Искренним желанием Альбрехта было увенчать дело школьной реформы созданием университета. Этого он хотел прежде всего, как христианин, как покровитель науки и как правитель страны. Согласно такому трёхкратному желанию новая высшая школа была нацелена на три задачи. Первая — нести Евангелие за пределы герцогства, далеко на восток; вторая — быть питомником гуманистического образования; и третья — давать стране хорошо подготовленных проповедников, врачей и юристов. В 1536 году Альбрехт, находясь в Копенгагене по случаю коронации датского короля Кристиана, ознакомился с университетом, реформированным Бугенхагеном, и внял его наставлению сделать аналогичное в Кёнигсберге. В послании ландтагу в 1540 году герцог рекомендовал сословиям «в нашем княжестве Пруссия организовать христианскую школу». По совету Полиандера Альбрехт вначале удовлетворился созданием академической частной гимназии, в которой молодёжь готовилась бы для поступления в университет. После того, как сословия согласились с этой рекомендацией и решился вопрос финансирования, частная гимназия в 1541 году была построена. Так появилось первое в Кёнигсберге учебное заведение, которое должно было служить не городу, а интересам всей страны и поэтому должно было быть построено на герцогской земле. На первый взгляд наилучшим решением был бы выбор места на прилегавшей к замку территории Замковой слободы, но так как во многих других городах гимназии создавались на базе соборных капитулов, в Кёнигсберге так же последовали этой традиции, несмотря на то, что капитул прекратил своё существование уже два десятилетия тому назад. По договорённости с Кнайпхофом герцог получил часть владений соборного капитула, переданных им в 1528 году Кнайпхофу, обратно. Последний, в свою очередь, обязался предоставить большое количество строительных материалов и 5000 марок для возведения частной гимназии. В обмен на это город Кнайпхоф получил право на сооружение моста Хонигбрюке. Альтштадт, Лёбенихт и епископ Сам- ландский приняли участие в финансировании. Таким образом, герцогскую гимназию построили на том месте, где раньше жили каноники, севернее Кафедрального собора на берегу Прегеля. 11 декабря 1542 года состоялось её торжественное открытие.
Меланхтон проявил к школе живой интерес и рекомендовал подходящих педагогов. Однако она не особо процветала, пока Меланхтон, хотя и не без сомнений, не предложил на пост директора своего зятя Георга Сабинуса (настоящая фамилия Шулер). Уже во время своего первого визита в Кёнигсберг Сабинус, благодаря своему красноречию, склонил герцога к тому, чтобы провести немедленную реорганизацию гимназии в университет, хотя это было запланировано на более поздний срок. Прежде, чем составили уставы и привлекли учителей, в июле 1544 года в специальном печатном издании торжественно объявили о создании университета. Там же высказывалось ожидание, «что наша академия принесёт пользу и многочисленным великим народам, живущим на Восток и Запад от границ Пруссии». Уже 17 августа герцог пышной церемонией открыл новую высшую школу. Альбертина, как назвали университет, являлась творением правителя страны и навсегда сохранила характер Королевского Альбертус-университета, как его называли впоследствии. На университетской печати, автором которой был Сабинус, изображён поясной портрет герцога без головного убора, в латах и с обнажённым мечом. Этот «Альбертус» в ⅩⅨ веке перекочевал на значок кёнигсбергских студентов. Даже имея неограниченные полномочия в собственном княжестве, ни один правитель той эпохи, однако, не мог основать университета. Для этого требовалось согласие императора и папы Римского. Так как от них бесполезно было ожидать каких-либо привилегий для Альбертины, то Альбрехт в конце концов в 1560 году, то есть через шестнадцать лет после основания университета, обратился к своему сюзерену, королю Польши, который наделил Альбертину правами Краковского университета и полным самоуправлением.
На фоне яркой личности первого ректора университета Сабинуса другие профессора отходили на задний план, хотя и среди них было немало талантливых учёных. Их число возросло за счёт того, что герцог назначил главных пасторов трёх городских церквей профессорами теологического факультета, а позднее советников придворного суда возвёл в ранг профессоров юридического факультета. Эта связь науки и практики существовала в Кёнигсберге долго. В Альтштадте должность пастора отделили от совмещения с профессорской деятельностью лишь в 1897 году.
Религиозные волнения, нанёсшие делу Лютера большой урон, привели и Альбертину спустя несколько лет после её основания к серьёзному кризису. Упрямо, с пристрастием спорили теологи в диспутах и проповедях, в своих рецензиях и в религиозных беседах об истинной вере. Поскольку протестантство в качестве высшей инстанции не имело ни папы, ни церковного Собора, то верховный правитель страны как summus episcopus{44} персонально принимал те или иные решения по возникавшим проблемам.
На три основные пасторские должности в Кёнигсберге Альбрехт назначил в это время изгнанников. Так, Иоганнес Функ из Нюрнберга стал главой церкви в Альтштадте, а вскоре и придворным проповедником, референтом по вопросам теологии и исповедником герцога, всецело доверявшего земляку. Иоахим Мёрлин, пылкий борец за веру, который в своём родном городе Виттенберге был капелланом у Лютера, стал пастором и преемником Брисманна в Кафедральном соборе. Франконец Андреас Осиандер, один из известнейших евангелических теологов, привлёкший на сторону Лютера тогдашнего гохмейстера, в 1548 году переехал в связи с интеримом из Нюрнберга в Бреслау и оттуда предложил герцогу свои услуги. Альбрехт с радостью согласился и доверил ему пасторат в Альтштадте и, несмотря на возражения профессоров, кафедру в университете.
Если Альбрехт с приглашением Функа, Мёрлина и Осиандера рассчитывал углубить духовную жизнь Пруссии, то этого не произошло, или произошло во всяком случае не так, как Альбрехт себе это представлял. И по той простой причине, что эти теологи использовали свой арсенал знаний не для дела, а для споров между собой. Инициатором был очень самоуверенный и дерзкий Осиандер, питавший надежду стать епископом Самландским. Спор разгорелся, когда Матиас Лаутервальд из Эльбинга, ставший магистром в Виттенберге, ответил двенадцатью контрпунктами на тезисы Осиандера, которые тот выдвинул во время дискуссии при вступлении в должность 5 апреля 1549 года. Речь шла о центральном вопросе протестантства, а именно: о правильном понимании оправдания. Теологическая комиссия под председательством Сператуса высказалась против Лаутервальда, и тому пришлось покинуть Пруссию. Спор, однако, продолжался и привёл к расколу всего Кёнигсберга, как в среде духовенства, так и среди горожан, на две противоборствующие партии. На стороне Осиандера были герцог, его советники и придворные проповедники. Красноречивым представителем противоположной стороны являлся Мёрлин. Во время богослужений произносились ругательства в адрес друг друга, и когда Осиандер в 1549 году умер от чумы, его тело пришлось выставить в Альтштадтской церкви, чтобы все смогли убедиться, что чёрт не свернул ему шею, как утверждали слухи. Спор и после этого не утих, так как зятья Осиандера Андреас Аурифабер и Иоганнес Функ воспринимали его как завещание усопшего. Началом триумфа осиандристов явилось вступление Аурифабера в 1553 году в должность ректора университета. Правда, он едва не погубил молодой университет, так как известнейшие педагоги либо оставляли профессуру сами, либо принуждались к этому. Вместе с ними уходили многие студенты. В том же году изгнали из страны Мёрлина, а с ним и коллегию Соборной школы. Свою победу сторонники Осиандера увенчали отчислением в 1555 году Сабинуса. Он был последним профессором, назначенным в должность ещё при основании университета.
Между тем дальнейший спор переместился из религиозной сферы в политическую. Оба прусских епископа скончались вскоре друг за другом: Поленц в 1550 году, Сператус в 1551 году. Герцог, желая укрепить свое суверенное могущество, заменил влиятельные (представленные в ландтаге) должности епископов на менее значимые функции консисторий, не представленных в ландтаге. Этим он погрешил против сословных привилегий. На одной стороне теперь стоял стареющий герцог со своими советниками, часто фаворитами, не всегда заслуженно пользовавшимися его милостью, а на другой — сословия, ревниво защищавшие свои привилегии от придворной свиты. Альбрехт, уставший от спора, занемогший от болезней и семейных неприятностей, всё больше и больше становился игрушкой в руках противобоствующих. За всеми этими конфликтами стоял вдобавок король Польши, желавший расширить свою власть сюзерена в Пруссии. Концовкой в споре стала катастрофа 1566 года. Прежде, чем обратиться к этой для истории Кёнигсберга важной сословной революции, следует несколько слов сказать об экономике и населении города.