Федор Никитич обладал слишком нетерпеливым характером. Он с головой окунулся в интриги, едва попав в патриархи. Когда власти стали доискиваться, откуда взялись подметные письма, следы привели на двор к Романовым. Оказалось, что злоумышленники приносили листы не кому иному, как Филарету Романову.
За вторичное воскрешение тени Дмитрия взялись люди, принадлежавшие к ближайшему окружению убитого. Тут были и его слуга Хвали-бога, не признавший в убитом государя, и секретарь Станислав Бучинский, рассказывавший сказки о двойнике царя, и повар Мнишков, и некоторые другие лица польского происхождения. Но почти все они находились под стражей и ничего не могли бы сделать, если бы не покровительство влиятельных русских вельмож.
Власти пытались в корне пресечь зловредные слухи о чудесном спасении «истинного Дмитрия». Для этого они затеяли новое представление с трупом Отрепьева. Тело извлекли из могилы и на глазах у горожан провезли в открытой повозке через всю столицу. Последним земным пристанищем Гришки стала деревня Котлы. Туда самозванец велел перевезти Гуляй-город, готовясь к последним потехам. Москвичи называли расписной Гуляй-город чудищем ада. Деревянные стены крепостицы были сломаны. Из обломков сложили костер и на нем сожгли тело Отрепьева. Пепел от костра развеяли по ветру.
В день «казни» тела самозванца пришла весть о том, что в Угличе патриарх и бояре открыли мощи истинного Дмитрия. С согласия Марфы Нагой власти постановили перевезти его прах в Архангельский собор.
Василий Шуйский был озабочен тем, чтобы изобразить действия заговорщиков как вынужденный акт. Секретаря Яна Бучинского угрозами вынудили дать ложные показания, будто Лжедмитрий собирался с помощью наемников перебить всех бояр, но опоздал с осуществлением плана всего на один день. «Речи» Бучинского тотчас были доведены до общего сведения, как и секретные договоры Отрепьева с Мнишек, его переписка с Ватиканом и другие документы, захваченные в тайнике в царских покоях.
При огромном стечении народа дьяки зачитали обвинительные статьи против самозванца с объяснением причин его убийства. Поборники запоздалого правосудия утверждали, будто перед смертью убитый признался, что он беглый чернец Гришка Отрепьев, а Нагие тогда же подтвердили это. Отрепьева обвиняли в том, что он был чернокнижник и еретик, думал разорить православную веру, опустошил казну, предавался разврату, занимал деньги у святых монастырей, покровительствовал самозваному царевичу Петру.
Официальные заявления не достигли цели. Вера в доброго царя оказалась столь же живучей, как и ненависть к лихим боярам. Опасаясь происков бояр и народных волнений, Василий Шуйский решил короноваться, не медля ни дня. Предшественники царя Василия надевали шапку Мономаха месяц спустя после наречения. Даже самозванец не осмелился нарушить традицию. Шуйский ждал менее двух недель. Корону на его голову мог возложить только патриарх. Но царь Василий имел случай убедиться в том, что Филарет тайно интригует против него вместе с прочими его врагами. Он не стал дожидаться возвращения Романова из Углича и венчался на царство 1 июня. Вместо патриарха в соборе священнодействовал новгородский митрополит Исидор. Вновь по всей столице звонили в колокола, но торжества прошли без веселья и блеска.
Дворяне, успевшие в немалом числе съехаться в Москву, были жестоко разочарованы. И Борис, и Лжедмитрий пожаловали их двойным годовым окладом при вступлении на трон. Шуйский не нашел денег в казне. Получив многочисленные дары от бояр и епископов по случаю воцарения, он не смог отдариться как следует.
Предполагалось, что торжества по случаю обретения мощей царевича Дмитрия послужат прологом к коронации. Из-за спешки эти замыслы остались неисполненными. Патриарх привез тело из Углича с опозданием в два дня. Царь и бояре отправились пешком в поле, чтобы встретить мощи за городом. Их сопровождали попы и большая толпа горожан. Марфе Нагой довелось в последний раз увидать сына, вернее – то, что осталось от него. Потрясенная страшным видением, Нагая не смогла произнести слов, которых от нее ждали. Чтобы спасти положение, царь Василий сам возгласил, что привезенный труп и есть мощи Дмитрия. Ни молчание царицы, ни речь Шуйского не тронули толпу. Все живо помнили встречу Марфы с «живым сыном». И Шуйский, и Нагая слишком много лгали и лицедействовали, чтобы можно было поверить им снова.
Едва Шуйский произнес нужные слова, носилки поспешно закрыли. Процессия, после некоторой заминки, развернулась и проследовала по городским улицам в Кремль до врат Архангельского собора. В собор были допущены только главнейшие бояре да епископы.
Обретение мощей царевича Дмитрия не привело к желаемым результатам, в народе по-прежнему царило беспокойство. Передавали, будто недовольные намеревались забросать Василия Шуйского камнями на улицах города. Ночью неизвестные люди пометили крестами дворы изменных бояр и поляков. Прошел слух, будто сам государь велел предать меченые дома разграблению. Слух был ложным. Василий Шуйский поспешил удвоить стражу подле двора польских послов «для безопасности от народа». Меры предосторожности оказались нелишними. Подле «крещеных» дворов народ толпился и шумел, подобно пчелиному рою. Рассеять его удалось лишь с большим трудом.
Волнения достигли апогея 15 июня в воскресенье. Многотысячная толпа с оружием и дрекольем собралась у Лобного места против кремлевских ворот и потребовала царя для объяснений. Шуйский шел к обедне, когда ему сообщили об опасности. Со всех сторон ко дворцу бежали люди, непонятным образом просочившиеся в Кремль. Окруженный со всех сторон, царь Василий не мог сдержать слез, бросил царский посох и объявил боярам, что отказывается от власти, если он им неугоден. «Если так, – воскликнул он, – выбирайте, кого хотите!» Теснившиеся подле придворные выразили царю свою преданность и просили наказать виновных. Шуйский не дал себя долго упрашивать и с видимой поспешностью принял жезл, который подали ему услужливые руки.
Начальник дворцовой стражи Маржерет, находившийся весь день подле государя, пережил много неприятных минут. Если бы Шуйский вышел на площадь, писал позже Маржерет, ему не миновать бы участи Лжедмитрия. Бояре несколько раз выходили к толпе и Христом Богом заклинали посадских разойтись. Время шло, и толпа стала редеть. К ночи на Красной площади никого не осталось. Стража приметила тех, кто шумел больше всех. Их вскоре же схватили, заманив в западню. Несколько дней спустя вожаков мятежного посада били кнутом и сослали в ссылку.
Царь Василий использовал случай, чтобы отделаться от оппозиции в Боярской думе.
Под предлогом борьбы с крамолой он удалил из Москвы многих лиц, выступавших против его избрания. Нареченный патриарх Филарет Романов был согнан с патриаршего двора. Многие недавние любимцы Лжедмитрия лишились титулов и отбыли в изгнание – в пограничные крепости и башкирские степи.
Низшее духовенство, близкое по своему положению к посадским людям, оказалось вовлеченным в массовые движения. «Взбесились тогда многие священники и иноки, – повествует один церковный автор, – и чин священства с себя свергли и много крови христианской пролили». Покончить с разбродом в собственных рядах мог лишь пастырь, обладавший твердым характером и решительностью. По этой причине царь и бояре, отделавшись от Филарета, поставили в патриархи казанского митрополита Гермогена. Нового святителя многие считали даже излишне крутым в «словесах» и деяниях. Гермоген, не щадя живота, боролся с крамолой «священного чина». Он наказывал «бешеных» проклятиями и запрещениями, но проклятия не слишком помогали. В стране неумолимо поднималась волна новых восстаний.
Члены Боярской думы не желали расставаться с землями, полученными от самозванца. Они постановили признать законными все его пожалования. Решение не распространялось на опальных и на мелкую сошку. «Приятель» самозванца Михаил Молчанов был обвинен в «воровстве» и чернокнижии. Его подняли на дыбу и отделали кнутом так, что он едва дышал. Но у Молчанова были во дворце свои люди. Они выкрали несколько лучших скакунов с царской конюшни и помогли ему бежать. В пути к нему присоединился князь Григорий Шаховской, сосланный на воеводство в Путивль. Сначала Молчанов трусил, ожидая погони. Но затем осмелел и, покидая постоялый двор, дал понять хозяевам, что он сопровождает некую высокую особу. Добравшись до границы, Молчанов во всеуслышание заявил, будто помог спастись царю Дмитрию. Не желая вторично отведать дыбы, беглец ушел в Литву. Григорий Шаховской, оставшись в Путивле, скоро убедился в том, что население Северского края возбуждено до крайних пределов и готово восстать против боярского царя. Шаховскому не терпелось посчитаться с Василием Шуйским, и он объявил путивлянам, что истинный Дмитрий жив, а Шуйский готовит расправу с ними за их преданность законному царю. В Путивле все было готово для нового восстания. Тщетно Василий Шуйский обещал путивлянам «держать их в своем царском жалованье свыше прежнего». Тщетно приглашал их прислать в Москву трех-четырех лучших людей с челобитьем о их нуждах. Путивльские казаки и служилые люди вторую весну не пахали государеву десятинную пашню, а горожане и мужики из дворцовой Комарицкой волости пользовались податными льготами, полученными от Лжедмитрия. От нового царя никто не ждал добра.