И так случилось, что после окончания академии Ивану Ильичу Сергиеву предложили место священника в кронштадтском соборе в честь св. апостола Андрея Первозванного.

Ключарь собора протоиерей Константин Несвицкий по старости должен был уйти на покой, и, по обычаю того времени, наиболее желанным его заместителем мог бы стать человек, согласившийся жениться на его дочери. Иван Сергиев познакомился с Елизаветой Константиновной, сделал ей предложение и после окончания академии обвенчался с ней.

Брак этот был из ряда вон выходящим. Супруг, твердо решившись всем своим существом служить Богу и страждущему человечеству, уговорил супругу остаться девственниками. Молодая женщина не сразу согласилась всем сердцем принять на себя этот великий подвиг тайного девства. Она даже обращалась с жалобой к митрополиту Исидору, который вызвал отца Иоанна и с угрозами уговаривал его иметь общение с супругой. Но отец Иоанн не соглашался и в конце концов сказал: «В этом есть воля Божия, и вы ее узнаете». И как только он вышел от митрополита, владыка сразу же ослеп. Тогда он вернул отца Иоанна и стал просить прощения и исцеления и немедленно получил то и другое.

После этого случая митрополит вызвал Елизавету Константиновну и уговорил ее продолжать жить девственно. Молодая супруга до конца дней превратилась как бы по обету в сестру милосердия и в помощницу своему мужу.

12 ноября 1855 года в Санкт-Петербурге епископ Виннипкий Христофор рукоположил Ивана Сергиева во священника. В течение 350 лет большинство из рода Сергиевых мужчин были священниками.

В первой же своей проповеди, произнесенной отцом Иоанном в кронштадтском Андреевском соборе при вступлении в должность, двадцатишестилетний иерей сказал: «Сознаю высоту сана и высоту соединенных с ним обязанностей, чувствую свою немощь и не достоинство к прохождению высочайшего на земле служения священнического... но знаю, что может сделать меня более или менее достойным сана священника — это любовь ко Христу и ко всем. Любовь — великая сила; она и немощного делает сильным, и малого великим. Таково свойство любви чистой, Евангельской. Да даст и мне любвеобильный во всем Господь искру этой любви, да воспламенит ее во мне Духом Своим Святым».

«С первых же дней своего высокого служения Церкви, — вспоминал отец Иоанн, — я поставил себе за правило: сколько возможно искренне относиться к своему делу, к пастырству и священнослужению, строго следить за собой, за своею внутренней жизнью. С этой целью я прежде всего принялся за чтение Священного Писания Ветхого и Нового Завета, извлекая из него назидательное для себя как человека, священника и члена общества. Потом я стал вести дневник, в котором я записывал свою борьбу с помыслами и страстями, свои покаянные чувства, свои тайные молитвы ко Господу, свои благодарные чувства о избавлений от искушений, скорбей и напастей».

Этот необыкновенный дневник при жизни отца Иоанна был издан под заглавием «Моя жизнь во Христе» и для ищущих веры и спасения стал истинной школой духовной жизни. Эта книга поддерживала дух семейства последнего русского Императора Николая II в Екатеринбурге перед мученической кончиной.

Вскоре «к прежним средствам моего духовного укрепления прибавилось еще одно — самое могущественное». Отец Иоанн поставил себе в неукоснительную обязанность ежедневно совершать Божественную литургию. Впрочем, эта возможность появилась не сразу. «Первые годы я не каждый день совершал литургию, — писал батюшка, — и потому часто расслабевал духовно... потом стал ежедневно причащаться».

Кронштадт, расположенный на острове Колине в Финском заливе, был не только ключевой военно-морской крепостью, защищавшей вход в северную столицу, и базой Российского военного флота, но и местом административной ссылки из Петербурга нищих, бродяг и разного рода провинившихся и порочных людей, преимущественно из мещан. В Кронштадте их скопилось великое множество. Кроме того, здесь было много чернорабочего люда, работавшего в порту, так как в то время морские суда из-за мелководья не могли доходить до Петербурга и товары с них перегружались на мелкие суда, а иностранные суда нагружались русскими товарами.

Вся эта беднота ютилась на окраинах в жалких лачугах, а то и в землянках, шаталась по улицам, попрошайничала и пьянствовала. Сближение с этой средой у молодого священника началось преимущественно через детей. Сохранился очень характерный рассказ одного ремесленника.

«Прихожу раз не очень пьяный. Вижу, какой-то молодой батюшка сидит и на руках сынишку держит и что-то ему ласково говорит. Я было ругаться хотел, вот, мол, шляются тут всякие. Да глаза батюшки, ласковые да серьезные, меня остановили. Стыдно стало. Опустил я глаза, а он смотрит, прямо в душу смотрит... Начал говорить. Не сумею я передать все, что он говорил. Говорил, что у меня в каморке рай, потому что там, где дети, там всегда тепло и хорошо, и о том, что этот рай не нужно менять на чад кабацкий. Не винил он меня, нет, все оправдывал, только мне было не до оправдания. Ушел он, я сижу и молчу... не плачу, хотя на душе так, как перед слезами. Жена смотрит. И вот с тех пор я человеком стал».

Новый батюшка утешал брошенных матерей, нянчил их детей, пока мать стирала, помогал деньгами, нередко лично покупал продукты беднякам, ходил в аптеку за лекарством, приводил в лачуги врача, вразумлял и увещевал пьяниц. Очень часто все свое жалованье раздавал нуждающимся. Когда не оставалось денег, отдавал свою рясу, сапоги, а сам босой возвращался домой.

Досаждал отец Иоанн властям и высокопоставленным гражданам хлопотами за разных несчастных. Все это в совокупности поначалу воспринималось враждебно. Приличная публика видела, как за отцом Иоанном следуют толпы бедняков, и ее возмущали подобные демонстрации. Достаточно горьких минут пришлось пережить священнику, но духом он никогда не падал.

Когда ему сообщали, что его принимают за юродивого, отвечал: «Ну что же, пусть юродивый». Жене, которая не сразу поняла праведный путь великого мужа, кронштадтский батюшка говорил: «Счастливых семей, Лиза, и без нас довольно. А мы с тобой посвятим себя на служение Богу».

Не понимали столь высоких духовных подвигов и сослуживцы отца Иоанна — духовенство Андреевского собора. Стали хлопотать, чтобы жалованье священника выдавали его жене. Ходатайство было удовлетворено. Однако в 1857 году «эксцентричный» священник получил уроки Закона Божия в Кронштадтском реальном училище. Плату за них он считал уже точно своим достоянием и продолжал благотворить.

В 1862 году в Кронштадте открылась классическая гимназия, законоучительская должность была предложена получившему широкую известность в городе священнику. Он с радостью взялся за преподавание — ему предоставлялись самые широкие возможности руководить детьми до зрелого возраста, влиять на их нравственность, воспитывать души.

У отца Иоанна был какой-то особый благодатный дар любви к детям. Эта любовь, как заветный ключ, открывала самые недоверчивые ребячьи сердца. Он не ставил двоек, не «резал» на экзаменах, не задавал уроков, а вел в свои часы беседы с питомцами о предметах веры. Спрашивал обычно сначала тех, кто сам изъявлял желание отвечать. За такие ответы батюшка ставил пять с плюсом и награждал еще дорогими для каждого ученика словами:

— Спасибо тебе, дорогое чадо!

Его уроки ожидались, как редкое, праздничное удовольствие. Слушали своего законоучителя затаив дыхание, следя за каждым взглядом его ясных голубых глаз. Случалось, директор говорил ему о каком-нибудь ленивом или дурном мальчике, просил обратить на него особое внимание. Но, придя в класс, батюшка не находил аттестованного «неподдающегося» — настолько он оказывался при батюшке толковым и понятливым.

Наказания отец Иоанн даже в помыслах не держал, потому что и без них дела с учением шли прекрасно. Ученики считали самым великим наказанием, если любимый батюшка был чем-нибудь недоволен. Когда случалось нечто подобное, они изо всех сил старались вызвать у него улыбку.