С ноября 1492 года в течение двух лет Пинтуриккьо и его мастера работают в соответствии с точной программой, которая иллюстрирует, благодаря аллегорическому языку, верования, честолюбивые стремления и надежды Борджиа. Просторная передняя площадью 216 квадратных метров, в которую проникает свет через два оконных проема, выходит во двор Бельведера и называется „Зал понтификов“. Она прославляет главенство римского престола, напоминая о десяти знаменитых папах. Среди них — Этьен II, почитаемый Пипином Коротким, королем франков; Лев III, короновавший Карла Великого; Урбан II, первым провозгласивший крестовый поход; Григорий XI, возвративший папский престол в Рим, и Николай III, построивший Ватиканский дворец. К несчастью, ничего не осталось от росписи потолка, сделанной Пинтуриккьо, — в 1500 году потолок обрушился во время грозы.

Из этой передней через узкую мраморную дверь, украшенную гербом с ключами святого Петра и знаками Николая III, можно пройти через анфиладу трех залов для приемов, каждый из которых освещается окном, выходящим во двор Бельведера. Стены не расположены параллельно, и поэтому выложенный майоликой пол имеет неодинаковую высоту: переходя из комнаты в комнату, нужно каждый раз спускаться на одну ступеньку. Но об этих несоразмерностях сразу же забываешь, любуясь залами, площадь каждого из которых — 88 квадратных метров. Апартаменты находятся под станцами Гелиодора, Синьятуры и Пожара в Борго, расположенных на верхнем этаже, куда Юлиан II, преемник Александра VI, из ненависти к своему предшественнику перенесет папские апартаменты.

Посетитель испытывает живое удовольствие, рассматривая первый из этих залов. Восхитительная гармония золоченой штукатурки под мрамор на голубом фоне еще больше подчеркивает великолепие стенных росписей. Золотые арабески вырисовываются на бледно-зеленом фоне, обрамляя сцены из Нового Завета, изображающие радостные мистерии; это „Зал Таинств Веры“. На стенах одна за другой изображены шесть сцен: Благовещение, Рождество, Поклонение Волхвов, Воскресение, Вознесение и Троица.

В сцене Воскресения Александр VI изображен перед могилой Христа, откуда Спаситель возносится на Небо. В церемониальной мантии, усеянной драгоценностями, папа преклонил колени и положил свою тиару из золота и серебра на землю. Он получает благословение воскресшего Христа. Спокойствие и величавость понтифика резко контрастируют с волнением и оцепенением солдат, стоящих у гроба. Художник, будучи хорошим наблюдателем, не упускает возможности изобразить чувственность понтифика, проступающую во всех его чертах, но мастерски передает то, что хотел донести папа: он появляется как Наместник Христа. Напрямую связанному с живым богом, ему одному даровано право передавать людям волю Неба.

В этом же зале он воздает скромную дань уважения своему дяде Каликсту III. Один из персонажей на картине Вознесения, в красном платье, коленопреклоненный — это незаконнорожденный сын Каликста, Франческо Борджиа, простой камергер, когда Александр становится папой, но уже очень скоро получивший пурпурную мантию. Над фигурами пророков, в росписи потолка, постоянно присутствуют символы семейства Борджиа: бык чередуется с короной, бросающей на землю от трех до пяти тонких лучей.

Следующая комната расписана сценами из жизни Святых. Над мраморным карнизом с изображением быков, в круглых отверстиях под потолком расположены шесть фресок. Одна из них в глубине изображает святую Екатерину Александрийскую, беседующую с императором Максенцием, или Максимианом: она должна опровергнуть языческие верования в споре с пятьюдесятью противниками. У святой явно проступают черты Лукреции: юное лицо, изящество, золотистые волосы — именно такой ее описывают в момент ее свадьбы с Джованни Сфорца. В императоре, сидящем на троне под золотым балдахином, все единодушно признают Чезаре Борджиа. Вельможа, одетый на турецкий манер, стоящий слева от трона, — явно принц Джемаль, его туника украшена стилизованными цветами — такие часто встречаются среди оттоманских символов. Другой вельможа, стоящий справа, в розовой накидке и красной шапке, — вполне вероятно, изображает Андрея Палеолога, сына Фомы, деспота Морейского, потомка бывших восточных императоров Герцог Хуан Гандийский — это, скорее всего, всадник с собаками, одетый по-восточному, возникающий на фреске справа, он любил одеваться на турецкий манер. Позади деспота Морейского Пинтуриккьо изобразил также самого себя и архитектора папских апартаментов.

Композиция семейной картины» приятна и спокойна: это совсем не похоже на резкий и страстный «спор» святой Екатерины, о котором рассказывает Золотая легенда Жака де Воражина. Это, скорее, изображение одного из тех блестящих приемов, которые так нравятся Александру и его детям. На нем царит атмосфера буколического праздника у триумфальной арки, похожей на триумфальную арку Константина и прославляющей папу, — об этом свидетельствуют быки Борджиа и надпись: «Тому, кто установил мир» — Pacis cultori.

Следующие сцены тоже полны жизни и очень естественны. Святой Антоний, аббат, навещает Святого Петра-отшельника в пустыне, весьма напоминающей цветущий рай. «Посещение Марией Святой Елизаветы» — повод, чтобы изобразить играющих детей и девушек, сидящих у прялки и занимающихся рукоделием. Картина, представляющая Святую великомученицу Варвару — с распущенными золотыми волосами, ужасом в глазах, — считается одним из самых прелестных женских портретов кисти Пинтуриккьо, где, возможно, он запечатлел одну из дам папского окружения. Действие эпизода «Сусанна и старцы» происходит в прекрасном зеленом саду, окруженном изгородью из роз, там живут разнообразные животные — олени, лани, кролики и даже обезьяна, сидящая на золотой цепи. В центре — великолепный шестиугольный фонтан с двумя перекрывающими друг друга бассейнами, нижний украшен двумя гипсовыми гениями, а на верхнем изображен putto, амур. Картина мученичества святого Себастьяна с лучниками, солдатами и всадниками на фоне холма Палатина и Колизея, напоминает, что папа Борджиа обеспечил Святой город всеми необходимыми средствами защиты от любой агрессии.

На картине в круглой рамке, отделанной под мрамор, или tondo, над входной дверью в эту комнату — Дева в окружении шести ангелов учит читать Младенца Иисуса по книге, которую она держит в правой руке. Некоторые критики считают эту картину ответом на ту, которую по приказу кардинала Родриго поместили в коллегиальной церкви Хативы: он хотел возблагодарить Деву за ту особую защиту, которую она даровала ему — ребенку — в Испании. Другие считают это произведение той самой фреской, о которой говорит Вазари в своем Жизнеописании знаменитых художников: «Во дворце над дверью одного из залов Пинтуриккьо написал Джулию Фарнезе с чертами Богоматери». Но Вазари добавляет, что на этой картине также есть изображение «головы поклоняющегося ей папы Александра VI». А именно этой детали недостает в дошедшем до нас tondo.

Насколько легко поддаются толкованию эти фрески, настолько же трудно объяснить сцены, изображенные на потолке и предназначенные для посвященных. В них рассказывается история Изиды и Озириса, они явно свидетельствуют о склонности Александра VI к эзотеризму: выбрав эту тему, глава Церкви провозглашает, что античные мифы предвосхищают христианские догмы. Но вместе с тем он прославляет свою династическую гордость. Озирис, брат и супруг Изиды, был превращен после смерти в священное животное — быка Аписа. Напоминание об этой легенде позволяет поместить на почетное место символическое животное Борджиа. Нечто вроде генеалогической связи, или, скорее, отношения тотемного типа, устанавливаются здесь между папой и древним египетским богом: такое объяснение появилось в недавно вышедшем исследовании о Ватикане. Но в эпоху Александра VI только гуманисты были способны понять намек, а большинство верующих были шокированы появлением изображения древних идолов в месте, где жил верховный глава христианского мира.

Начало похождений Изиды изображено на пяти восьмиугольных фресках по своду комнаты. Ио, превращенную в корову, охраняет Аргус, его тело усеяно изображениями глаз. Царь богов, влюбленный в Ио, направляет Меркурия, который, играя на свирели, усыпляет недоверчивого сторожа. Меркурий убивает Аргуса и приводит Ио в облике коровы к Зевсу. Зевс поручает Гере охранять ее, а потом ведет ее в Египет, где она снова превращается в красивую молодую женщину и ее провозглашают королевой Египта под именем Изиды.