23 марта 1899 года вторая смена организационного комитета обратилась ко всем студентам с воззванием:

«Товарищи! Снова поредели наши ряды, снова понесли мы большие потери: мы лишились первого организационного комитета, арестованного почти в полном составе в ночь на 21 марта. Но суровые репрессии не могут успокоить студенчество, вставшее на борьбу с произволом и насилием. Каждая новая жертва только лишний раз подтверждает, что борющееся студенчество еще далеко от победы, что ему много дела впереди, что полицейскому произволу нет границ, а пока существует такой произвол, пока товарищей без суда и следствия исключают и высылают, студенчество не может сложить оружие.

Если мы снова поднялись, оскорбленные насилием над провинциальными товарищами, то теперь, когда наши лучшие, наиболее энергичные и самоотверженные товарищи, вся вина которых в том, что они, уверенные в нашей поддержке, смелее нас рисковали собой, вынося наше движение на своих плечах, когда эти товарищи арестованы, неужели у кого-нибудь из нас может явиться мысль о позорном отступлении? Неужели найдется студент, готовый прекратить участие в движении и ценою гибели лучших товарищей купить собственное мелкое благополучие?

Вторая смена организационного комитета верит, что теперь, в критический момент борьбы, — в момент, когда все мелкие эгоистические чувства должны сами собой уступить место чувству долга и товарищеской солидарности, — студенчество сплотится еще более, еще дружнее и единодушнее будет добиваться намеченной цели, видя залог успешного достижения ее в возвращении всех без исключения товарищей.

Последние слова, переданные нам арестованными товарищами, касались движения: «Мы верим, — успели сказать они, — что наши товарищи будут продолжать дело движения с прежней энергией». Мы должны помнить эти слова и оправдать надежды, возлагаемые на нас».

Несмотря на принятые решения распространить забастовку студенчества и на экзамены, часть студентов решила все же их сдавать. Наиболее стойкие студенты — а их было большинство — решили 31 марта убеждать слабовольных товарищей не сдавать экзамены и не допускать их в университет. У здания университета собралось около 500 студентов и примерно столько же полицейских. Прибывший полицмейстер предложил студентам разойтись. Собравшиеся студенты отказались это выполнить, после чего полиция их всех задержала и отвела в помещение университетского манежа, где поместили их в холодном и сыром сарае, продержав без пищи и питья с 10 часов утра до 3 часов ночи. Потом всех задержанных развезли по различным полицейским участкам и тюрьмам столицы. У полиции не хватило помещений для такого количества арестованных студентов. Около 150 человек были помещены в казармах городовых Александро-Невской части, причем всех задержанных втолкнули в одну низенькую комнату, где они, тесно сбитые, разместились друг подле друга на грязном полу и столь же грязных тюфяках, без подушек и одеял. На следующее утро несколько человек заболели от недостатка воздуха и пищи, а некоторые из арестованных лишились чувств, и блюстители порядка вынуждены их были отправить в участковую больницу. Арестованные не падали духом. Они находили пути для сообщений на волю, выражая уверенность, что все товарищи, находящиеся на свободе, не сложат оружия и будут продолжать борьбу, «пока под поднятыми нами знаменами будет стоять хоть один человек».

Арестованных студентов в полицейских участках и тюрьмах продержали три дня, а затем предложили немедленно покинуть столицу. Этому распоряжению последовали не все арестованные, и тогда их перевели в пересыльную тюрьму для отправки этапным порядком в различные места для принудительного поселения. С. В. Лебедев, следуя своим демократическим убеждениям, оказался среди активных участников студенческого движения 1899 года. Он был исключен из университета, и хотя студенчеству удалось добиться возвращения в университеты большинства участников студенческих волнений, С. В. Лебедеву в обратном приеме было решительно отказано.

Товарищ С. В. Лебедева по лаборатории А. Е. Фаворского Адольф Сивицкий сообщал в письме своему учителю:

«Считаю необходимым известить Вас, что случилось со мной. 31 марта я был арестован в числе 500 других товарищей, собравшихся перед университетом. Нас продержали до поздней ночи в манеже, а затем развезли по различным полицейским участкам, а 1 апреля объявили нам, что мы все должны выехать из Петербурга на места постоянного жительства, или будем высланы этапным порядком. Большинство у нас решило не сдаваться и ехать «по этапу»… Из работавших у Вас такой же участи подверглись Попов, Жолонтковский, Лебедев, Шапошников».

Будучи выслан из Петербурга, Сергей Васильевич отправился в село Рядки, в низовье реки Сясь. Там жил брат его матери, инженер водных путей Владимир Клементьевич Чехович, работавший на обводном канале Ладожского озера. Здесь в кругу родных он прожил до осени.

Молодость брала свое. Пошатнувшееся было здоровье восстановилось. Лишенный возможности заниматься своим любимым делом — экспериментальной работой в области химии, — Сергей Лебедев посвящал вынужденный досуг спорту, который очень любил.

Однажды он вышел под парусом в Ладожское озеро. Тихое и безобидное в ясную погоду, Ладожское озеро коварно и опасно в ненастье. Недаром Петр Великий, чтобы обезопасить прохождение этим водным путем караванов судов, распорядился построить обводной канал. Когда Сергей отошел довольно далеко от берега озера, внезапно налетел шквал, и ветер все дальше и дальше относил его лодку в глубь озера. По счастью, на берегу было замечено его бедственное положение. Помощь подоспела вовремя…

На суше Сергей не слезал с седла. Он словно чувствовал, что скоро закончится нежданное приволье и любимый спорт будет навсегда вытеснен из его жизни научными занятиями и деловыми заботами.

Несмотря на то, что после окончания студенческих волнений вопрос о восстановлении С. В. Лебедева и его товарищей в конце концов был решен положительно, в 1899 году ему закончить университет не удалось — кончилась отсрочка от призыва на военную службу. В сентябре 1899 года по очередному призыву С. В. Лебедев был направлен рядовым на правах вольноопределяющегося в Финляндский полк, где и проходил военную службу до сентября 1900 года. Только после этого ему был присвоен первый офицерский чин прапорщика. Хотя положение вольноопределяющегося и предусматривало право жить на свои средства вне казарм, а Лебедеву это было необходимо для окончания университета, но командование полка придирчиво относилось к нему и к остальным его товарищам по университету, проходившим военную службу в том же полку, опасаясь «крамолы».

Финляндский полк был расквартирован в Петербурге, на Васильевском острове, а летом выезжал в Старый Петергоф.

Выбрав путь безупречного выполнения воинских обязанностей, Сергей Васильевич получил от своего непосредственного начальника неофициальное разрешение отлучаться в свободное время из полка для подготовки и сдачи государственных экзаменов и окончания дипломной работы. Нелегко ему далась военная служба! Приходилось напряженно работать и в самом полку. Усталый от дневных занятий военной подготовкой, он по ночам готовился к окончанию университета. Только исключительная работоспособность, свойственная Сергею Васильевичу, его целеустремленность и сила воли помогли ему достичь заветной цели. В 1900 году он блестяще защитил диплом и окончил университет с отличием.

В 1900 году в журнале Русского физико-химического общества была опубликована его первая статья, явившаяся результатом исследований, проведенных им при выполнении дипломной работы, и предварительное сообщение, еще в 1899 году доложенное от его имени А. Е. Фаворским на заседании Русского физико-химического общества.

В России появился новый молодой ученый.

От мыловаренного завода до рельсовой стали. Золотая медаль. Путешествие по Италии. Ново-Александрия: встреча с А. Е. Арбузовым. На крутом переломе судьбы. Анна Петровна Остроумова-Лебедева. «Работа, работа, работа…». Что такое полимеры? Неудача за неудачей. Родной дом «химической дружины». Новые поиски.