Амосов долго сопротивлялся диагнозу, но развилась гипертония, назрела необходимость установки кардиостимулятора. Его Амосову поставили зимой, операцию провел в Каунасе профессор Юргис Юозович Бредикус. Жена и дочь Катя поехали с Николаем Михайловичем. Стимулятор отлично работал и к середине февраля 1986 года Амосов вернулся к работе – операции, директорство, физические нагрузки. Амосов настроен по-боевому – вопрос об уходе из клиники снят: «Мы еще повоюем». И за 2,5 года существования института на 50 % возросли операции и на 23 % – число работников. Амосов называет примерно 600 дополнительно спасенных жизней.

1988 год Амосов называет самым лучшим годом в своей кардиохирургической биографии, он считает, что его институт – один из немногих, что идут в ногу с перестройкой: «В самом деле: операций сделали 4400, прирост 25 %, с АИК – 1560 – рост 52 %. Смертность общая – 4,6 % – на одну треть меньше. Заработки повысились: у ведущих профессий (хирурги, реаниматоры, анестезиологи, АИКовцы) приблизительно на 50 %, у остальных – на 25–30 %». Значительно понизилась смертность после операций.

Но интенсивная работа и нагрузки – Амосов по-прежнему относился к себе без снисхождения – поставили снова вопрос ребром. Амосов решил передать дела по институту преемникам. 1988 год он назвал последним годом своего директорства.

6 декабря 1988 года Амосов на утренней конференции объявил, что слагает с себя полномочия директора института. 75 лет – достаточный возраст, чтобы отойти от дел, «давно я ждал со страхом и надеждой: скинуть ношу ответственности за чужие жизни». Тридцать шесть лет работы на своем посту, 52 тысячи прооперированных сердечных больных – большой срок, расставаться с коллегами и друзьями было жалко, но решение принято. Новым директором стал ученик академика Амосова Г. В. Кнышов.

А жизнь продолжалась. В 1989 году в стране началась выборная кампания, избирали народных депутатов. Амосов уже был членом Верховного Совета с 1962 по 1979 год и убедился тогда, насколько формально его положение, это было ширмой для проведения диктата коммунистической партии. Теперь же казалось, что все будет иначе: народ получит реальную власть. Амосов всегда стоял за эффективную практическую деятельность, он знал, как эту власть нужно употребить. Вмешательства требовали состояние медицины и физкультура в школах. Амосов был уверен, что с помощью этих программ можно улучшить здоровье детей. Было огромное количество задумок по медицине: хозрасчет, контроль качества работы и квалификации врачей… И хотя силы еще не иссякли, скоро уже будет невозможно оперировать: возраст, хирургия – работа ручная. Наконец, просто нужно заполнить вакуум, нужно новое поле деятельности.

Поэтому, когда его коллеги-врачи выдвинули Николая Михайловича в кандидаты, он согласился. Он прошел первый тур выборов, опередив пятерых конкурентов.

На I Съезде народных депутатов был представлен цвет интеллекта страны. Свою лепту вложили наука, творческие союзы – лучшие из лучших. Хотя в реальности, конечно, все было не столь оптимистично.

Как депутат Амосов работал не менее добросовестно, чем как директор Института сердечно-сосудистой хирургии и хирург, хотя оперировать не бросил, сведя свою профессиональную деятельность к двум операциям в неделю. Он отказался от самых тяжелых случаев, тем более что новая работа отнимала много сил.

Там же, в Москве, для Амосова начался новый виток исследования социальных наук. Даже на заседаниях он сидел с записной книжкой и корпел над анкетами, статистикой, схемами. Амосов поставил тогда задачи: прояснить биологическую природу человека и качества личности. Для выяснения реальной картины жизни граждан, того, как они живут и что думают, нужен большой опрос всех подряд, нужны эксперты. Амосов придумал использовать прессу, анкеты печатались а центральных газетах: «Неделе», «литературной газете», «Комсомольской правде», «Учительской газете». В качестве обратного адреса был указан адрес института в Киеве. Письма пошли, их было очень много, тысячи. Обработку анкет организовали аспиранты по кибернетике в амосовском отделе биоэнергетики.

Результаты исследования были напечатаны в «Неделе»: «Поведение человека на три четверти определяют биологические потребности. На одну четверть – убеждения, идущие от общества, продукт творчества: натренированные словесные формулы: „Что хорошо, что плохо и как надо“. Эгоизма в 10 раз больше, чем альтруизма(!). Сила (значимость) потребностей идет по убывающей: боль, страх, голод, жадность, секс, дети, общение, сопереживание, лидерство, подчиненность, самовыражение, любознательность, агрессивность, деятельность, лень. Воспитанием можно изменить силу потребности на 1/4. К примеру: жадного не сделать добрым, можно только уменьшить жадность. „Электростанция“ личности – характер. Распределение людей по силе характера – по трудоспособности: сильные 10 %, средние 70 %, слабые 20 %. Соотношение силы сильного к силе слабого: 3 к 1. Тренируемость характера – невелика: из слабого не сделать сильного. Но обучаемость разума – большая: „средне-умных“ можно делать даже из дураков, если рано приступить к энергичному обучению. Существует потребность в правде, справедливости и вере. Психологию можно выразить моделью личности».

Последующая деятельность Верховного Совета виделась Амосову довольно безрадостной. Как человек действия, он понимал цену словесной шелухе, демагогии, которой становилось все больше. Программы по здоровью шли с большим скрипом, по сути, они волновали только Амосова, прочие депутаты их тормозили: «Очень скоро Верховный Совет мне нацело опротивел. Странное положение: законодатели работают, правительство – правит, а страна катится в пропасть. Без конца разбирали программы и планы». Амосов воспользовался своим диагнозом сердечной болезни и взял отпуск в политике, снова вернулся к медицине, оперировал.

А в 1991 году грянули известные события: путч, распад Союза. Верховный Совет перестал существовать, Горбачев ушел в отставку. Независимость Украины Амосов приветствовал. Раз есть народ, есть язык – должна быть страна. Казалось, наступает новая эра.

К сожалению, надежды на процветание Украины и России не оправдались. Партийные начальники овладели демократической властью и государственной собственностью и наступил жестокий кризис всего общества. Производство сократилось в два раза, большая часть народа обеднела, социальные блага резко уменьшились из-за недостатка денег в бюджете. Распространилась коррупция, и выросла преступность. Народ разочаровался в демократии.

В 1992 году Амосов подытожил свои философские идеи и написал статью «Мое мировоззрение». Ее напечатали в «Вопросах философии» и еще нескольких изданиях. Расширение и совершенствование этого труда Николай Михайлович продолжал до самых своих последних дней.

В том же году Амосов окончательно перестал оперировать. К этому его подтолкнул случай со смертью больной. Она умерла не на операционном столе, а спустя два месяца после операции, от инфекции, но хирург все равно решил, что в 80 лет уже негоже оперировать сердце. В институт он стал ходить раз в неделю, занимался преподавательской деятельностью, консультировал. В эти месяцы Николай Михайлович навсегда оставил скальпель. Но операции снились ему по ночам.

После прощания с хирургической практикой Амосов посвятил освободившееся время новому увлечению – собственной системе гимнастики, которая вновь принесла ему всенародную известность.

На восьмидесятом году жизни Николай Амосов, уже пять лет носивший кардиостимулятор на батарейках, сформулировал для себя правило «тысячи движений в день» и неукоснительно следовал ему, ежедневно по два часа занимаясь с гантелями, час бегая трусцой и три часа гуляя бодрым шагом.

Осенью 1993 года сердечный стимулятор отказал и его пришлось заменить на новый. Операция прошла успешно. Амосов чувствовал себя бодрым. Ему исполнилось восемьдесят лет. Но вскоре после юбилея он стал замечать, что самочувствие ухудшилось, появились трудности при ходьбе. Амосов по своим ощущениям почувствовал приближение старости, несмотря на то что он продолжал свою обычную гимнастику.