В Кёнигсберге началась осада Кнайпхофа. Это сражение было единственным на территории города за всю его 700-летнюю историю вплоть до принёсшего столько бед 1945 года. Альтштадтцам пришли на помощь верхом на лошадях 300 самландских свободных граждан, потомков свободных прусских крестьян, не желавших, подобно ремесленникам, зависимости от кёнигсбергских купцов. Организатором и душою борьбы был Генрих Ройс фон Плауэн, комтур Эльбинга, временно занимавший должность маршала и действовавший от имени осаждённого в Мариенбурге гохмейстера. 17 апреля, после того, как Плауэн подтвердил грамотой привилегии альтштадтцев, те присягнули ему на верность. Муниципальную конституцию оставили нетронутой, однако теперь, в 1458 году, сторонники Ордена стали входить в муниципалитет, в том числе и Юрген (Георг) Штайнхаупт, служивший до 1456 года у Плауэна писарем и лишь в 1457 году ставший гражданином Кёнигсберга. Тем самым Плауэн ввёл в муниципалитет человека, которому мог доверять.
Кнайпхофцы продолжали обороняться. Они располагали значительными силами, были защищены водой и каменными стенами и могли держаться до тех пор, пока водный путь к городам Союза оставался свободным. Этим путём Данциг, столица «Прусского союза», отправил 400 человек в Кнайпхоф, так что Лангербайн имел в своём распоряжении уже около 1000 человек. На стороне осаждающих воевали граждане Альтштадта и Лёбенихта, самландские свободные граждане и войска Ордена из числа наёмников под началом силезских и саксонских дворян. Самыми знатными из них были герцог Бальтазар Саганский, высокопочтенные господа Ханс и Адольф фон Гляйхен, Иоганн фон Вартенберг и Бото фон Ойленбург. Из Ливонии в июне прибыло 500 орденских наёмников, в то время как у кнайпхофцев подкрепления уже не было.
Войска Плауэна несколько раз предпринимали штурм Кнайпхофа, пытаясь с кораблей высадиться на разводные мосты и оттуда взобраться на каменные стены, однако эти атаки терпели поражение благодаря решительному отпору осаждённых. Затем осаждающие перегородили Прегель ниже Кнайпхофа с помощью мостов, как это сделали почти 200 лет назад восставшие самландцы. Когда данцигцы в мае хотели подойти на 15 кораблях к Кнайпхофу, то увидели, что река перекрыта. Первый мост им удалось захватить, попытка овладеть вторым потерпела, однако, неудачу. Потеряв несколько кораблей, им пришлось повернуть вспять. Тем самым судьба Кнайпхофа была решена. Когда у горожан кончились съестные припасы, город после 14 недель храброго противодействия капитулировал 14 июля.
Плауэн был достаточно разумен, чтобы пойти кнайпхофцам далеко навстречу. Город со всеми правами и привилегиями снова был взят под власть Ордена. Старый муниципалитет остался у руководства, не нужно было выплачивать репараций. Кнайпхофцам было дано право ремонта своих пострадавших от войны городских стен, однако им не нужно было отстраивать разрушенные объекты Ордена и ими же сожженный госпиталь св. Георга. Кто не хотел оставаться под началом Ордена, мог взять с собой всё имущество и эмигрировать. Альтштадтцам, бежавшим в Кнайпхоф, было позволено вернуться домой и получить назад свою собственность. Торговля между тремя городами вновь оживилась. Кнайпхофцы и теперь не симпатизировали Ордену, но более всего их задело за живое то, что из Польши не поступило никакой помощи. Данцигскому муниципалитету они писали: «Мы не могли подумать, что господин король мог нас так бесславно оставить».
Воюющие на стороне Ордена командиры наёмников были уже не просто нанятыми для ведения войны людьми. Они выступали в качестве своеобразной третьей силы со своими политическими требованиями. Это в особенности относится к герцогу Саганскому. В акте о капитуляции от 14 июля его имя стоит перед именем Плауэна, а это значит, что кнайпхофцы сдали свой город скорее ему, чем Ордену, и 29 июля они добились того, чтобы ещё и герцог подтвердил то, что было обещано Плауэном. Очевидно, они не доверяли Плауэну, хотя тот и заверял, что он действует по поручению гохмейстера и является его доверенным лицом. После войны герцог, которому Орден глубоко задолжал, попытался заполучить земли вокруг Кёнигсберга в качестве своего рода ленного герцогства. Лишь настоятельные заверения Плауэна, что он от имени гохмейстера объявил Альтштадту и Кнайпхофу о том, что эти земли он никогда не заложит и не продаст, помешали созданию Кёнигсбергского герцогства под формальным началом Ордена.
Война между тем продолжалась. Кнайпхофцы оставались с Данцигом в тайном сговоре против Ордена и должны были поэтому примириться с тем, что Плауэн изгнал из города весь состав муниципалитета и вдобавок ещё одиннадцать граждан. Лангербайн уехал в свой родной город Штральзунд и умер там ещё до 1459 года. Позже многим членам муниципалитета позволено было вернуться в город, остальные были заменены сторонниками Ордена. Конституцию Кнайпхофа не отменили, оставили также и привилегии. Война тянулась ещё более десятка лет, до истощения сил обеих сторон. Решение, вынесенное в 1455 году, оставалось в силе.
Тем временем Кёнигсберг стал резиденцией. В мае 1457 года несчастный гохмейстер Людвиг фон Эрлихсхаузен вынужден был оставить Мариенбург, и 8 июня при позорных обстоятельствах тайными тропами прибыл в Кёнигсберг. С тех пор и до конца правления Ордена Кёнигсберг являлся резиденцией и столицей страны. Такое развитие в долгосрочном плане принесло городу преимущества, однако на первом этапе оно затормозило развитие самоуправления в Кёнигсберге. То, что Данциг, Торн и Эльбинг сделали сразу же после падения власти Ордена, — каждый из них объединил свои различные города в один единый, — в Кёнигсберге сделано не было. Соседство крепостного района и трёх городов с их слободами продолжалось до 1724 года.
И в финансовом отношении положение города не улучшилось, хотя гохмейстер и сдержал своё слово не отдавать его под залог, и монетный двор впервые после 1309 года опять стал чеканить шиллинги. Но это были плохие деньги, а налоги резко поднялись. К тому же граждане несли разные повинности, диктовавшиеся войной. Свободно они вздохнули только тогда, когда в 1464 году наконец-то начались мирные переговоры. Среди представителей сторонников Ордена, которые в июне 1464 года прибыли в Торн, были и бургомистры всех трёх городов Кёнигсберга. Переговоры окончились безрезультатно. В конце апреля следующего года состоялась новая встреча в Коббельгрубе на Фришской косе. Здесь бургомистр Альтштадта Штайнхаупт произнёс свои знаменитые слова: «Ввиду того, что там, где правят иностранцы, дело обстоит плохо, мы опять встали под начало Немецкого ордена, так как он честно нами правил и мы жили с ним в достатке». Он призвал Союзных делегатов не наделять короля Польши слишком большой властью. Они сами и их дети будут сожалеть об этом, хотя они сейчас и заверяют, что всё предусмотрели. Кто может гарантировать, что король сдержит свои обещания? И действительно, 100 лет спустя на заседании сейма в Люблине{31} в 1569 году эти обещания были нарушены. Переговоры, да и последующие встречи на Фришской косе не привели к каким-либо результатам. В последней встрече Штайнхаупт не участвовал — он умер от чумы.
Благодаря посредничеству папского легата 19 октября 1466 года в Торне был заключён долгожданный мир. В качестве представителя оставшейся части орденского государства, гохмейстер обязан был присягнуть на верность польскому королю. Пруссия вышла из состава Священной Римской Империи германской нации.
Кёнигсбергский двор гохмейстера был скромным, так же как и кёнигсбергский замок не мог соперничать по размерам и великолепию с замком в Мариенбурге. Городским купцам и ремесленникам двор приносил меньше выгоды, чем во времена крестоносцев. Положительно сказывалось лишь то обстоятельство, что в Кёнигсберге находились земельное управление и городские службы. Ландтаги приносили горожанам кое-какую выгоду и выводили город на арену скромной политической деятельности. На повестке дня стояли вопросы о «питании» купцов и ремесленников, о «чердачных зайцах», о продаже пива и тому подобное. Поэтому для Кёнигсберга явилось большим событием, когда гохмейстер Альбрехт в 1519 году добился у короля Дании разрешения на беспошлинный проход кёнигсбергских судов с товарами через пролив Зунд{32} в течение трёх лет.