Основную планировку города Богородицка тоже закладывал Болотов. Когда было принято решение об отделении города от волости и застройке его, наместник Н. М. Кречетников поручил Андрею Тимофеевичу подготовить проект. Тот предложил план, согласно которому и был построен город.

В 1796 г. скончалась Екатерина И, Взошедший на престол Павел I сразу же объявил А.Г. Бобринского своим братом и наряду с другими почестями пожаловал ему Богородицкую волость с дворцом и парком. Болотов отказался от должности управителя и вернулся в Дворяниново.

Первые годы после возвращения в имение ученый посвятил главным образом приведению его в надлежащий порядок. Нельзя, конечно, сказать, что хозяйство в усадьбе было запущено. Живя в Богородицке, не забывал Андрей Тимофеевич наведываться в родные места, тем более, что имение находилось по пути из Богородицка в Москву, а управителю частенько приходилось ездить по служебным делам. Однако это все были кратковременные наезды, во время которых хозяин не только не успевал что-то сделать, но и не всегда замечал упущения. Теперь предстояло все исправить.

Правда, задача облегчалась тем, что сын Болотова Павел стал уже взрослым. Он рос все время под надзором Андрея Тимофеевича, который воспитал его трудолюбивым, скромным, тяготеющим к науке и искусству. В умении рисовать Павел, пожалуй, не только не уступал отцу, но и превосходил его. Недаром, иллюстрируя свои автобиографические записки, Болотов прибегал к помощи сына.

Большинство забот по приведению в порядок усадьбы легло теперь на плечи Павла, а сам Андрей Тимофеевич занялся сочинительством. Ведь в течение всей сознательной жизни он вел дневники и журналы, куда заносил сведения о важнейших делах и событиях, замечания о прочитанном, важнейшие свои мысли. Еще в конце пребывания в Богородицке Андрей Тимофеевич решил основательно заняться дневниками и описать свою жизнь. Вернувшись в Дворяниново, Болотов написал знаменитые мемуары «Жизнь и приключения Андрея Болотова, описанные самим им для своих потомков».

В 1819 г. было организовано Московское общество сельского хозяйства. Несмотря на преклонный возраст (81 год), Андрей Тимофеевич принял довольно активное участие в деятельности журнала этого общества. За период с 1822 по 1830 г. было опубликовано 12 его статей, в том числе «Опыт над яблочными семенами», в которой наиболее четко изложены выводы о роли перекрестного опыления в наследственной изменчивости растений, и статья «О выгоднейшем расположении фруктовых дерев в садах плодовитых», где высказано предложение сажать яблони и другие плодовые деревья правильными продольными и поперечными рядами, что позволяет производить работы в саду с помощью конных орудий.

Регулярный образ жизни и постоянное пребывание на свежем воздухе позволили А. Т. Болотову хорошо сохранить свое здоровье. Будучи уже стариком, он принимал живое участие в семейных праздниках, а в танцах не уступал молодежи.

До конца своей жизни Болотов сохранил подвижность, прекрасную память и неутомимую любознательность. Даже ослепнув на один глаз, он не бросил своих занятий и продолжал читать и писать. И лишь после окончательной потери зрения ему пришлось перестроиться: чтение он заменил слушанием, а писал кто-либо другой, под его диктовку.

Незадолго до смерти на Болотова обрушилось новое несчастье: стала все более и более усиливаться глухота. Если слепоту он переносил как-то терпеливо, то от глухоты очень страдал, так как она лишала его последней возможности активного общения с внешним миром, которым он так горячо интересовался всю свою жизнь. Особенно печалился Болотов, когда к нему приезжали гости и он не мог из-за глухоты принять участие в разговорах, узнать последние новости.

Слепота и глухота лишили Андрея Тимофеевича возможности самостоятельно бывать в саду. Но тяга его к природе была так велика, что родные частенько вывозили ученого в сад на тележке. По словам внука, участника этих прогулок, трудно было передать радость старика, несмотря на то, что тот мог только внутренне переживать свое пребывание в саду.

3 октября 1833 года А. Т. Болотов тихо скончался в своем рабочем кабинете, а 7 октября, в день его рождения, состоялись похороны. Захоронили его на русятинском кладбище, на месте еще в 1792 г. выбранном им для своей могилы, где уже покоился прах его тещи, умершей в 1814 г. Всего на один год пережила Андрея Тимофеевича его жена - Александра Михайловна. Три памятника и сейчас стоят рядом на кладбище в Русятино.

Потомки еще долго хранили в своей памяти имя этого замечательного человека, В 1838 г, в день 100-летия со дня рождения Болотова Вольное экономическое общество провело специальное юбилейное собрание. А в зале, где оно происходило, была организована выставка многочисленных работ Андрея Тимофеевича.

К сожалению, в царской России имя и труды этого великого человека были преданы забвению. Лишь во второй половине XIX века были опубликованы его замечательные автобиографические записки, да в сокращенном виде помологическая работа «Изображения и описание разных пород яблок и груш, родящихся в дворяниновских, а отчасти, и в других садах».

Только при Советской власти А. Т. Болотов получил заслуженное признание как выдающийся деятель науки и культуры своего времени, основоположник отечественной . сельскохозяйственной науки.

 К расцвету своей деятельности А. Т. Болотов был знаком почти со всей научной литературой России и стран Западной Европы по естественным наукам. В то же время он занимался практическим сельским хозяйством и был очень наблюдательным человеком. Поэтому иностранный опыт воспринимался им критически, все ненужное и неправильное отбрасывалось, а ценное использовалось для дальнейших исследований. Благодаря такому подходу к информации Болотов совершил свои замечательные открытия, многие из которых далеко опередили достижения западноевропейской науки.

По вопросам земледелия Андрей Тимофеевич опубликовал много работ. Наиболее примечательна из них - большая статья «Примечания о хлебопашестве вообще», в которой Болотов сообщал о своем намерении написать, серию статей по общему земледелию. Система, с помощью, которой автор сообщал данные, поражает своей стройностью и принципиально ничем не отличается от современных программ курса общего земледелия в сельскохозяйственных учебных заведениях.

Ученый писал: «Первым предметом, или частью хлебопашества можно почесть разбирание свойств и качеств земли, или исследование и узнавание, к чему которая земля наиспособнее. Примечания же, касающиеся до сего пункта, могут быть двоякие: одни касаться до самых разных частиц, землю составляющих и различного смешения и пропорции оных, от чего наиглавнейшие добрые и худые качества оной происходят: а другие до положения и разной наклонности пашен, от чего равномерно важные следствия в рассуждении земледелия и урожая хлеба проистекают».

«Вторым предметом - продолжал Болотов, - почитаю я исправление и удобрение земель, К сей части земледелия принадлежат многие вещи, как, например: изыскание, чем и какими средствами который род земли поправить и в лучшее совершенство привести можно; также, каким образом требуемые для поправления и удобрения оных вещи собирать, приуготовлять, умножать и употреблять наиспособнее и лучше можно, и которое удобрение прочнее и лучше и сколь долго может длиться, и при каких обстоятельствах быть полезно и бесплодно. Третьим предметом можно почесть самое производство земледелия, или, собственнее сказать, уработывание и приуготовление земли к посеву семян. Обстоятельства в  рассуждении сего пункта касаются более до следующего; а именно: который ряд земли, в какое время, под который род хлеба, и каким образом приуготовлять полезнее,  способнее и выгоднее.

Четвертым предметом почитаю я собственно семена, весьма великую важность в хлебопашестве составляющие... Примечания в рассуждении иных могут касаться: 1) до изыскивания способнейших средств к очищению оных, 2) до предосторожностей, кои надобно к тому употреблять, чтобы не посеять худых и несовершенных семян, 3) до собственных повреждений, бываемых семенам, 4) до употребления семян хлебных.