Разумеется, Ферранте отказывается повиноваться. Он созывает парламент в Капуа и просит у баронов поддержки против несправедливых требований папы. Приказывает избить палками посланника, привезшего буллу от 14 июля в его королевство, и в то же время подает апелляцию об отмене папского решения. В момент полного разрыва, 21 июля, жесточайший приступ подагры сковал старого папу. Едва придя в себя, он начинает распределять бенефиции королевства Неаполитанского среди своих родственников. 31 июля он отдает Террачине Беневенте своему племяннику Педро Луису, а 1 августа он передает архиепископство Неаполитанское кардиналу Тебальдо, брату своего врача. Он вверяет богатейшее епископство Леридское своему племяннику Луису Хуану, Родриго получает вице-канцелярию Римской церкви, папа же готовится создать новые должности для каталонских и римских кардиналов.

Летом из-за болезни папы в курии усиливается недовольство оппозиции, а в городе начинаются беспорядки. Войско в двести человек под командованием архиепископа Рагузы занимает Капитолий по приказу Комиссии Священной коллегии. Освобожденный от всех своих должностей, дон Педро Луис понимает, что ему опасно дальше оставаться в Риме, где Орсини явно сделают попытку отомстить ему. Он передает кардиналам все свои высокие посты, включая замок Сант-Анджело. Взамен получает 22 000 дукатов, сумму, соответствующую завещанному ему Каликстом имуществу, и вручает кардиналам казну Церкви — 120 000 дукатов. 6 августа на рассвете он покидает замок Сант-Анджело вместе со своим переодевшимся братом Родриго и кардиналом Пьетро Барбо, который предоставляет ему эскорт в триста всадников и двести пеших солдат. Войско доезжает до ворот Святого Павла. Оказавшись вне стен города, кардиналы Родриго и Барбо расстаются с доном Педро, а солдатам приказывают сопровождать его до Остии. Но обещанной ему галеры в порту не оказалось. Педро Луис вынужден был сесть в лодку, которая довезла его до Чивитавеккья, где он умирает 26 сентября при невыясненных обстоятельствах.

Возвратившись в Рим, кардинал Родриго видит, что его дворец в исступлении разграблен чернью. Он присутствует при долгой агонии своего дяди, который умирает 6 августа, в день Преображения Господня, праздник, который он сам же установил. Как только стало известно о смерти папы, в Риме усилились волнения. Враги Борджиа, а особенно Орсини, радуются. Большинство каталонцев, как Педро Луис, уже покинули город. Те, кто этого еще не сделал, должны скрываться, чтобы не подвергнуться насилию. Пиччинино овладевает несколькими городами, среди них Ассизы. Договорившись с Ферранте Арагонским, он осаждает Фолиньо.

Самое главное теперь — выбрать преемника папы. 16 августа восемнадцать кардиналов собираются на конклав. Присутствуют восемь итальянцев, пятеро испанцев, двое французов, два грека и один португалец. Большинство хочет помешать выборам кардинала-иностранца. При такой конъюнктуре кардинал Сиенский Энеас Сильвий Пикколомини пользуется поддержкой Франческо Сфорца, герцога Миланского, и Ферранте Арагонского, короля Неаполитанского. Именно он на третий день голосования был избран «по присоединению». Он получил девять голосов, а француз д’Эстутвиль — только шесть. Долгая тишина устанавливается на галереях Святого Николая, где собрались участники конклава. В этой тишине раздается голос Родриго Борджиа: «Я голосую за кардинала Сиенского». После некоторого колебания, один за другим, кардиналы высказываются в пользу Пикколомини. Гуманист, проповедник императора, хитрый дипломат становится папой Пием II. Теперь для клана Борджиа самое главное — сохранить при новом правлении то, чего они добились при предыдущем.

Родриго Борджиа торжествует вместе с новым папой, над избранием которого он потрудился. В прежние времена Пий II был прелатом-эпикурейцем, резвым дипломатом, известным автором эротических пьес и героем многочисленных любовных похождений. Когда-то живой и крепкий, он с трудом перешагнул порог пятидесятилетия. Сильно сдал. Энтузиазм остался прежним, но жестокие приступы подагры постоянно подрывают его здоровье. Сделав карьеру императорского проповедника, епископа Сиенского и кардинала, он приобрел богатый опыт и великолепное знание политики и религии. Умеет управлять людьми и, главное, использовать тщеславие молодых, похожих на него, того, каким он был когда-то. А кардинал Борджиа, энергичный и дерзкий, именно таков. В 27 лет он хочет играть важную роль в мире, и для этого у него есть возможности.

Будучи правителем Валенсийской епархии, Родриго получает доход 18 000 дукатов. Канцелярия же папы, ежегодный доход которой 70 000 дукатов, поступающих в его казну, обеспечивает Родриго ренту в 8000 дукатов. Но это всего лишь начальная точка отсчета состояния, которое вскоре начнет очень быстро увеличиваться.

Его должность предоставляет ему завидное первенство внутри самой курии. В 1187 году Григорий VIII отменил звание канцлера, подчеркивая этим, что только папа имеет право подтверждать подлинность актов Святого престола. Но вице-канцлеру с течением времени удалось вернуть если не свое звание, то свои права. Он действительно стал вторым лицом в церковной иерархии. В его подчинении находилось около сотни папских служащих. Референдарии, или «докладчики большой канцелярии», выносили решение о прощении. А потом докладчики «малой канцелярии» составляли акты, которые заверялись управляющим канцелярии и вице-канцлером. Наложение свинцовой печати — буллы — делало затем такой акт законным. Тщательно разработанная система оплаты позволяла одновременно пополнять сундуки папы и весьма обильно вознаграждать служащих канцелярии. Эта система применялась как к грамотам о канонизации, так и к грамотам, которые давали льготы и прощение в самых разнообразных случаях: брак близких родственников, узаконивание внебрачного ребенка, двоеженство, кровосмешение, убийство с целью ограбления или сексуальные извращения.

Пий II дает возможность кардиналу Борджиа исполнять эту деликатную и доходную должность, которая досталась ему от дяди. Но в других отношениях его позиция прямо противоположна мнению предыдущего папы. Предварительно заплатив, он увольняет каталонских губернаторов, которых Каликст разместил в своих папских провинциях. Педро Луис, брат Родриго Борджиа, умер весьма кстати: его заменили племянником Пия II Антонио Пикколомини. Один из друзей папы, Антонио Колонна, становится префектом Рима. Происходит изменение в отношениях папства и Неаполя. 17 октября 1458 года с Ферранте подписано соглашение, по которому он признает себя подданным папы и обязуется платить дань. Взамен 10 ноября Пий II публикует грамоту о даровании ему инвеституры.

Эта перемена в политике была вызвана определенными причинами. В Италии папе нужен был мир, чтобы иметь возможность начать крестовый поход против турок. Он призывает всех христианских государей собраться в Мантуе в июне 1459 года, чтобы договориться о возобновлении святой войны. Сам же отправляется на север Италии в январе 1459 года. Одиннадцать кардиналов, живущих в Риме, обязаны его сопровождать. И среди них — Родриго Борджиа и его кузен Луис Хуан де Мила. Города папских провинций по очереди встречают великолепную кавалькаду.

Среди всех римских прелатов вице-канцлер выделяется роскошью, которой он обставил свою жизнь, и необычайной представительностью. И в самом деле, Родриго очень красив. Высокий, темноволосый, живой, небрежный, всегда улыбающийся, он никого не оставляет равнодушным. Мужчины им восхищаются, ему завидуют, к нему ревнуют. Женщин покоряет его очарование. Еще его наставник Гаспаро да Верона отметил его исключительную способность к обольщению: «У него, — писал он, — проникновенный голос. Он говорит и пылко и очень мягко одновременно. Черные глаза великолепны. Лицо всегда приятно. Оно выражает веселость и счастье. Разговор с ним странным образом способен взволновать слабый пол. Он притягивает женщин, как магнит притягивает железо. Но ловко скрывает свои победы, и никто не знает, сколько женщин ему покорилось».