В начале 1918 года политическая ситуация во Владивостоке заметно осложняется. В апреле в город высаживаются оккупационные войска японцев и англичан. Население города реагирует на это неоднозначно – часть людей приветствует приход иностранцев (мол, теперь в городе установится настоящий порядок), часть активно выступает против. Фадеев, как и все члены «коммуны», был в числе противников оккупации. Однако почти все преподаватели требовали прекратить в стенах училища всяческие политические дискуссии, в противном случае грозя ослушникам исключением. Но их требование было нарушено. Вскоре в 7-м классе началась форменная буза – ученики потребовали исключить из училища преподавателя, который на уроке бросил в лицо всему классу фразу: «Вы мерзавцы!» Однако руководство училища не пошло на поводу у бунтовщиков и поступило диаметрально противоположным образом – исключило из училища нескольких особо активных смутьянов. Но руководители не учли одного – что на сторону исключенных встанет чуть ли не все училище. Вскоре началась забастовка, которая, как цепная реакция, постепенно охватила многие училища города. Эта забастовка была тут же поддержана Владивостокским Советом рабочих и солдатских депутатов. В конце концов, видя, что сила не на его стороне, руководство коммерческого училища пошло на уступки и удовлетворило все требования стачечного комитета.

Лето 1918 года Фадеев провел у родителей в Чугуевке. А когда в сентябре вернулся во Владивосток, там уже была другая власть – белогвардейская (колчаковский мятеж произошел в июне, и советская власть была свергнута по всему Приморью). Вот как вспоминал затем Фадеев: «Шла кровавая битва, в которую был втянут весь народ, мир раскололся, перед каждым юношей уже не фигурально, а жизненно… встал вопрос: «В каком сражаться стане?»

Фадеев с выбором определился довольно быстро – в том же сентябре он вступил в ряды Коммунистической партии. Так как происходило это в подполье, Фадеев не проходил кандидатского стажа, даже экзаменов по политграмоте у него не принимали. А затем начались его боевые будни. По поручению Владивостокского партийного комитета юные подпольщики (а вместе с Фадеевым в партию вступили еще несколько учащихся коммерческого училища, среди которых были трое его лучших друзей: Женя Хомяков, Гриша Билименко и Петя Нерезов) вели агитационно-пропагандистскую работу среди молодежи города, расклеивали листовки, работали связными и стояли «на стреме» у явочных квартир. В апреле 1919 года Фадеева и его друзей с поддельными паспортами (Фадеев, например, значился Александром Булыгой) переправили в центр партизанского движения края – Сучанскую долину. Так началась новая полоса в жизни юного Фадеева – его «партизанские университеты». У этой «школы» были как светлые, так и темные стороны «обучения». Например, именно там Фадеев впервые по-настоящему увлекся возлияниями. Вот его собственные слова на этот счет: «Я приложился к самогону еще в 16 лет, когда был в партизанском отряде на Дальнем Востоке. Сначала я не хотел отставать от взрослых мужиков в отряде. Я мог тогда много выпить. Потом я к этому привык. Приходилось. Когда люди поднимаются очень высоко, там холодно и нужно выпить. Хотя бы после. Спросите об этом стратосферников, летчиков или испытателей вроде Чкалова. Мне мама сама давала иногда опохмелиться. Я ее любил так, как никого в жизни. Я уважал ее. И она меня понимала. Это был очень сильный человек…»

В начале военной службы Фадеев был прикомандирован к штабу партизанских отрядов Приморья, которыми с мая 1919 года командовал Сергей Лазо. Вскоре Фадеев вместе со своими товарищами был отправлен в агитационный поход в Никольск-Уссурийский уезд с задачей организации новых партизанских отрядов. Буквально в каждом селе на пути следования им приходилось устраивать митинги и призывать мужское население к переходу на сторону советской власти. Именно во время этого похода Фадеев стал вести дневник, который сослужит ему хорошую службу в работе над первыми произведениями.

Друзья-однополчане в шутку называли Фадеева и трех его друзей четырьмя мушкетерами. Сам Фадеев позднее так напишет о своих друзьях: «Я на всю жизнь благодарен судьбе, что у меня в боевые годы оказалось трое таких друзей! Мы так беззаветно любили друг друга, готовы были отдать свою жизнь за всех и за каждого! Мы так старались друг перед другом не уронить себя и так заботились о сохранении чести друг друга, что сами не замечали, как постепенно воспитывали друг в друге мужество, смелость, волю и росли политически. В общем, мы были совершенно отчаянные ребята – нас любили и в роте, и в отряде. Петр был старше Гриши и Сани на один год, а меня – на два, он был человек очень твердый, неболтливый, выдержанно-храбрый, и, может быть, именно благодаря этим качествам мы не погибли в первые же месяцы: в такие мы попадали переделки из-за нашей отчаянной юношеской безрассудной отваги».

В августе 1919 года Фадеев оказался в партизанском отряде Петрова-Тетерина. В том же месяце под ударами превосходящих сил японцев и белоказаков партизанам пришлось отступить из Сучанской долины в глубь тайги. Осенью отряд, в котором находился Фадеев, встал на постой в его родном селе Чугуевке. Правда, родные Фадеева еще год назад перебрались на жительство в город, поэтому Александр их уже не застал.

В январе следующего года партизаны Приморья перешли в наступление и освободили город Спасск. После вступления в город Фадеев и его двоюродный брат Игорь Сибирцев были избраны в состав Спасского укома РКП(б) и делегатами на IV Дальневосточную краевую конференцию РКП(б), которая состоялась в начале марта. В том же месяце по предложению Сергея Лазо Сибирцев был назначен комиссаром Спасско-Иманского военного района, а Фадеев его помощником.

В начале апреля, нарушив мирное соглашение, японские войска напали на партизанские отряды и гарнизоны красных войск во Владивостоке, Хабаровске, Спасске и других городах Приморья. Во время одного из этих боев Фадеев был ранен. Он наверняка бы погиб, если бы не его товарищ С. Пищелка, который, рискуя жизнью, по пояс в ледяной воде, вынес тяжело раненного Фадеева из японского окружения. Выздоравливал Фадеев уже в городе Имане.

В мае 1920 года Фадеев принял активное участие в эвакуации военного имущества, вооружения и боеприпасов из Приморья в Амурскую область. На пароходике «Пролетарий» с прицепленной баржей он проделал шесть рейсов по реке Уссури. Позднее он так опишет это время: «Рейсы по Уссури в 1920 году – одно из самых счастливых воспоминаний моей юности. Мне было 18 лет. Я поправлялся после ранения, полученного мною под Спасском, еще хромал, но уже было ясно, что все будет хорошо. Все время стояла ясная солнечная погода, мы много ловили рыбы неводом, и я – по немощности – бывал за повара. В жизни не едал такой жирной налимьей и сомовой ухи. Постоянное напряжение, опасности, наши, иногда кровопролитные, схватки с дезертирами из армии, не раз пытавшимися овладеть пароходом, чтобы удрать за Амур, – все это только бодрило душу».

Осенью того же года по путевке подпольного Владивостокского комитета партии Фадеев был направлен в Благовещенск для организации комсомола по линии Амурской железной дороги. Однако уже через месяц он вновь попал на фронт – в составе бригады, которой командовал его двоюродный брат Игорь Сибирцев; Фадеев воевал против атамана Семенова. Тогда же Фадеев некоторое время пробыл на посту комиссара 8-й Амурской отдельной стрелковой бригады и был избран на конференцию военкомов, политработников и коммунистов, которая состоялась в начале февраля 1921 года в Чите. На этой конференции Фадеева избрали делегатом на X Всероссийский съезд РКП(б).

Съезд открылся 8 марта, а накануне его открытия вспыхнул мятеж в Кронштадте. На его подавление была брошена 7-я армия под командованием М. Тухачевского, а вскоре к ней присоединилась и часть делегатов съезда. Во время этих боев Фадеев едва не погиб. Он получил тяжелое ранение и долго пролежал без всякой помощи на льду Финского залива, потеряв много крови. Но врачам в госпитале, куда его затем доставили, удалось спасти ему жизнь. (Стоит отметить, что участие Фадеева в этой военной операции будет отмечено орденом боевого Красного Знамени.)