В последние годы XVI столетия и в начале XVII, иначе говоря, при узурпаторе Борисе Годунове, стрельцы пережили еще одно падение. Царь Борис, возможно, потому, что сам когда-то служил опричником, не очень полагался на стрельцов. Он считал, что благоразумнее опираться на чужеземцев. Поэтому пригласил группу балтийских немцев на службу в качестве своих телохранителей. О такой организации, кроме факта ее существования, мало что известно. Но летописи свидетельствуют, что осуждения, пытки, убийства и надругательства над боярами и священниками продолжались и при Борисе. А поэтому резонно Предположить, что его немецкие охранники действовали достаточно эффективно, хотя и не получили такую позорную славу, как опричники.

После смерти Бориса, в Смутное время (1605–1613), немецкая охрана была распущена. Но и стрельцы в этот несчастный период не выполняли какие-то конкретные функции, если не считать их участия в возведении или низложении различных претендентов и всевозможных самозванцев на трон.

Когда в 1613 Году удалось восстановить порядок с избранием первого Романова, Михаила, стрельцы вернулись к Своим обычным обязанностям охраны кремлевских ворот и внутренних помещений Кремля. Похоже, что дело обеспечения подлинной безопасности царя поручили Боярской думе, иначе говоря, лидерам аристократов, которые избрали молодого Романова. В каком-то смысле Михаил особенно и не нуждался в охране. Во-первых, он был слабовольным и неагрессивным человеком, а правление осуществлял его отец. Во-вторых, бояре так намучились в период смуты и так стремились к стабильности в условиях законности, что и не помышляли О противодействии царю.

Боярская дума сослужила Полезную службу и во время волнений в годы правления следующего царя — Алексея. Именно Боярская дума провела расследование восстания казаков в 1670–1671 годах под руководством Стеньки Разина и осудила этого повстанца на казнь путем четвертования в Москве. Сам Алексей учредил Тайных дел приказ, который в некотором роде стал предтечей императорской тайной полиции. Однако он был упразднен после смерти монарха.

При Алексее свою роль играли также и стрельцы. Имеются описания того, как царь уезжал из дворца в карете, окруженной большим кольцом телохранителей, которые отгоняли любопытных древками секир. Эту функцию и выполняли стрельцы. Они были одеты в обмундирование ярких цветов, некоторые имели позолоченные пистолеты, а другие снабжены дубинками для разгона толпы. Существуют также указания на то, что Алексея не удовлетворяла эффективность собственной охранной службы. В начале своего царствования он едва не оказался в руках разъяренной толпы и поэтому нанял в подмогу стрельцам иностранных мушкетеров.

Своего наивысшего расцвета стрельцы достигли после смерти Алексея, когда началась борьба за власть между молодым Петром Великим и его сводной сестрой Софьей. Фактически в тот краткий период стрельцы решали скорее судьбу правителя, чем служили ему охраной.

В 1682 году, когда десятилетнего Петра провозгласили царем, отдав ему предпочтение перед его старшим, но слабоумным братом Иваном, Софья крайне возмутилась. Стрельцы по ее подстрекательству — по некоторым данным, около пятидесяти тысяч человек — совершили марш на Кремль, где находился Петр со своей матерью, Наталией. После уговоров и получения большой суммы денег, выплаченной Наталией, стрельцы ушли, но вскоре вернулись, опять по наущению Софьи. Они ворвались во дворец и изрубили сторонников Наталии. А сама Наталия вместе с Петром была отправлена в село Преображенское в окрестностях Москвы.

Софья, став регентом (1682–1689), сначала объявила амнистию стрельцам, участвовавшим в дворцовой бойне. Но вскоре она накинула на них узду, начав с ликвидации их командира, князя. Ивана Хованского, который размечтался о троне, поскольку принял участие в смещении царя. Потом Софья издала указ, запрещающий стрельцам и всем остальным впредь буйствовать в Кремле, по крайней мере, во время ее правления. В указе детально устанавливалось, кто допускается во дворец, через какие ворота, определялись лестницы и проходы, которыми надлежит пользоваться в различных частях Кремля. Полностью запрещался доступ посторонним в личные покои царствующей семьи. Это правило распространялось и на бояр. Царственные покои и кабинеты закрыли оградами и всех предупредили: «…никогда туда не входить и никого не приводить с собой, независимо от важности дела…» Запрещалось также появляться в любой части дворца с оружием. Это распространялось и на лиц, которые, согласно обычаям того времени, всегда были вооружены. Аналогичный запрет касался иностранных послов и сопровождающих их лиц.

Этот давний указ о «железном занавесе» и другие принятые Софьей меры оказались достаточными для надежного контроля над стрельцами до окончания ее правления. Однако в 1689 году один из подручных правительницы, Шакловитый, начал науськивать некоторых стрельцов отправиться в Преображенское и убить там Наталию. Но другие стрельцы сообщили Петру об этом заговоре, что позволило ему занять оборонительные позиции в близлежащем монастыре вместе с поддержавшими его друзьями детства. Вскоре большая часть стрельцов вообще переметнулась на сторону Петра.

Оказавшись наконец хозяином положения, Петр приказал казнить Шакловитого и других заговорщиков, а Софью заточил в монастырь. Запоздалая поддержка Петра со стороны стрельцов пользы им не принесла. У него еще были свежи воспоминания, когда он в десятилетнем возрасте стал свидетелем разнузданной поножовщины в Кремле. Поэтому молодой царь отказался сохранить стрельцов в качестве своей охраны и вскоре превратил их в саперные войска, отправив на юг страны для строительства оборонительных сооружений. Лишившись своих прежних, удобных мест жительства, стрельцы взбунтовались, прервав тем самым поездку Петра по Европе. И хотя подчиненные царя подавили восстание задолго до возвращения самодержца, он решил, что со стрельцами надо кончать. Петр лично руководил проведением пыток и дознаний над огромным количеством бунтовщиков, добившись от них признания вины. Большинство мятежных офицеров казнили публично в Москве, и стрельцы как охранная организация перестали существовать.

Преображенский и Семеновский гвардейские полки, элитные войсковые части России вплоть до падения Дома Романовых, первоначально были сформированы из друзей детства царя, с которыми Петр проводил потешные военные игры в Преображенском, когда он находился в ссылке.

Эти юноши превратились в таких же преданных стражей Петра, какими были телохранители вождей варягов. Никогда не возникало сомнение в том, что они отдадут свою жизнь за Петра, сделают все возможное для его защиты.

Именно эти молодые люди сплотились вокруг Петра, когда он бежал в монастырь, спасаясь от заговорщиков стрельцов. Позже, когда потешные полки превратились в регулярные соединения, именно они находились рядом с царем при его первых победах на поле брани. И именно они с помощью иностранных наемников подавили восстание стрельцов во время пребывания Петра в Западной Европе.

Преображенцы с самого начала пользовались некоторым преимуществом перед семеновцами — возможно, потому, что Петр был их «командиром» во время юношеских потешных сражений. Видимо, по этой причине выходцы из Преображенского полка достигли большей известности. Среди них были князь Федор Ромодановский и любимец самодержца Александр Меншиков.

Этим можно объяснить и учреждение в 1695 году Преображенского приказа. Первоначально им руководил князь Ромодановский, а потом его сын Иван. Перед Приказом поставили разнообразные задачи, включая надзор за начавшейся в то время торговлей табаком, но очень скоро он стал ведать в основном политическими преступлениями. В своей полицейской деятельности Приказ использовал другое нововведение Петра: фискалов — широкую сеть правительственных чиновников, которые вначале предназначались для надзора за сбором налогов и предотвращения финансовых злоупотреблений, но потом стали больше специализироваться на политдоносах.