От 25 сентября другой указ: «Мы имели причину надеяться, что генерал-фельдмаршал Апраксин, конечно, не замедлит возобновить свои операции; мы тогда ж наикрепчайше подтвердили ему ускорить оными. Но к крайнему нашему сожалению, получили мы новое от него доношение, что армия наша, прибыв к Тильзиту, хотя и снабдила себя двунедельным провиантом, однако ж помянутый наш фельдмаршал тем не меньше принужденным себя видел чрез реку Неман переправиться, дабы от таких мест ближе быть, где армию удобнее б на зимние квартиры расположить можно было. Причины, побудившие к сему новому намерению, так важны, что непризнаваемы быть не могут. Армия наша по претерпении сперва в походе таких великих беспрестанно жаров, каким в здешнем климате примера не бывало, вдруг подвержена была в весьма низкой земле претерпевать с четыре недели и паки непрестанно продолжавшиеся дожди. Легко притом можно рассудить, что в таком случае болезни не могли как весьма умножиться, а число слабых и крайне велико быть. Конница, которая с начала весны ведена была с Украйны и других отдаленных мест и такой марш сделала, которому в других местах, конечно, примера нет, имела уже и тем одним изнурена быть; но к большому несчастию, известным образом в нынешнем году недостаток фуража и в самой Польше почти генеральным был, и по вступлении в Пруссию сей недостаток столь умножился, что часто посыланными больше как за 20 верст фуражирами не найдено совсем ничего оного. Легко потому рассудить, каково имеет быть состояние помянутой конницы и что дальнейшее ее в истощенной земле пребывание было бы известною ее только погибелью без всякой, напротив того, уповаемой пользы. Сверх всего того хотя и нет недостатка в провиантских магазинах, однако ж по мере удаления от оных армии становится крайне трудным или и весьма невозможным подвоз из оных. При таком состоянии дел справедливо мог наш фельдмаршал рассудить, что не токмо для нас, но и для самих союзников наших несравненно полезнее сохранить к будущей кампании изрядную армию, нежели напрасно подвергать оную таким опасностям, которые ни храбростью, ни мужеством, ни человеческими силами отвращены быть не могут. Мы знаем, что с прусской стороны будет всему тому учинено другое истолкование и, может быть, самым индифферентным не покажется сие обыкновенно, что победоносная армия оставляет побежденному неприятелю завоеванную у него землю; но, ведая, напротив того, что прямая тому причина – недостаток фуража и крайняя трудность в пропитании армии и что не оставляется неприятелю таких мест, откуда б он мог воспрепятствовать и паки в земли его вступить, могли б совершенно спокойны быть, какие бы притом с прусской стороны разглашения ни были, толь паче, что мы уверены, что союзники наши не будут притом сомневаться о непоколебимости наших намерений и непременном желании с ними содействовать. Но великодушие наше и прямое союзническое о интересах их попечение превышают все вышеизображенные уважения, почему мы сколь скоро сие последнее нам неприятное известие получили, что наш фельдмаршал и Неман-реку переходить намерен, то еще повелели ему всевозможное в действо употребить, дабы удержать себя в Пруссии и, буде случай будет, неприятеля атаковать».

Но повеление не было исполнено. 28 сентября в армии держан был военный совет, на котором решено отступить за Неман. Посылая в Петербург журнал военного совета, Апраксин писал от 30 сентября: «Суровость времени и недостаток в здешней земле провианта и фуража, равно как изнуренная совсем кавалерия и изнемогшая пехота, суть важнейшими причинами, кои меня побудили, для соблюдения вверенной мне армии, принять резолюцию чрез реку Неман перебраться и к своим границам приближиться. Сие самое препятствием было над побежденным неприятелем дальнейшие прогрессы производить. Он, хотя по учиненной с моей стороны при Але-реке стратажеме в левую руку к Аленбургу, не обождав ни перехода с армиею через реку, ниже атаки, из виду и ретировался, однако не совсем побежал, но для того только сию ретираду учинил, чтоб, опасаясь моего прямо к Кенигсбергу чрез Аленбург следования, лучшее и крепчайшее место, каковых у него от реки Алы до Кенигсберга несколько заготовлено, занять и проходу моему тем более препятствовать мог. По такой его ретираде уведомясь заподлинно о положении укрепленных до Кенигсберга мест, взятие которых много людей стоило б, и явившееся оскуднение запасного провианта, паче же недостаток фуража в истощенной неприятелем земле, ибо в Кенигсберге шефель муки по семи талеров продавался, с общего согласия всего генералитета поворот учинен к Тильзиту в таком намерении, чтоб, исправясь тамо, паки вперед продвинуться. Но, нашед в Тильзите многие главнейшие и человеческим разумом непреодолимые препятствия от рановременных по здешнему климату ненастей и морозов и не могучи воли Божией противиться, с наичувствительнейшим моим и всего генералитета сокрушенном, не в сходство высочайшую вашего величества намерения и в противность нашего искреннейшего желания поступить и сие к границам приближение за лучший к соблюдению армии способ тем паче избрать принужден был, что, удержав Тильзит и реку Неман, також, расположа армию в сей завоеванной Пруссии, так от недостатка провианта и фуража, как и от разделения по частям армии для сбережения завоеванных мест конечная погибель всему войску нанесена была б. Невзирая на то что в Мемеле провианта довольно, которого доставление к армии невозможно ни гафом, ни сухим путем: гафом, потому что на десяти галерах и прочих мелких судах, кои к тому способными найдены и во всей той стороне собраны быть могли, умалчивая о том затруднении, что чрез Шварцер-орт за мелью всякую галеру, выгрузя, перетаскивать надобно, не более 1500 четвертей уложиться может, а сухим путем за крайнею в здешней земле и Жмуидах в осеннее время по низости ситуации распутицею ничего подвозить нельзя, рекою же Неманом за кривым течением оной и многими мелями, по причине которых от большей части к неприятельскому берегу вверх по реке плыть и приставать должно, весьма опасно. Что же принадлежит до добровольного здешних обывателей подвержения в подданство вашего величества, то принятое ими намерение принужденным почесть должно, как то действительно и оказалось, ибо многие, только что успели присягу принести и тем себя обнадежить, тотчас против нас и вооружились, да иначе и ожидать нельзя, ибо должность к природному государю натурально их на то влечет, а сверх того, всем обывателям, особливо же в городах живущим, от начальства повелено, себя разорению не подвергая, оружию вашему покориться, истолковав им притом, что чинимая по такой крайности присяга без угрызения совести всегда нарушена быть может».

Сильные вопли французского и австрийского послов против Апраксина, жалобы на него генерала С. Андрэ заставляли посылать к нему грозные указы. Апраксин писал императрице 6 октября: «Высочайший указ, мною вчерась полученный, что больше я читал, толь более умножался во мне трепет и отчаяние. Севодни собранному для держания совета всему генералитету я при объявлении того указа принял дерзновение предложить, ежели они примечают, что я есть настоящим препятствием подачи их свободных в советах мнений или причиною к неисполнению ваших высоких мне повелений, то чтоб они приговорили не только от меня главную команду кому принять, но и шпагу свою их присутствию отдавал; но они во мне никакого к тому преступления не нашли и оттого отреклись».

Между тем генералу Фермору, которому более других доверяли, послано было в Мемель приказание отвечать откровенно по пунктам о положении армии и о действиях фельдмаршала. Фермор отвечал 14 октября: «Как пред Богом вашему импер. величеству по сущей правде на повеленные пункты своеручным письмом рабски доношу: 1) до баталии за 12 дней армию людьми нашел я в добром состоянии, а лошадей под кавалериею и артиллериею и полковыми тягостями уже в слабом состоянии; по наступившим же дождям и великим грязям день от дня в совершенную худобу пришли, а по прибытии к реке Але уже и валиться начали; ныне же от дальнего и трудного похода и ненастливой погоды как люди большею частью в немалой слабости, а лошади в негодности находятся, и затем с желаемым успехом военных операций произвесть невозможно. 2) Причины отступления армии к ее магазинам суть следующие: недостаток людям и лошадям субсистенции, и хотя б неприятель вторично разбит и Кенигсберг взят был, то, не имея готовых магазинов, войска пропитать нечем было, а в таком противном случае аще бы под закрытием прусского войска блокада города продолжалась, то б за недостатком принуждены были отступить и тем полученную славу умалить. 3) Армию на зимние квартиры в неприятельской земле расположить, пока неприятельская армия совсем разбита или прогнана не будет, способов представить не можно, кроме предпринятых по крайнему разумению от всего генералитета».