Посад вышел из повиновения, и власти ничего не могли поделать с ним. Бояре Шуйский и Мстиславский, отозванные из армии, поначалу старались держаться в тени и не обнаруживали никакого желания прийти на помощь Федору Годунову. Лишь после того как волнения в народе приобрели угрожающий характер, они забили тревогу. Князь Василий Шуйский вышел к народу и поклялся, что он своими руками уложил в гроб тело князя Дмитрия и предал его земле в Угличе. Не в пример Годуновым Шуйский не преминул упомянуть о расстриге Гришке, наученном самим дьяволом и ниспосланном стране в наказание за грехи.

Обращение Шуйского произвело впечатление. Волнения в столице на время утихли. Однако мятеж на южной окраине государства разрастался.

Русское общество было давно подточено изнутри глубоким социальным конфликтом. Испокон веку русский крестьянин мог покинуть землевладельца в Юрьев день и по первому санному пути уехать прочь, на поиски лучшей доли. Юрьев день был для обездоленных светом в окошке. Пока нормы Юрьева дня сохраняли силу, крестьянин не числился крепостным феодала, даже будучи зависимым от него. На пороге Смуты в отношениях между главными классами феодального общества произошли драматические перемены. Дворяне упразднили Юрьев день и обрекли народ на неволю.

Крестьяне, холопы, посадские люди толпами бежали на южные окраины и пополняли там вольные казачьи станицы. Выступив на стороне самозванца с оружием в руках, они рассчитывали вернуться на Русь вольными людьми. В движение пришла вся масса казаков. Их отряды продвигались на север по всем дорогам и шляхам. Недавно выстроенные крепости, разбросанные по степному пространству на большом удалении друг от друга, не могли противостоять их напору. Служилые казаки из состава гарнизонов не выражали желания биться с восставшими и первыми переходили на их сторону.

Некогда Борис Годунов предпринял попытку посадить своих воевод в столице донских казаков городке Раздоры. Когда это ему не удалось, он приказал построить крепость Царев-Борисов. Правительство направило в новый город отборные стрелецкие части из Москвы. Но служба на дальней степной окраине тяготила стрельцов, надолго оторванных от семей и промыслов в столице. С появлением «истинного» Дмитрия у стрельцов возникла надежда на скорое возвращение домой в Москву.

Восстание казаков и стрельцов в Цареве-Борисове привело к крушению всей системы обороны южной границы. Власть самозванца признали Оскол, Валуйки, Воронеж, Белгород, позже Елец и Ливны. Впоследствии правительство прямо заявляло, что «в северских городах стрельцы смуту учинили». Пятьсот стрельцов в кумачовых кафтанах отправились из Царева-Борисова в Путивль и встречены были с подобающими почестями. Своих воевод восставшие приводили к «царьку» связанными.

Войско самозванца напоминало многоголовую гидру. На месте отрубленных голов у нее тотчас вырастали новые. Прошло четыре месяца с тех пор, как воеводы полностью уничтожили его рать. Теперь в Путивле стояла новая армия, насчитывающая до десяти тысяч человек.

Тем временем правительственная армия под стенами Кром таяла. Разбитый в болотистой местности лагерь был залит вешними водами. Вслед за тем в полках открылась эпидемия мыта – так называли тогда дизентерию. Дисциплина в годуновской армии держалась, пока дворянское ополчение громило казаков и комарицких мужиков. Неудачи и бездеятельность деморализовали войско. Едва в лагере узнали о смерти Бориса, множество столичных дворян не мешкая уехали прочь под предлогом царского погребения.

После смерти Бориса, писали дьяки Разрядного приказа, под Кромами осталось «немного бояр и с ними только ратные люди северских городов, стрельцы, казаки и чорные люди». Дьяки не избежали преувеличения. В лагере оставалось немало дворян из Рязани, Тулы, Каширы, Алексина и даже из далекого Новгорода. Но поредевшие дворянские отряды со всех сторон окружала многочисленная мужицкая посоха, обслуживавшая артиллерию. В условиях углублявшегося брожения перемены в составе армии неизбежно готовили почву для ее разложения.

При военном лагере возникло торжище. Каждый день окрестные и дальние крестьяне и торговые люди везли на продажу продукты питания и разные товары. Вместе с ними на торг беспрепятственно проникали лазутчики из Путивля с воровскими прокламациями. Чем больше ратники в сермягах заполоняли лагерь, тем успешнее шла агитация в пользу новоявленного Дмитрия. Брожение затронуло мелкий служилый люд из северских городов. Недовольные поддерживали тайные сношения и с Карелой в Кромах, и с Путивлем. Появилось множество перебежчиков. Количество их увеличилось после смерти Бориса. Молодой арзамасец сын боярский Бахметев первым прискакал из полков в Путивль и сообщил Отрепьеву о кончине царя в Москве.

Московские власти спешили. Четыре дня спустя после кончины Годунова под Кромы прибыли новгородский митрополит Исидор, новый главнокомандующий князь Михаил Катырев и Петр Басманов. Они без особых затруднений привели полки к присяге на верность наследнику престола царевичу Федору. Но сама по себе присяга оставалась не более чем формальным актом. Горячие головы торопились нанести удар Годуновым до того, как коронация упрочит положение нареченного царя.

Земские дворяне не забыли того, что Годуновы получили трон благодаря их поддержке. Семилетнее правление Бориса не оправдало надежд многих из них. Едва взойдя на царство, Годунов выступил поборником местнических порядков, что прочно закрывало путь к воеводским постам и государственным должностям для худородных служилых людей. Новый царь на два года восстановил Юрьев день, что грозило нанести смертельный удар благополучию мелкопоместных дворян. Особое негодование вызывало то, что действие годуновского указа распространялось лишь на провинциальные поместные земли, тогда как знать и столичное дворянство не понесли никакого ущерба.

Служилые люди едва начали приходить в себя после жестокого трехлетнего голода. А между тем затянувшаяся военная кампания грозила свести на нет все их усилия. В отсутствие землевладельцев дела в поместьях шли вкривь и вкось. Помещики просили об отпуске. Но воеводы отказывали им, ссылаясь на царский наказ.

В такой обстановке недовольные составили заговор. Душою заговора стал рязанский дворянин Прокофий Ляпунов, впоследствии один из героев освободительной борьбы русского народа.

Ляпуновы происходили из провинциальных дворян, пользовавшихся некоторой известностью за пределами Рязанской земли. Их имя не раз упоминалось в московской летописи. Тотчас после смерти Грозного они присоединились к выступлению столичных посадских людей против Богдана Бельского, пытавшегося возродить в стране опричные порядки. Московское восстание привело к отставке Бельского. Когда на вольных казачьих окраинах появились первые признаки брожения, Борис Годунов воспретил посылать туда продовольствие и прочие товары. Ляпуновы ослушались наказа, за что и поплатились.

Подобно Дмитрию Пожарскому, дворянин Прокофий Ляпунов получил первое боевое крещение в период войны с самозванцем. Ко времени осады Кром он успел приобрести репутацию храброго воина и завоевал популярность среди дворян. Именно это позволило ему выступить от имени всех, кто был недоволен властью Годунова. Прокофий Ляпунов и его братья, находившиеся вместе с ним под Кромами, стали главными инициаторами антиправительственного заговора. Поначалу число дворян, подготовлявших вместе с Прокофием переворот, было невелико. Тем не менее заговор таил в себе огромную опасность для царствующего дома. В лагере под Кромами собралось множество казаков и стрельцов, а также отбывавших повинность «посошных» крестьян. Война надоела им еще больше, чем дворянам. Многие из них связывали надежды на перемены к лучшему с именем доброго Дмитрия.

Братья Ляпуновы уклонились от общей присяги. Выждав несколько дней, они собрали в укромном месте единомышленников и «втайне вору крест целовали».

Незадолго до кончины Борис Годунов решил отозвать из полков Мстиславского и Шуйского. Он был недоволен их нерешительными и безуспешными действиями. Все свои надежды Годуновы возлагали на героя новгород-северской обороны Петра Басманова. Царь одарил его без меры и, по слухам, обещал ему руку царевны Ксении. Молодой воевода поклялся, что доставит самозванца в Москву живым или мертвым или погибнет на поле брани сам. Формально Басманов получил пост помощника нового главнокомандующего боярина князя Михаила Катырева-Ростовского. Фактически же Годуновы передали армию ему.