильи в 1940–1941 гг. сводилась, в основном, к учебно-тренировочным полётам «с целью поддержания лётных навыков». При этом суровой и снежной зимой в воздух поднимались лишь один или два «Харта», поставленные на лыжное шасси.

Начало войны застало эскадрилью врасплох — как впрочем, и большинство авиачастей Прибалтийского особого военного округа. Хотя дислоцированная в Прибалтике 27-я армия, в которую входил 22-й территориальный корпус, находилась сравнительно далеко от новой государственной границы СССР, налеты Люфтваффе начались незамедлительно. В попытках выйти из под бомбовых ударов 22-я корпусная авиаэскадрилья, не получавшая никаких разумных приказов от командования, беспорядочно перелетала с одного аэродрома на другой, теряя при этом очередные самолёты. По данным эстонских авторов, до конца июня 1941 были уничтожены все краснозвёздные «Хеншели» и единственный «Энсон». 27 июня личный состав эскадрильи, оставшийся «безлошадным», получил приказ отправляться по железной дороге на переформирование вглубь России. Однако общая ситуация на фронте была настолько не в пользу русских, что большинство эстонских пилотов и механиков предпочло дезертировать и попрятаться по хуторам и погребам. Там они и оставались до конца августа 1941 г., когда немцы заняли всю Эстонию.