После смерти Геронтия в Москве был созван священный собор. Государь навязал собору кандидатуру симоновского архимандрита Зосимы Брадатого. Он рассчитывал упрочить свою власть, посадив на митрополию послушного иерарха. Но его надежды не оправдались. Очень скоро владыка подвергся самым резким нападкам за терпимое отношение к еретикам-вольнодумцам. Санин, не стесняясь, чернил главу церкви. Ныне, писал он, на московском святом престоле сидит «злобесный волк», «первый отступник в светителях в нашей земли», «иже сына Божия попра и пречистую Богородицю похули…». Обличения Зосимы неизбежно бросали тень на его покровителя Ивана III. Обвинение в пособничестве еретикам грозило государю изрядными неприятностями. Инок Савва в «Послании на жидов и еретиков» писал: «Аще бо царь или князь… не поклоняется Богу нашему Спасу Господу Иисусу Христу, …той воистину раб есть и проклят!»

Несмотря на покровительство государя, Зосима недолго сидел на митрополичьем престоле. Духовенство не желало подчиняться еретику, и великому князю пришлось пожертвовать своим ставленником. В 1494 г. Зосима сложил сан «не по своей воле». Предлогом для низложения послужило излишнее пристрастие владыки к вину. Отставка Зосимы была воспринята как признак слабости власти.

В то время как Русь шаг за шагом преодолевала раздробленность, Орда переживала распад и хаос. На ее территории возникли Ногайская, Крымская, Казанская, Астраханская и Сибирская Орды. Древний трон находился в руках Ахмат-хана из Большой Орды. Его владения простирались от Волги до Днепра. Лишь после кровавой борьбы со своей знатью Ахмату удалось возродить сильную ханскую власть. На короткое время Большая Орда подчинила себе Крым. В 1472 г. хан сжег Алексин. Москва перестала платить дань татарам, и в 1480 г. Ахмат стал готовить новое наступление, чтобы сокрушить Русь. Обстановка, казалось бы, благоприятствовала осуществлению его планов. Против России ополчились все ее соседи. Король Казимир грозил нанести удар с запада. Войска Ливонского ордена напали на Псков. В довершение бед в стране началась смута. Удельные князья Андрей Большой и Борис подняли мятеж против брата Ивана III и через Новгород ушли к литовской границе. Король Казимир обещал им покровительство, и мятежники отослали свои семьи в королевский замок Витебск.

Летом 1480 г. Ахмат-хан придвинулся к русским границам. При нем была «вся Орда, и братанич его царь Касым, да шесть сынов царевых». Для отражения неприятеля Иван III послал наследника Ивана Ивановича с полками в Серпухов, а сам занял переправы через Оку в районе Коломны.

Давно минуло время, когда Орда могла выставить в поле до ста тысяч всадников. Ахмат-хан едва ли мог собрать более 30–40 тысяч воинов. Примерно такими же силами располагал Иван III. На помощь к нему прибыли войска тверского великого князя. В войне с татарами не участвовал Псков, подвергшийся нападению рыцарей. Мятеж удельных князей создал угрозу для московских городов. С весны города готовились к защите: «…вси людие быша в страсе велице от братии его (Ивана III), все грады быша во осадех». Пока не минула смута, великий князь мог лишь частично использовать городские ополчения для обороны южных границ.

Более двух месяцев Иван III ждал татар на Оке. Все это время Ахмат-хан провел в полном бездействии вблизи московских границ. Наконец татары, обойдя памятное для них поле Куликово, вступили в пределы Литвы.

Опасность угрожала Москве с трех сторон. От Мценска к Калуге двигался Ахмат-хан с татарами. Удельные князья могли в любой момент подойти из Великих Лук. Королю Казимиру принадлежала Вязьма, и его войска могли достичь Москвы за несколько дней. Между тем Москва была плохо подготовлена к длительной осаде. Белокаменные стены Кремля за сто лет обветшали и требовали починки. Иван III делал все, чтобы остановить неприятеля на дальних подступах к городу. Он не слишком надеялся на прочность столичных укреплений и потому отослал жену Софью с малолетними детьми и всей великокняжеской казной на Белоозеро. 30 сентября Иван III вернулся из Коломны в Москву для совета с боярами, а сыну велел перейти из Серпухова в Калугу. Распоряжение было вызвано тем, что Орда переправилась через Оку к югу от Калуги и устремилась к реке Угре, по которой проходила русско-литовская граница. 3 октября Иван III выехал в армию. В пути он узнал об ожесточенных столкновениях на Уфе. Вместо того чтобы поспешить к месту сражения, государь разбил лагерь на Кременце в тылу русской армии.

Бои на Угре продолжались четыре дня. Броды на реке были неширокими, что помешало хану ввести в дело большие массы конницы. Противники осыпали друг друга стрелами. Русские палили также из пушек и пищалей.

Русские полки возглавлял наследник Иван Молодой. Фактически же военными действиями руководили опытные воеводы князья Холмский, Оболенский, Ряполовский. Столкновения на Угре могли привести к кровопролитному сражению. Но Иван III и его воеводы не искали такого сражения. В ставку к Ахмат-хану выехал сын боярский Иван Товарков-Пушкин. Хан отказался принять от гонца дары — «тешь великую» и потребовал, чтобы Иван III сам явился к нему с повинной и был «у царева стремени».

Дипломатический демарш был не более чем уловкой со стороны Ивана III. Ему нужно было перемирие с татарами, хотя бы временное, и он достиг своей цели. Хан не принял его дары, но согласился вести переговоры, для чего отпустил в Кременец своего гонца. Гонец вернулся ни с чем. Иван III отклонил требования Ахмат-хана, равнозначные возрождению власти Орды над Русью. Тогда хан отправил в Кременец новое предложение. Пусть великий князь пришлет ему для переговоров своего советника Никифора Басенкова, не раз ездившего в Орду. Но даже и на это предложение Иван III не мог согласиться.

Обмен гонцами привел к прекращению боевых действий на Угре. Едва начались переговоры, Ахмат-хан отошел от переправ и остановился в двух верстах от берега. Иван III мог торжествовать. Его затея увенчалась успехом. Хан стоял на Угре «десять ден», из них шесть он потратил на заведомо бесплодные и никчемные переговоры.

Русские полки обороняли Угру, пока в том была необходимость. С Дмитриева дня (с 26 октября) зима вступила в свои права, «и реки все стали, и мразы великыи, яко же не мощи зрети». Угра покрылась ледяным панцирем. Теперь татары могли перейти реку в любом месте и прорвать боевые порядки русской армии, растянувшиеся на десятки верст. В таких условиях воеводы отступили с Уфы к Кременцу. Теперь вся русская армия была собрана в одни кулак.

С наступлением морозов и началом ледостава в Кременце стало известно о приближении удельных полков. Братья имели при себе сильные полки, тогда как великий князь стоял в Кременце «с малыми людьми». Ивану III нельзя было медлить, и он вызвал с Угры сына Ивана с верными полками. Возникла возможность завершить переговоры о прекращении внутренней войны в стране. Иван III уступил домогательствам братьев и объявил о передаче им нескольких крепостей с уездами. Смута, подтачивающая силы России изнутри в течение девяти месяцев, завершилась без кровопролития.

Хан боялся затевать сражение с русскими, не имея помощи от короля. Но уже в октябре стало ясно, что Казимир не намерен выполнять своих союзнических обязательств. Жестокость и вероломство Ахмат-хана, разграбившего литовскую «украину», означали полное крушение их союза. Орда была утомлена длительной войной. Наступление морозов заставило ордынцев спешить с возвращением в свои зимние кочевья. «Бяху бо татары, — поясняет летописец, — нагы и босы, ободралися». В начале ноября Ахмат-хан отдал приказ об отступлении. Его сын, двигаясь на восток, разорил несколько русских волостей под Алексином. Встревоженный Иван III немедленно направил в Алексин своих воевод. Уклонившись от встречи с ними, татарский царевич бежал в степи.

Из Кременца Иван III со всей армией перешел в Боровск. Некоторые историки считают, что Иван III совершил искусный военный маневр, надежно прикрыв подступы к Москве. Однако к моменту перехода Ивана III в Боровск отпала надобность в каких бы то ни было маневрах. Король Казимир так и не собрался на войну, а Орда исчезла в степях. Ахмат-хан после отступления распустил свои войска на зимовку, за что и поплатился головой. Его соперники, ногайские князья, воспользовались оплошностью, исподтишка напали на ханскую «вежу» и убили Ахмат-хана.