Сталь для корпуса поставлял Путиловский завод. Все броневые плиты и палубную броню изготовлял Ижорский завод. Оказалось, однако, необходимым, несмотря на огромный опыт бронирования броненосцев изменить конструкцию узла крепления борта (по отсеку бортового коридора) между батарейной и нижней палубами. Бимсы (расстояние между ними 1,22 м) были усилены.

Главные механизмы проектировал и изготовлял Франко-русский завод, имевший опыт подобного заказа для броненосцев "Император Николай I" (1889) и "Бородино" (1901). Но если заказ для "Бородино" заводу поручали при условии полного копирования по французским чертежам броненосца "Цесаревич", то теперь завод проектировал машины самостоятельно. Чертежи их общего расположения были одобрены 30 апреля 1904 г., а контракт подписан 3 августа 1904 г. Невероятно, но факт: строя два совершенно однотипных корабля, машины для них заказали разные. По спецификации Франко-русского завода, диаметры цилиндров главных машин "Андрея Первозванного" составляли 1070, 1615 (два цилиндра среднего давления) и 1940 мм, ход поршня 1030 мм.

Задачей однотипности машин никто в МТК не задавался, и в результате соответствующие цифры размерений машин "Императора Павла I" составили 933, 1524 (цифра 1424 мм в книге "Балтийский судостроительный" ошибочна), 1792 и 1143 мм. Воистину, как сказал бы великий баснописец, "слона" — то есть необходимости полной однотипности машин — никто и не приметил. Так было удобно и заводам, и МТК — не надо связывать себя согласованием чертежей. Голоса же флота — уже разгромленного — и вовсе не прозвучало. Состоялась, и то по инициативе Д.В Скворцова и только для "Андрея Первозванного" унификация электрических водоотливных турбин. Письмом от 2 октября 1904 г. Главному инспектору кораблестроения он предлагал отказаться от прежде существовавшего принципа назначать подачу, или как тогда говорили, "производительность" водоотливных насосов, исходя из требования — в течение 1 часа откачать воду, заполнившую весь объем отсека, где расположен насос. Опыт показал, что задача отливных насосов состоит не в "спасении тонущего судна", а лишь в удаление из отсека фильтрационной воды. Для решения такой задачи мощность насосов можно уменьшить и сделать ее одинаковой. И в МТК вняли предложению Д.В. Скворцова вместо назначенных по спецификации трех типоразмеров (8 по 800 т/час, 2 по 300 т/час, 1 по 500 т/час) водоотливных насосов заменить на 11 с подачей по 500 т/час.

Отказались и от еще большего анахронизма — применения резервных ручных водоотливных помп Стона. Имея пар в котлах, писал Д.В. Скворцов 4 декабря 1904 г., — всегда возможно воспользоваться пожарными помпами Вортингтона для целей скачивания палубы и тушения пожара. Но эти маленькие шаги навстречу прогрессу не изменили существа проекта: основные заказы по нему продолжали осуществлять по довоенной спецификации.

На изготовление башенных установок усовершенствованной конструкции для 305-мм орудий согласно конкурсу, объявленному Морским министерством, свои проекты в апреле 1904 г. представили петербургские заводы Лесснера, Металлический, Путиловский и Николаевский общества судостроительных, механических и литейных заводов. Он проектировал и изготовлял башни для броненосца "Князь Потемкин-Таврический". 7 сентября 1904 г. МТК отдал предпочтение проекту Металлического завода, наиболее полно удовлетворившему требованиям задания и заявившему наименьшую стоимость. С ним 4 июня 1905 г. и подписали контракт. Со сборкой на корабле работы были оценены в 750 тыс. руб., готовность на заводе — 6 октября 1906 г. Металлическому заводу достался и заказ башен 203 мм 50-калиберных орудий для обоих кораблей. Контракты были подписаны 20 и 29 марта 1905 г. Срок готовности 26 апреля и 30 сентября 1907 г. Англичане в это время уже демонстрировали свой готовый к спуску "Дредноут" с планируемой скоростью в 21 узел и орудиями единого калибра — десять 305-мм!

Первым сигналом к начавшейся безостановочной перекройке проектов по опыту войны с Японией стало решение МТК 27 октября 1904 г., отменявшее предполагавшееся размещение на кораблях мин заграждения. Этому решению предшествовали опыты на Черном море, предпринятые после катастрофы с броненосцем "Петропавловск" в Желтом море 31 марта 1904 г. Результаты опытов были доложены генерал-адмиралу, который и приказал "на новых судах мин заграждения не иметь", на остальных — принять меры к безопасному их хранению. Об этом решении "за начальника ГМШ" контр-адмирал А. А. Вирениус (1850–1919) 15 октября 1904 г. и сообщал в МТК. Мины корабли возили в своих погребах для заграждения во время войны той бухты, в которой флот мог расположиться на стоянку. С этой целью, традиционно привычной, но малопонятной в условиях обороны Порт-Артура, мины сохранялись и на кораблях эскадры Тихого океана. С.О. Макаров не успел избавиться от этого анахронизма, и считается, что детонация запаса мин погубила броненосец "Петропавловск" 31 марта 1904 г. Теперь с минами на больших кораблях окончательно расстались, а для их массовой постановки с крейсеров и миноносцев стали применять специальные рельсовые скаты. Приняли и сделанное 21 декабря предложение минного отдела МТК об исключении из вооружения кораблей кормового минного аппарата.

Последующие почти не прекращавшиеся перемены в вооружении и бронировании носили столь же неорганизованный и случайный характер, каким отличалась вся деятельность Морского министерства перед началом и в продолжение войны с Японией. Члены МТК, пользуясь фактическим бесправием перед ними подчиненного им Главного корабельного инженера Санкт-Петербургского порта Д.В. Скворцова, принялись широко экспериментировать над строящимся на казенной верфи кораблем. Согласно военной субординации, Д.В. Скворцов обязан был безропотно выполнять то или иное решение, которое под влиянием случайно поступивших из Порт-Артура и не подвергшихся всестороннему анализу сведений принимал МТК.

Так, несмотря на мнение участников войны о неэффективности в боевых условиях 75 и 47-мм пушек, МТК продолжал сохранять их в вооружении миноносцев, строившихся на добровольные пожертвования, заменив, правда, 47-мм пушки на 57-мм. Половинчатым было и первое решение об изменении вооружения "Андрея Первозванного" и однотипного "Императора Павла I". Отказавшись 26 апреля 1905 г. от применения на них 47-мм (журнал МТК по артиллерии № 10), решили к прежним двадцати 75-мм пушкам добавить еще двенадцать. Для удобства действия артиллерии в средней части корпуса средние башни 203-мм орудий поднимали палубой выше. Средние 75-мм пушки с батарейной палубы передвигались в каземат на верхней палубе, а новые рассредоточивались на спардеке и мостиках. Добавлялась боевая кормовая рубка. Эти новые грузы рассчитывали частично компенсировать за счет более экономного переконструирования всех башенных установок, включая и 305-мм (т. е. обрекая их на новые переделки). Бронирование казематов 75-мм пушек и борта на батарейной палубе должно было осуществляться — ив этом прямо признавались — "за счет перегрузки".

Единственным здравым решением из всего проделанного была ликвидация 47-мм пушек и упразднение боевого марса с пулеметом. Неоправданным было и появление "блуждающей" кормовой боевой рубки. При обсуждении ранее многих проектов кораблей эта рубка в зависимости от вкусов участников заседаний и состояния весовой нагрузки проекта то предусматривалась, то упразднялась. Теперь, признав весомость доводов опыта войны, рубку, закрыв глаза на перегрузку, признали для корабля необходимой.

Активизация проектной перекройки корабля, стала, несмотря на скромное продвижение работ на стапеле, побудительным мотивом для проведения церемонии официальной закладки корабля. При множестве совершившихся в русском флоте закладок кораблей, чему материальным свидетельством служит сохранившаяся в Центральном военно-морском музее в Санкт-Петербурге обширная коллекция закладных досок, в истории не обнаруживается каких-либо объяснений и руководящих указаний о стадии готовности, позволявшей провести закладку, и о ритуале этого торжественного, но условного акта. Единицами исчисляется и описание того, где и как крепилась на корабле закладная доска. МТК не требовал, а всегда безумно занятые строители не успевали или забывали составить эскиз крепления закладной доски.