Реформация пришла в Пруссию из Германии. Ни один из прусских реформаторов не был уроженцем Пруссии. Однако учение Лютера ни в коем случае не было жителям Пруссии навязано. Его посланцы нашли там хорошо подготовленную почву. Новое учение особенно быстро и с большой готовностью восприняли граждане Кёнигсберга. Неизбежно, правда, было и то, что это учение в таком многослойном обществе должно было вызвать социальные волнения. Впервые это проявилось в 1523 году, когда в Кёнигсберге появился новый проповедник.　

Иоганнес Амандус, которого Лютер, видимо, не очень хорошо знал, но которого по инициативе Альбрехта послал в Пруссию, не был, в отличие от рассудительного Брисманна, гуманистом. Он владел нижненемецким диалектом и вульгарной латынью, говорил образно и выразительно, научившись этому будучи проповедником, отпускающим грехи. Он быстро завоевал в среде народа авторитет, обращаясь к его чувству зависти, натравливая бунтарски настроенную чернь на учреждения старой церкви и её сторонников. Фанатик по натуре, Амандус любое возражение клеймил как богохульство, притязая на то, что только он способен вещать правдивое слово Божье. Своих противников он даже отлучал от церкви, обвиняя их в ереси, а противниками этими были состоятельные граждане, его друзья из числа ремесленников.　

Амандус несёт ответственность за единственный акт насилия, происшедший за эти годы в Кёнигсберге. В понедельник после Светлого Воскресения 1524 года он, вопреки традиции, читал свою проповедь не в Альтштадтской, а в Лёбенихтской церкви, и призвал народ на штурм близлежащего францисканского монастыря: «Монахи достаточно долго ели и пили с вами; идите к ним и поешьте и попейте теперь с ними». После этого толпа захватила монастырь и разорила его. Была сожжена деревянная скульптура св. Франциска. Монахам удалось спастись благодаря комтуру, который, узнав о беспорядках, добился того, чтобы они смогли свободно покинуть свою обитель. Позднее монастырь снесли; женский же остался нетронутым.　

За исключением этого случая, декатолизация церквей проходила спокойно. Картинные украшения и одежда духовенства изымались, отдавались на хранение или продавались. Большинство серебряных предметов из церковной утвари было переплавлено ещё во время крестовых походов.　

Воинственный Амандус не удовлетворился своим успехом. Он обрушился на альтштадтский муниципалитет и обвинил Сператуса, только что приехавшего в Кёнигсберг, в недостаточном реформатском усердии, упрекая его в том, что тот добивается благосклонности князей и влартей, чем и заслуживает ненависть благочестивых. Эта демагогия переполнила чашу терпения муниципалитета. В октябре 1524 года Амандус вынужден был покинуть город; он умер в 1530 году в Госларе.　

Человеком совершенно иного склада был его преемник в Альтштадтской церкви Иоганнес Полиандер (Грауманн) из Нойштадта во Франконии, близкий друг и соратник Лютера и Меланхтона. Будучи учёным-гуманистом, он окружил себя единомышленниками, вёл широкую переписку со многими учёными, в том числе и католическими, как например с Дантискусом. Полиандер был сочинителем светских и духовных песен на немецком и латинском языках, страстным собирателем книг и отличным педагогом. Свои книги, рукописи и карты он завещал альтштадтскому муниципалитету; они послужили основой позднее созданной городской библиотеки.　

Ведущим лютеранским теологом Пруссии стал Пауль Сператус — настоящая фамилия его была Шпрет — из Рётлена под Эльвангеном в Швабии. По просьбе Альбрехта он в 1524 году отправился в Кёнигсберг, чтобы стать там придворным проповедником. Из-за своей веры Сператус ещё в Вене был отлучён от церкви и заключён в Брюннскую тюрьму, прежде чем он приехал в Виттенберг, где помогал Лютеру собирать евангелические церковные песни. Он, как и Полиандер, был учёным и верующим человеком, сочинителем песен, книголюбом и владельцем солидной библиотеки. В его заслугу входит составление первого прусского евангелического песенника, напечатанного в 1527 году у Ханса Вайнрайха в Кёнигсберге. В 1530 году Альбрехт возвёл своего придворного проповедника в сан епископа Помесанского. Умер Сператус в 1531 году.　

Благодаря деятельности этих людей Кёнигсберг стал евангелическим городом ещё до того, как гохмейстер снял своё орденское платье. Выступлений против Реформации со стороны старой церкви в Кёнигсберге не было, если не считать отклонённой комтуром жалобы монахов по поводу народного представления на масленницу 1524 года, в котором Лютер выступал против папы Римского. О судьбе распущенного в это время капитула Кафедрального собора мало что известно. Так, один из настоятелей принял лютеранство, другой, сложив с себя духовный сан, занялся торговлей. Соборный декан Адальберт Дойчманн подался к епископу Эрмландскому. Оставшиеся в Кёнигсберге каноники обеспечивались ведомством в Заалау, принадлежавшем капитулу. На подворье старшего священника в Нойхаузене разместилось герцогское казначейское ведомство, а сам замок стал летним и охотничьим замком герцога.　

Орденские рыцари ждали, что предпримет их гохмейстер. Большинство из них, последовав его решению, приняли евангелие и остались в стране. Последний комтур Михаэль фон Драге был первым членом Ордена, сочетавшийся браком. Переехав в Шёнберг, он стал там окружным начальником. Некоторые священнослужители не могли решиться сменить веру. Другие под давлением вынужденно принимали новое учение. Так сложилось, например, у трёх братьев Вайблингенов и у Генриха фон Милтитца, ставшего одним из самых плодотворных поэтов эпохи Реформации и особо приближённым лицом герцога.　

Наиболее деятельным представителем молодого поколения был Фридрих фон Хайдек, земляк и друг Альбрехта, сопровождавший гохмейстера в поездке по Германии. Вместе с ним он стал там приверженцем учения Лютера. После возвращения он рьяно проводил в жизнь идеи Реформации и секуляризации. Летом 1524 года Хайдек пригласил друзей и единомышленников из Ордена и поместного дворянства на совещание в Бартенштайн, в котором участвовали также епископ Поленц и Кристоф Гаттенхофен, секретарь и камермейстер Альбрехта. Подготовив почву, они на своём собрании в Кёнигсберге 7 декабря 1524 года приняли решающие постановления. Обстоятельства выглядели таким образом, что ни Реформация, ни секуляризация не могли быть проведены без согласия польского короля. Поэтому требовалось достичь соглашения с Польшей, что являлось особенно важным, так как через несколько месяцев истекал срок четырёхлетнего перемирия, а у Альбрехта не было никакой надежды на успешное продолжение войны. В результате прусская миссия, в которую входили бургомистры Николаус Рихау из Альтштадта и Криспин Шёнберг из Кнайпхофа, отправилась в Краков, где 8 апреля 1525 года был заключён мир^{37}.　

26 апреля посланники возвратились в Кёнигсберг и известили собравшуюся в церкви Альтштадта общину о заключении мира. 9 мая новый герцог торжественно въехал в свою столицу. В конце мая в Кёнигсберге состоялось заседание ландтага, в котором приняли участие и польские комиссары. Все собравшиеся, и прежде всего епископы Самландский и Помесанский, присягнули на верность герцогу Альбрехту. Таким образом, место чёрного креста, 300 лет являвшегося символом Ордена и его государства, занял чёрный орел Гогенцоллернов. Чёрно-белые цвета, под которыми Пруссия вошла в историю, продолжали жить в чёрно-серебряной палитре гогенцоллерновского фамильного герба, завоевав в качестве прусских цветов новую славу.

Социальные волнения, сопровождавшие Реформацию, не были вызваны учением Лютера. Однако они усиливались из-за того, что простой люд понимал это учение так, будто вся иерархическая прослойка между князем и его подданными является противозаконной. Они хотели отменить старые социальные различия в пользу общей свободы каждого христианина. Так понимали Евангелие крестьяне, так его воспринимали ремесленники и рабочие в городах. В Данциге простой люд поднялся против муниципалитета, свержение которого удалось предотвратить лишь благодаря вмешательству польского короля. По сравнению с Данцигом социальное движение в Кёнигсберге выглядело смирным.