Так и не добившись желаемого единодушия, МТК, по давно установившейся сомнительной традиции, предоставлял выбор окончательного варианта на "благовоззрение" управляющего Морским министерством. Но и у министра было за кого спрятаться. Поручив Балтийскому заводу переделать свой проект под укороченную длину броненосца (не более 121,9 м) и с защитой легкой артиллерии (речь шла о 75-мм пушках) за счет уменьшения толщины поясной брони на 50,8 мм против предусмотренной в проекте А. Лаганя, П. П. Тыртов приказал об уменьшении поясной брони "доложить Его Высочеству". "Его Высочество" счел предложение разумным. Так в ходе не весьма глубоких обсуждений решалась судьба проектов для постройки кораблей на отечественных верфях.

И хотя начальство по-прежнему ожидало, что получение чертежей из Франции позволит ускорить работы, было ясно, что всю рабочую документацию и ее согласование в объеме проекта придется выполнять заново. Это было предопределено и увеличенными главными размерениями по проекту Балтийского завода (вследствие чего водоизмещение возросло до 13 516 т), и установкой изготовленной по собственному проекту паровой машины мощностью 15800 л. е., и применением башенных установок Путиловского завода.

За ними последовала серия других изменений, в результате которых от проекта А. Лаганя оставалась в неприкосновенности лишь общая конструктивная идея. Ее – в том виде, как она с замечаниями была принята по журналу № 5 от 12 января 1898 г. – МТК считал незыблемой и даже отказывался рассматривать многие из чертежей завода по корпусу и механизмам, считая, что они должны в точности соответствовать французскому образцу. Но чертежи штевней, кронштейнов гребных валов и других главнейших деталей пришлось все же утверждать заново.

Не отклоняясь существенно от теоретического чертежа, во всем следуя спецификации по корпусу и сохранив неизменной форму его продольного разреза (включая и по-французски изысканную, но в дальнейшем доставившую лишние хлопоты вогнутость линии киля в кормовой части), русские внесли в него и принципиальные изменения. Первым было усовершенствование броневой защиты, которую признали необходимой для 75-мм пушек. Стоявшие на "Цесаревиче" за легким бортом, они на кораблях петербургской серии были прикрыты третьим поясом брони толщиной 76 мм. Образованный таким путем каземат прикрывали 32-мм крышей, а орудия, для повышения их живучести, разделили 12,7-мм переборками. За это усовершенствование, не посмев увеличить водоизмещение, заплатили уменьшением (в сравнении с "Цесаревичем") толщины плит поясов брони: нижнего -с 250 до 194 мм, верхнего – с 203 до 152 мм.

Улучшили и узел соединения броневой палубы, борта и продольной внутренней переборки. На "Цесаревиче" и двух первых строившихся в Петербурге кораблях "Бородино" и "Императоре Александре III" броневая горизонтальная палуба, не доходя до борта, закруглялась и переходила в вертикальную, той же 40-мм толщины (из двух слоев), опиравшуюся на второе дно внутреннюю броневую переборку.

Эскадренный броненосец "Цесаревич" прибыл в Россию.

Получавшийся таким образом внутри корпуса прочный броневой ящик имел, однако, явно недостаточную связь (посредством широкого, толщиной 20 мм, горизонтального стрингера) с бортом и внутренним шельфом главного броневого пояса. Действительно, как выяснилось при подрыве "Цесаревича" ночью 26 января 1904 г., именно этот широкий стрингер не выдержал взрыва и позволил воде в обход сохранившегося в неприкосновенности внутреннего ящика распространиться поверх броневой палубы и в бортовых коридорах. Это и привело к неожиданно быстрому появлению большого (до 18°) крена.

Этот не замеченный французами конструктивный недостаток был исправлен продлением броневой палубы (посредством восстановления уже традиционно применявшегося по примеру "Мажестика" бортового скоса брони) непосредственно до шельфа бортовой брони. Броневая же переборка, став самостоятельным конструктивным элементом, была оставлена на том же месте, но в верхней части присоединялась теперь к скосу палубы, обеспечивая также и ее дополнительное подкрепление.

Третьей особенностью кораблей было существенное расширение электроприводов, что заставило увеличить мощность электростанции, применив новые (на 1500 ампер) генераторы. Четвертой, но, увы, не ставшей гордостью отечественного судостроения особенностью кораблей стало различие в составе их энергетических установок. Если Франко-русскому заводу установку для головного броненосца серии "Бородино" заказали строго по французскому образцу (такой же мощности 16 700 л. е.), то для остальных четырех кораблей машины и котлы изготавливал Балтийский завод по собственному проекту уменьшенной до 15 800 л. с. мощности. Экономия и здесь сказала свое веское слово, заставив пойти на заведомое (до 17,8 уз по формуле В. И. Афанасьева) уменьшение скорости.

Обнаружились и общепроектные различия кораблей, обусловленные разделением заказов на их постройку между двумя существенно отличавшимися предприятиями – казенными верфями Петербургского военного порта (Новое Адмиралтейство и Галерный островок) и Балтийским заводом, который считался заводом Морского ведомства, но обладал значительно большей свободой действий и собственным стилем работы.

Не считая нужным (или просто не имея сил для координационной работы) потребовать от предприятий составления общего проекта, МТК по давней традиции позволил им вести работы самостоятельно, что, несмотря на общность исходных заданий, привело к целому ряду новых отличий, вызвавших по существу создание трех проектов – "Бородино", "Орел" (казенные верфи) и типа "Император Александр III" (Балтийский завод). Эти отличия проявлялись в форме форштевней, в общем расположении, в способах установки и подъема катеров, в расположении люков для выхода горячего воздуха из машинных отделений и т. д. Даже продольные переходные мостики на спардеке приходилось выполнять соответственно двух типов. Отличались и выполнявшиеся разными заводами (Металлическим и Путиловским) башенные установки кораблей.

Металлический завод, чья первая артиллерийская башенная установка 305-мм орудий была заказана для "Ретвизана" в Америке, поставлял также башни для броненосцев "Бородино", "Орел" и "Слава". Путиловский завод получил заказ на комплект башен 305- и 152-мм орудий для "Императора Александра III" и "Князя Суворова". Он же поставлял станки этих орудий для броненосца "Цесаревич" и башен 254-мм орудий для броненосца "Победа". Электрические лебедки для подачи боеприпасов поставлял парижский завод фирмы "Сетер и Харле". Орудия всех кораблей изготовлял Обуховский завод, подводные минные аппараты нового поршневого типа-Петербургский Металлический завод. Производство крупповской брони для всех броненосцев успешно осваивал (по лицензии фирмы Круппа) Ижорский завод. Одновременная потребность в плитах на все строившиеся в то время корабли, включая "Победу" и "Князь Потемкин-Таврический", превысила производственные возможности завода, переживавшего наладочный период, и часть заказа (до 20%) поручили английскому заводу Бирдмер в Глазго.

Все эти обстоятельства выяснились уже в ходе постройки кораблей, подготовка к которой, как и следовало ожидать, крайне затянулась. Весь 1898 г. был потерян на обсуждение способов постройки и типа новых броненосцев. Еще в марте, согласно одному из указаний генерал-адмирала, предполагали по образцу "Осляби", но без медной обшивки строить два броненосца, из которых затем остался только один. МТК и ГУКиС, словно договорившись не мешать друг другу, также не торопили события. И даже получив в июле 1898 г. уведомление командира Петербургского порта о том, что эскизный проект броненосца на основе проекта А. Лаганя уже готов, ГУКиС только в ноябре, спохватившись, запрашивает из МТК "в возможно скорейшем времени" спецификации стали и брони, потребные для постройки броненосца казенными средствами, а затем просит уточнить, нельзя ли эту сталь заказать Ижорскому заводу по ведомости броненосца, который Балтийский завод начал строить на том стапеле, где только что спустили "Пересвет" (речь шла о "Победе"). В декабре выяснилось, что два броненосца в казенных адмиралтействах предполагается строить все-таки по образцу А. Лаганя. В январе- феврале состоялось обсуждение этих проектов и стало известно, что пока в Петербурге будет строиться только один броненосец. В ГУКиС начали готовиться к исполнению главной своей роли – выдаче заказов на материалы и машины.