Рассчитывая на поддержку католических властей Польши, Исидор по пути в Москву задержался на год в Литве. Однако его нетерпеливая попытка соединить церкви в пределах Литвы не удалась.
В марте 1441 г. Исидор вернулся в Москву. Во время литургии в Успенском соборе имя патриарха было заменено именем папы. Вслед за тем была зачитана грамота о соединении церквей. Три дня московские власти старались склонить Исидора к отказу от унии, а на четвертый день его взяли под стражу и заточили в Чудов монастырь. Полгода спустя Исидор бежал в Тверь, а оттуда в Рим.
Русские власти заготовили грамоту к патриарху с уведомлением о намерении собрать в Москве собор епископов для избрания нового митрополита. Два года спустя эту грамоту обновили и переадресовали императору. Но в конце концов грамота так и не была отослана в Византию.
В свое время Дмитрий Донской пытался превратить русскую митрополию в послушное орудие своей политики. Византия не допустила этого. В свою очередь Москва отвергла попытки греков подчинить московскую митрополию политическим интересам империи. Односторонние уступки в пользу «латинства» были сочтены московским духовенством и светскими властями недопустимыми. Столкновение противоположных тенденций подорвало церковное влияние Византии на Русь еще до того, как Византийская империя пала.
Московская церковь лишилась митрополита в момент, когда Русь стояла на пороге новой междоусобицы. На этот раз смута возникла из-за военных неудач.
В 1437 г. хан Улу-Мухаммед был изгнан из Орды сыновьями Тохтамыша и нашел прибежище в литовских пределах. Татары наспех устроили городок на Белеве, чтобы зазимовать в нем. Будучи данником Улу-Мухаммеда, Василий II опасался, что Орда надолго закрепится в непосредственной близости от русских границ. Посланные им Дмитрий Шемяка и московские воеводы обратили татар в бегство. Оказавшись в трудном положении, хан готов был перейти на службу к московскому князю. Недооценив силы татар, воеводы отвергли предложение хана прислать заложников. Убедившись в неизбежности битвы, татары под покровом утренней мглы сами атаковали московские полки и победили.
Не вполне ясно, где кочевал Улу-Мухаммед в эти годы. Известно лишь, что в 1439 г. он в течение десяти дней осаждал Москву, требуя покорности от «подручника» Василия II. Обширные посады столицы были сожжены, множество людей посечено. Великий князь вернулся в столицу после отступления татар, но не смог там оставаться изза трупного смрада.
Не имея возможности вернуть себе наследственный улус, Улу-Мухаммед решил обосноваться на землях волжских булгар и в отвоеванных у русских городах. В 1444 г. он занял нижегородский Кремль. Московские воеводы засели в осаде в «меньшем» городе, но из-за голода предали укрепления огню и ушли прочь. В 1445 г. сыновья хана царевичи Мамутяк и Якуб напали на Русь. Василий II не позаботился о том, чтобы подготовить силы к отражению набега. Собрав едва тысячу воинов, он двинулся к Суздалю, рассчитывая, что в пути к нему присоединятся силы удельных князей. Особые надежды он возлагал на полки Шемяки. С большой настойчивостью государь звал брата на помощь. Когда позднее епископы выступили с обвинениями против Шемяки, они напомнили удельному князю, как государь «посылал послов своих до четыредесяти, зовучи тебя к себе за христианство помогати». Шемяка посадил Василия II на трон, и последний считал его надежным союзником. Однако он допустил просчет.
Накануне боя Василий II дал пир явившимся к нему младшим удельным князьям и боярам. Рано утром нагрянули татары, грубо разбудившие спавший лагерь. Бой произошел 7 июля 1445 г. у стен Суздаля на поле против Спасо-Ефимьевского монастыря. Закованные в броню дружинники дрались с упорством и обратили неприятеля в бегство. Возможно, бегство татар было притворным. Преследование расстроило боевые порядки русских. Одни поспешили вслед за врагами, другие «начаша избитых татар грабити». Имея три с половиной тысячи воинов, Мамутяк сумел остановить натиск русских и предпринять повторную атаку. Застигнутые врасплох князья обратились в бегство. Московский летописец, желая обелить Василия II, хвалил его мужество. Князь будто бы получил множество ран «по голове и по рукам, и тело все бито вельми». Татарское войско потеряло 500 воинов, русские — несравненно больше. Много дружинников было иссечено в битве. Василий II, князь Михаил Верейский, многие московские бояре и дети боярские попали в плен. После битвы царевичи двинулись к Владимиру, а затем вернулись в Нижний, где передали пленных отцу. Хан продержал Василия II менее трех месяцев, после чего за выкуп отпустил на Русь.
После суздальской битвы управление Москвой взял на себя Дмитрий Шемяка как старший в роду Калиты. Известие о пленении государя вызвало в народе растерянность и ужас. Жители Москвы и окрестных уездов спешили укрыться со всеми пожитками в Кремле, ожидая, что татары явятся с минуты на минуту. Скорее всего, от костров, разложенных беженцами в крепости, вспыхнул пожар. Сгорели все деревянные постройки, а «белокаменные» стены «падоша во многих местех». В огне погибло множество людей, сгорели княжеская казна и товары, свезенные в Кремль. Население начало в панике покидать Москву. Пример показала княгиня-вдова Софья. Шемяка вернул ее с дороги и предпринял другие меры, чтобы положить конец панике. Население стало готовиться к осаде.
В Москву прибыл татарский посол Бегич. Дмитрий Шемяка оказал ему «многу честь». Русские не могли изгнать татар из Нижнего Новгорода без войны с Ордой. Но Шемяка нашел средство избежать конфликта, казавшегося неизбежным. Он принял решение восстановить великое княжество Нижегородское и с этой целью подписал договор с наследниками изгнанных из своих владений нижегородско-суздальских князей. Чтобы склонить Улу-Мухаммеда на свою сторону и получить от него ярлык (это намерение приписывали князю московские летописи), Шемяка должен был отпустить Бегича как можно скорее. Вместо этого князь задержал посла до глубокой осени, чтобы сведения о бедственном положении Москвы не подтолкнули татар к новому набегу. Василий II едва не разминулся с Бегичем на границе, но все же успел арестовать его, после чего посол был утоплен.
26 октября 1445 г. Василий II вернулся в Москву. «И бысть радость велика всем градом русскым», — записал летописец. Но радость вскоре сменилась унынием. Ситуация 1445 г., как две капли воды, походила на ситуацию 1432 г. Но были существенные различия. В Первом случае князь ездил в Орду как верноподданный и должен был заплатить обычную дань. Во втором случае он поднял оружие против «царя», был разгромлен и взят в плен. На этот раз речь шла о дани и выкупе. После каждого набега татары продавали полон на невольничьем рынке Орды. Богатых полоняников выкупали за большой выкуп родственники. Василий II и князь Михаил должны были заплатить выкуп за себя, за своих бояр и членов двора, попавших с ними в плен. Как записал псковский летописец, Василий II добился освобождения, «посулив на собе окуп от злата и сребра и от портища всякого и от коней и от доспехов пол 30 тысящ». По новгородским данным, хан взял на Василии II «окупа двести тысяч рублев». Новгородская версия кажется менее достоверной. Наличность в московской казне исчислялась тысячами, самое большое десятком тысяч рублей. Государь не мог заплатить сумму в 25000 рублей и обязался передать хану в счет окупа драгоценные ткани и другие предметы из казны, а также табуны коней из княжеских конюшен. В ставке хана-изгнанника не было купцов, у которых князь-пленник мог бы занять крупные суммы. Поэтому Улу-Мухаммед отправил с Василием II своих мурз, поручив им надзор за сбором платежей на Руси. С ними был отряд из 500 татар.
Едва пленники перешли границу, один из слуг предложил выкрасть государя у татар и таким путем не допустить татарскую стражу в Москву. Однако Василий II не решился нарушить слово, данное хану. Он надеялся употребить для расчета с татарами родительскую казну, но в Москве узнал, что вся княжеская казна сгорела при пожаре Кремля. Властям срочно пришлось обложить народ тяжелыми поборами. Вновь, как и в старину, сбор денег осуществлялся под надзором татар. Народ мог убедиться в том, что Русь опять попала в ярмо татарского ига. После Куликовской битвы само иго воспринималось совсем иначе, чем прежде.