1 (14) января 1918 г. Фронтотдел издал приказ № 1, в котором предписывал всем властям и учреждениям строго следовать его приказам, не исполнять приказы Центральной рады УНР, генерала Щербачева и других самопровозглашенных органов. Всем военным и почтово-телеграфным учреждениям Румынского фронта предписывалось эвакуироваться из Ясс в Кишинев, а органам снабжения фронта — в Бендеры и перейти в распоряжение Фронтотдела. Сформированные Фронтотделом отряды заняли вокзал и другие важные пункты Кишинева. Перед войсковыми комитетами ставилась задача восстановления армии для защиты «дела свободы… под началом Советской власти». От них требовалось «озаботиться прекращением отпусков, приостановкой национализации и демобилизации войск»[55]. Сообщая о политическом и военном положении, начальник Революционного штаба Венедиктов предлагал СНК РСФСР обратиться «к правительству Молдавской республики, дабы оно отказалось от ввода румынских войск в Бессарабию». Со своей стороны, Революционный штаб был готов по указанию СНК воздействовать на молдавское правительство[56].

24 декабря (6 января 1918 г.) военный министр Румынии генерал Янковеску приказал трансильванцам, находившимся под Киевом, двинуться по железной дороге в Кишинев, куда они и прибыли 6 (19) января около часа ночи. Узнав об этом, Кишиневский Совет и Фронтотдел направили на вокзал войска местного гарнизона. Пытаясь предотвратить разоружение трансильванцев, руководители МНР Инкулец и Ерхан явились на вокзал уговаривать солдат молдавского полка вернуться в казармы, утверждая, что трансильванцы якобы не имеют никакого намерения бороться против революционных организаций Бессарабии, а отправляются на фронт. Но солдаты не желали их слушать. После небольшой перестрелки трансильванцы, потеряв 5 человек убитыми, были разоружены и арестованы[57].

Тем временем еще 4(17) января Румыния решила послать войска в Бессарабию. 5 (18) января украинские, а 6 (19) января румынские войска форсировали р. Прут и начали оккупацию Бессарабии. Направленные в Бессарабию румынские войска шли на Кишинев тремя отрядами. Один из них был задержан войсками Фронтотдела в Унгенах и выбит оттуда с большими потерями, а два других двинулись на Кишинев и к вечеру 6 (19) января прибыли к станции Гидигич. Румынские войска были встречены у Гидигича и Кожушны советскими отрядами и в два часа ночи 7 (20) января отступили в беспорядке по Страшенскому шоссе, преследуемые кавалерией, посланной Фронтотделом. Около деревни Трушены румынские части пытались свернуть на Ганчештскую дорогу, но, встреченные и здесь советским отрядом, повернули к станции Гидигич, а затем отступили в сторону Унген. В тот же день на станции Корнешты 4 эшелона румынских войск, которые сопровождал генерал Некрасов, посланный в Бессарабию в качестве уполномоченного Щербачева для того, чтобы он своим присутствием импонировал русскому населению, были окружены железнодорожным батальоном и частично взяты в плен, а частично отступили. На следующий день Некрасов и его адъютант были взяты в плен и расстреляны местным отрядом самообороны и отрядом солдат Румынского фронта.

Железнодорожный путь из Кишинева на Страшены был разобран в нескольких местах. 8 (21) января ремонтирующий его отряд 2-го железнодорожного района столкнулся с эшелоном румынских войск. В ходе разгоревшегося боя было взято в плен 40 румынских солдат, а остальные отступили в сторону Унген. Пленные румынские солдаты рассказывали, что они не знали, куда их посылало командование, «что их ловили, насильно запирали в вагоны и отправляли, не объясняя куда и зачем»[58]. В ночь на 10 (23) января на юге Бессарабии, в Болграде, ВРК 6-й армии сумел разоружить прибывшую из Галаца румынскую роту[59]. В итоге первое румынское вторжение было отбито, а Леово, Рени, Вулканешты и Кагул освобождены[60]. После первых побед Фронтотдел доносил Румчероду, что «армия в порядке. Опасности нет. Сила в Бессарабии наша. Национально-политические организации без исключения признали верховной властью фронта Фронтотдел. Фронтотдел послал ультиматум и протест румынам по поводу ввода войск и ликвидации ставки. Румыны отступают»[61].

6 (19) января стало выясняться, что руководство «Сфатул Цэрий», которое на словах заявляло о непричастности к организации интервенции, на деле активно помогало румынам. На заседании президиумов местных Советов и Центрального молдавского военно-исполнительного комитета при обсуждении вопроса об интервенции стало известно, что три генеральных директора «Сфатул Цэрий» ездили в Яссы вести переговоры с румынским правительством о вступлении румынской армии в Бессарабию. Собравшиеся осудили их действия и предложили Инкульцу и Ерхану подписать телеграмму Щербачеву с категорическим требованием о выводе румынских войск из Бессарабии и прекращении интервенции, на что им пришлось согласиться, опасаясь обвинения в пособничестве интервентам. В адрес румынского правительства и генерала Щербачева была направлена телеграмма: «Протестуем против ввода на территорию Молдаванской республики румынских войск. Категорически требуем приостановить посылку войск и немедленно отозвать те войска, которые уже введены. Введение румынских войск в Бессарабию грозит ужасами гражданской войны, которая уже началась. Русские войска должны пропускаться беспрепятственно»[62].

Фронтотдел организовал оборону Кишинева. Были открыты военные склады, оружие из них было роздано населению, из которого создавались отряды Красной гвардии. В ночь на 7 (20) января Кишинев был объявлен на военном положении и оцеплен войсками Фрон-тотдела, который объявил вне закона «Сфатул Цэрий», директоров, руководителей националистических организаций и офицеров контрреволюционных молдавских полков и решил разогнать «Сфатул Цэрий»[63]. Однако в тот же день с помощью французского военного атташе и главы Союза земельных собственников Бессарабии помещика П.В. Синадино руководители «Сфатул Цэрий» отправили своих посланцев в Яссы с просьбой о помощи. Из города скрылись и некоторые генеральные директора[64]. Опасаясь арестов, депутаты «Сфатул Цэрий», «притаившись по углам, из безопасного далека наблюдали за развернувшимися историческими событиями»[65]. Обращение к правительству Румынии о вводе войск в Бессарабию было фактически делом частных лиц. Поездка в Яссы этих директоров, их письма и телеграммы о вводе оккупационных войск в Бессарабию были нужны румынскому правительству для того, чтобы перед лицом западноевропейского общественного мнения показать, что румынские оккупационные войска пришли в Бессарабию якобы по зову «законного» правительства. Соответственно, 12 (25) января Румыния уведомила США, что по соглашению с «правительством Молдавской республики Бессарабии и генералом Щербачевым и чтобы не дать армии умереть с голоду», румынские войска заняли эту область[66].

Убедившись, что малыми силами занять Бессарабию не удастся, 7 (20) января 1918 г. румынское командование с согласия представителей Антанты отдало приказ войскам перейти реку Прут в нескольких пунктах и вступить в Бессарабию. На следующий день 11-я пехотная дивизия под командованием генерала Е. Броштяну перешла Прут между Унгенами и Леово, заняла Унгены, Кайнары, Поганешты и двинулась на Кишинев. На юг Бессарабии, через Кагул, двигалась 13-я пехотная дивизия. Между ними двигалась 2-я кавалерийская дивизия. Одновременно 1-я кавалерийская дивизия под командованием генерала М. Скины двинулась на север Бессарабии. 12 (25) января все эти дивизии были объединены в 6-й армейский корпус под командованием дивизионного генерала Г. Истрати[67]. По пути румынские войска захватывали железнодорожное хозяйство и продовольственные склады, разгоняли Советы и крестьянские комитеты и расстреливали их членов, реквизировали у крестьян запасы продовольствия. Все это вызвало у населения ненависть к оккупантам и их местным приспешникам.