Разведывательные полеты над Исландией и арктическими водами продолжались и в ноябре-декабре 1942 г. В течение этих двух месяцев I/KG 40 лишилась четырех «Кондоров».
Наряду с патрулированием над Северной Атлантикой, экипажи «Кондоров» эпизодически привлекались для решения других задач. В частности, в середине августа 1941 г. из состава KG 40 выделили специальную часть, получившую наименование «Суэц-Коммандо» (Suez-Kommando). В ее состав вошли шесть FW 20 °C из I/KG 40 и девять Не 111Н из III/KG 40, дополненных парой транспортных FW 200А-0. Главной задачей части, как видно из названия, являлись действия против вражеского судоходства в юго-восточной части Средиземного моря и в Красном море. Помимо этого, осуществлялись минные постановки в Суэцком канале и бомбардировки наземных объектов. 5 сентября 1941 г. в ходе налета на Порт-Саид был сбит FW 20 °C-3/U4 обер- лейтенанта Хорста Нойманна (Horst Neumann).
После передислокации I/KG 40 в Норвегию во Франции завершилось перевооружение «Кондорами» группы III/KG 40, ранее летавшей на Не 111Н. Первые FW 20 °C она получила в декабре 1941 г., а к маю 1942 г. в ней уже не осталось ни одного «Хейнкеля». Переучивание с двухмоторных самолетов на четырехмоторные не прошло без проблем — только в апреле 1942 г. в III/KG 40 было зафиксировано пять аварий FW 20 °C.
«Фокке-вульфы» группы III/KG 40 привлекались, главным образом, к разведывательным полетам на гибралтарской трассе, но иногда выполняли и другие задачи. В конце октября 1942 г. отряд 9./KG 40 перебросили на Средиземноморский ТВД — на аэродром Суда (о. Крит). Здесь «Кондоры» применялись в качестве транспортных, перевозя топливо в бочках в Северную Африку для немецких частей, которые сражались под Эль Аламейном. Через несколько недель отряд перевели в Лечче (южная Италия), откуда «Кондоры» до февраля 1943 г. летали в Тунис. Эпизодически к этим операциям привлекали и FW 20 °C из отряда 7./KG 40.
31 декабря 1942 г. — 1 января 1943 г. самолеты III/KG 40 совершили один из самых дальних бомбардировочных налетов люфтваффе, отбомбившись по Касабланке в Марокко. В полет отправились 11 «Кондоров», но цели достигли только 8, остальные сели в Испании из-за неисправностей. Каждый из добравшихся до Касабланки самолетов сбросил по четыре 250-кг бомбы, которые не причинили особого ущерба. Зенитчики смогли подбить одну машину, на обратном пути также приземлившуюся в Испании, в Севилье.
Во всей этой истории остается много неясного — якобы налет был предпринят по инициативе командира III/KG 40 гауптмана Роберта Ковалевски (Robert Kowalewski), получившего даже выговор за самоуправство. Но нельзя не отметить, что сам момент налета был выбран достаточно удачно — за две недели до начала конференции глав США и Великобритании в Касабланке. Нельзя исключать, что рискованная операция была предпринята по инициативе вышестоящего командования, рассчитывавшего на срыв конференции. Как бы то ни было, встреча в верхах состоялась, а группа III/KG 40 в результате в общем-то бесполезной акции лишилась четырех ценных «Кондоров».
FW 20 °C-4, потерпевший аварию во время вынужденной посадки. Июль 1943 г.
Завод в Бремене в н6евысоком темпе поставлял «Кондоры» 40-й эскадре до 1943 г. включительно
19 ноября 1942 г. началось советское контрнаступление под Сталинградом, увенчавшееся окружением 6-й армии вермахта. Для снабжения трехсот тысяч солдат, оказавшихся в «котле», командование люфтваффе организовало «воздушный мост», собрав все доступные соединения транспортной авиации, а также ряд бомбардировочных частей. Совершенно логичным решением стало и привлечение для этих целей «Кондоров», ведь благодаря своим пассажирским корням FW20 °C имел достаточно вместительный фюзеляж.
В начале января 1943 г. на берлинском аэродроме Штаакен сформировали транспортную авиагруппу KGr. z.b.V. 200, для укомплектования которой выделили 21 самолет FW 20 °C. 11 из них взяли из запасной группы IV/KG 40, а 10 пришлось изъять из боевой I/KG 40. Из нее же, а конкретно — из отрядов 1. и 3./KG 40 — взяли и летный состав. Естественно, такое «оголение» I/KG 40 не могло не сказаться на результативности морской разведки на маршрутах северных конвоев, но приоритетным в тот момент считалось снабжение окруженных войск.
Группа KGr. z.b.V. 200, командиром которой назначили м-ра Ганса-Юргена Виллиерса (Hans-Jurgen Williers), была переброшена на аэродром Сталино (ныне — Донецк). 9 января 1943 г. семь «Кондоров» совершили первый рейс на аэродром Питомник, находившийся в пределах «котла». Самолеты доставили 36 т продовольствия, а обратно вывезли 156 раненых. Эта операция прошла без потерь, но на следующий день KGr. z.b.V. 200 лишилась двух самолетов: FW 20 °C-3 был уничтожен на аэродроме Питомник в результате артиллерийского обстрела, a FW 20 °C-4 сбит советскими истребителями на обратном пути. Оба экипажа погибли.
Однако полеты «Кондоров» к окруженным продолжались. Кроме того, как пишет немецкий исследователь Вильгельм Тике (Wilhelm Tieke) в своей книге «Марш на Кавказ», в этот период «ежесуточно производился один ночной вылет одного FW 200 на бомбардировку железнодорожных узлов».
Когда советские войска овладели аэродромами, находившимися в кольце, FW 20 °C перешли к доставке грузов беспосадочным способом, сбрасывая их в парашютных контейнерах (каждый самолет брал на внешнюю подвеску 4 таких контейнера). Полеты продолжались вплоть до ликвидации окруженной группировки — последний FW 20 °C над Сталинградом был потерян 2 февраля 1943 г., вдень капитуляции остатков войск 6-й армии. В общей сложности KGr. z.b.V. 200 выполнила 41 полет к Сталинграду, лишившись девяти машин. Слабым утешением являлось то, что большинство «Кондоров», отправленных на Восточный фронт, являлись достаточно изношенными машинами, непригодными для эксплуатации над океаном.
Один FW 20 °C-3 был захвачен советскими войсками почти целым. Машину испытали в НИИ ВВС. Руководил испытаниями инженер-майор Г.В. Грибакин (ведущий летчик п-к А.И. Кабанов). Советские инженеры отметили значительное сходство немецкой машины с американским DC-3, особенно по компоновке кабины и внутренних отсеков. Переделка пассажирского самолета в дальний бомбардировщик явно носила характер импровизации и не дала люфтваффе полноценного боевого самолета. Действительно, несмотря на большие размеры самолета, экипаж в кабине располагался очень тесно, что значительно затрудняло его работу в дальнем рейде, особенно нелегко приходилось навигатору-бомбардиру. Первый пилот не мог дотянуться до рычагов управления некоторыми агрегатами — дополнительной электропомпы, системы аварийного торможения самолета и др.
В целом, по обзору, простоте пилотирования, доведенности винтомоторной группы «Кондор» уступал Не 111. Советские специалисты сравнили FW 20 °C по летным данным с Пе-8 4АМ-35А и пришли к выводу, что по максимальной скорости, практическому потолку, оборонительному вооружению отечественный бомбардировщик имеет значительные преимущества. Практический потолок FW 20 °C в 6850 м сочли недостаточным для полетов ночью в зоне сильного зенитного огня. «Кондор» по всем параметрам уступал американским «Либерейторам» и «Летающим крепостям», которые Советский Союз неоднократно пытался закупить.
Наибольшее внимание советских специалистов привлекли надежная тепловая противообледенительная система «Кондора», а также целый ряд элементов его оборудования. Все это, включая радиополукомпас EZ-2, аппаратуру слепой посадки «Лоренц», автомат курса «Аскания», авиагоризонт «Бауер-Сперри», после окончания испытаний в конце апреля 1943 г. передали соответствующим организациям для детального изучения.