К нескольким холодным зимам добавились свирепые эпидемии. После пятисотлетнего перерыва в город снова пришла бубонная чума. «Черная смерть», пронесшаяся по Франции в 1348–1352 годах, уничтожила порядка 30–40 % населения страны. Только Париж потерял около 50 000 человек. И хотя город справился с потерями, рост населения не возобновился, потому что последовали и другие болезни 1360-х годов, а затем эпидемии 1374 и 1400 годов.

В средневековом Париже появилась благотворительность. При Людовике Святом старинная больница Отель-Дье, пристроенная к собору

Парижской Богоматери на Ситэ, была расширена и могла принимать до 600 человек в день. Приют и заботу страждущие находили и в более мелких благотворительных заведениях, например, в больнице Святой Екатерины на улице Сен-Дени (II округ современного Парижа) или странноприимном доме при церкви Сен-Жюльен-ле-Повр (V округ Парижа). Существовали узкоспециализированные институты: приют Троицы был основан в 1202 году для того, чтобы давать кров нуждающимся, буржуа Этьен Одри создал приют для обнищавших вдов (позднее известных как «вдовушки-одри-етки»), а король Людовик Святой основал приют слепых. Строились и лепрозории, которые располагались вне городских границ, чтобы население не чувствовало опасности, но достаточно близко, чтобы в них можно было доставлять благотворительную помощь.

Главным местом вспоможения неимущим стала больница Св. Лазаря неподалеку от Монмартра. На левом берегу стояла небольшая больница Сен-Жермен-де-Пре.

К началу XIV века налогообложение стало весьма ощутимым бременем для граждан страны. Особенно сильно повышение налоговых ставок отразилось на парижанах. Ища новые пути получения денег, королевская власть стала активно вмешиваться во внутренние дела Парижа. Девальвация валюты в 1306 году привела к тому, что восставшие напали на имение знатного купца Этьена Барбетта, который распорядился взимать налоги по новым, повышенным ставкам. Его имение разрушили и сожгли. Король хладнокровно подавил восстание, 28 зачинщиков были повешены публично.

После битвы при Пуатье в 1356 году король Иоанн II был захвачен англичанами, английские войска окружили Париж и разрушили северную часть города. «Они безжалостно жгли и грабили нашу родину», – писал летописец Жан де Венетт. Большие беды приносили банды мародерствующих солдат, заставлявших население выплачивать «выкуп», отбиравших скот и добро. Париж страдал от разорения окружающих земель, и невозможности нормально вести торговлю.

На заседании Национального собрания явилась делегация горожан, которая внесла предложение о реформах налогообложения и потребовала избавить совет от коррумпированных чиновников. От лица парижан выступал купец Этьен Марсель, который сумел добиться уступок от правительства дофина Карла (будущего Карла V).

Этьен Марсель был популярен не только в столице, но и в других коммунах северной Франции. Организовав стачку ремесленников Парижа, Марсель сумел не допустить дальнейшего искусственного обесценения национальной валюты. Но в дальнейшем политическая деятельность Марселя была неуспешной, возможно потому, что он неуважительно относился к дофину, что не принесло ему популярности у парижан. А когда он, решая сложную политическую ситуацию, пустил Карла Безумного в город с армией, в рядах которой было множество солдат-англичан, то погиб сам. Это решение вызвало 31 июля 1358 года восстание, во время которого Этьен Марсель и был убит. Он был сброшен с высоты крепостных стен.

После восстания дофин Карл был провозглашен регентом. Печать муниципалитета изменили: над кораблем поместили геральдическую лилию короны и добавили девиз: «Плывет и не тонет». Парижане собрали сумму, необходимую для выкупа короля Иоанна, и активно занялись строительством защитных сооружений города.

После прихода к власти в 1380 году одиннадцатилетнего короля Карла VI начался долгий период смуты. Прошли «налоговые бунты», которые были связаны с отказом парижан платить налоги. В городе было введено полувоенное положение, за участие в бунтах казнили около ста знатных граждан. В январе 1383 года всех городских чиновников изгнали и отменили льготы торговых гильдий. Назначение на пост старшины купеческой гильдии взяло на себя правительство. Теперь эта должность называлась «префект Парижа».

Политическая борьба, в которую постепенно был втянут город, не шла на пользу Парижу. У ворот города трижды стояли военизированные банды, четырежды армии политических фракций и дважды англичане.

Одержав победу при Азенкуре, Англия навязала мирный договор в Труа, по которому ей уступалась корона Франции и большая часть королевства. В Париже был коронован юный Генрих V. Его дядя, герцог Бедфорд правил столицей почти двадцать лет. Судьба Парижа была тяжелой и мрачной. Благодаря Жанне д’Арк Карл VII смог короноваться в Реймсе. Однако только в 1436 году он вновь завоевал Париж и собственное королевство. С 1436 года Париж стал французским, и между короной и городом сложились новые отношения.

Из длительного кризиса королевство вышло окрепшим и пережившим возрождение. Пережил возрождение и Париж. В день 15 марта 1528 года король Франциск I, который правил в 1515–1547 годах, провозгласил перед городским советом Парижа: «С сего дня нашим желанием является жить в добром городе Париже и его округе и принадлежать им более чем любой другой части страны. Признавая Замок Лувр нашим самым удобным и приемлемым местом проживания, мы приказываем этот замок отремонтировать и привести в порядок». В качестве официальной церемониальной резиденции Лувр окончательно утвердили Генрих IV, Людовик XIII и Людовик XIV.

Франциск I, поклонник итальянской культуры, пригласил к себе на службу Леонардо да Винчи и известного мастера-ювелира Бенвенуто Челлини. В городе возродился интерес к собственной истории, стал популярен миф об основании Парижа троянцами. Некоторые авторы считали, что Париж существовал до Вселенского потопа и был основан Иафетом, сыном Ноя.

В городе началось строительство. На месте прежнего моста Нотр-Дам, рухнувшего во время наводнения 1499 года, был построен с 1504 по 1512 год Новый мост из камня. Как и на других парижских мостах, на этом тоже поставили жилые дома, сделав их в едином стиле: в каждом были лавка и пассаж с жилыми помещениями наверху.

Строительные проекты начала XVI века затронули не только стены, мосты и ворот Парижа. Набережные левого и правого берега Сены были выровнены по отношению друг к другу и подняты выше, а с 1520-х годов их начали мостить. Имеющиеся публичные фонтаны отремонтировали и стали строить новые. Особенно красивым был «Фонтан Невинных», построенный близ кладбища Невинно Убиенных. Он был украшен рельефами нимф, созданными Жаном Гужоном.

Успешно выполнялись планы по выравниванию домов на городских улицах, улучшению движения в самых оживленных местах. Городские эдикты 1554 и 1560 годов запретили делать выступающие карнизы и нависающие крыши зданий, чтобы увеличить приток дневного света на улицы. Был издан приказ о том, что владельцы домов обязаны ставить на окна ночью свечи. В 1506 году был установлен так называемый «налог на грязь», собранные деньги шли на впервые организованную в Париже уборку улиц и вывоз мусора.