Ревизия возбуждала также некоторые вопросы, входившие в область церкви. Так, было постановлено: иноземцам, находящимся в русском подданстве и службе, кроме идолопоклонников и магометан, позволяется держать у себя русских крепостных людей с тем только, чтоб не вывозить их за границу; иноземцам разным христианских исповеданий, живущим временно в России, позволяется иметь русских крепостных людей, если они представят добрых порук, имеющих деревни, что тех крепостных людей из России не вывезут и подушные за них деньги будут платить бездоимочно. Калмыков, башкир, татар и тому подобных иноверцев можно обращать только в православную веру и по крещении из государства не выпускать.

В начале описываемого года церковь и государство опять заявили, что последователей душепагубной ереси (христовщины) сыскано уже более 200 человек, но другие укрываются, и между прочим три московских купца, два петербургских с сестрою, два крестьянина и между ними один лжехрист, Степан Васильев, Ярославского уезда из деревни Поздеевки. Благочестивая императрица очень любила, когда кто-нибудь из других исповеданий обращался в православие. Все эти случаи обращения, довольно нередкие, объявились в ведомостях. Понятно, что она дала особенную торжественность возвращению к православию известной княгини Ирины Долгорукой. 15 августа, в день успенья, в церкви летнего дворца в присутствии императрицы княгиня Ирина с детьми, сыном Николаем и дочерью Анною, пред литургиею отреклась от католицизма. Елисавета велела Синоду статского советника князя Сергея Долгорукого за несмотрение о жене своей и детях в содержании их в законе и страхе божии послать в монастырь, где быть ему неисходно год, да при нем сыну его Николаю по 1 января 1747 года. Долгоруких сослали в Саввин-Сторожевский монастырь. Мамзель Бере, которая считалась виновницею отступничества княгини Долгорукой, осталась под стражею в Синоде.

Только в 1751 году вследствие промемории голландского посланника Шварца императрица указала выслать ее за границу, «хотя она за превращение помянутой фамилии в законе жестокому наказанию подлежала б». Елисавета приказала канцлеру заняться следующим делом: в Курляндии было много пленных турок, мужчин и женщин, которые по обращении их в лютеранство были поселены в имениях бывшего герцога Бирона, а как они все, рассуждала императрица, полонены русским оружием, то их вывесть в Россию и по пристойности распределить, но чтоб турки не стали их назад требовать, как находящихся не в греческом законе, то постараться всех их привести в греческий закон. Елисавета настаивала также на возвращении русских солдат (великанов) из Пруссии. Фридрих II отвечал, что они подарены; Елисавета возражала, что Петр Великий давал их покойному королю, с тем чтоб за каждого было дано по три человека матросов; после отпускали и безусловно, но теперь она требует их назад как потому, что они ее подданные, так и потому, чтоб они остальную жизнь могли окончить в своем законе и отечестве; притом с прусской стороны ни одного матроса в России не получено, да теперь они и не требуются. Как видно, в это время забыли, что Петр Великий переменял великанов, посылаемых в Пруссию, и не позволял им оставаться там постоянно.

Сношения правительствующих учреждений, Сената и Синода, по-прежнему имели главным предметом столкновение духовных и светских начальств, жалобы духовенства на дурное обращение с ними светских начальств. Мы видели соблазнительное дело вятского епископа Варлаама с воеводою. Варлаам по приезде своем в Петербург нашел сильных защитников, и Сенат решил: хотя вятский епископ Варлаам по уложению, генеральному регламенту и указу Петра Великого 1724 г. января 27 и св. отец правилам за свою явную продерзость подверг сам себя по снятии сана жесточайшему истязанию, но только он епископ сана немалого, и для того Сенат без особливого ее им. в-ства указа в том деле об нем, епископе, далее уже поступать не может, а предает в высочайшее ее им. в-ства соизволение, и хотя в ведении св. Синода и объявлено, чтоб о показанных ссорах как архиерею, так и воеводе подать по форме челобитные, произвесть надлежащий суд и для доказательства воеводу Писарева прислать в св. Синод, но так как в том, что он, архиерей, его, воеводу, в канцелярии ударил, сам себя уже виновным показал, то не для чего быть суду в том, что он против указов поступил, ибо он, епископ, сам себя виновным показал не в партикулярном каком-нибудь деле, но в противных указам и ев. отец правилам поступках.

Епископ воронежский Феофилакт донес Синоду о следующем с ним происшествии: в крестовой палате при многих людях поп Ефимов, подавая доношение о пострижении одной купчихи, приложил при доношении завернутый в бумажку рублевик. Он, архиерей, пришел в «зазрение и беспамятство» и бросил рублевик и отношение попу в глаза. Вслед за тем воронежская консистория донесла Синоду, что губернская канцелярия заарестовала епископа Феофилакта и для караула приставила к нему прапорщика с командою, присутствующие в консистории архимандрит и священник взяты в губернскую канцелярию и содержатся под караулом же. Архиерей велел иподиакону словесно донести Синоду, что он содержится по делу попа Ефимова, бумаги, пера и чернил ему давать не велено. Сенат приказал рыпустить архиерея и консисторских членов, если они схвачены не по первым двум пунктам. Из экстракта, присланного воронежскою губернскою канцеляриею, Сенат усмотрел, что в арестовании епископа Феофилакта виновен канцелярист Дмитриев, который подал запечатанное доношение по первому пункту на епископа и указал свидетелей – архимандрита и священника, почему и те арестованы. По определению канцелярии велено доносителя и обвиняемых по силе указа 1730 года послать в Тайную канцелярию, но не посланы потому, что из поданного доношения попа Ефимова и из рассказа Дмитриева обнаружилось содержание его доношения по первому пункту: он обвинял епископа в том, что тот бросил рублевик на землю, а на монете было изображение императрицы. Дмитриева за ложный донос высекли кнутом нещадно и сослали в Оренбург.

В самом Синоде происходили частые столкновения его членов с обер-прокурором кн. Шаховским. Шаховской заметил, что духовные особы берут над ним верх разумом и красноречивым объяснением своих действий, поэтому небезопасно было вступать с ними в споры без приготовления, без изучения духовных дел и всего связанного с интересами духовного начальства. Другая опасность борьбы состояла в том, что Синод при благочестивой императрице получил большее значение, чем имел прежде; духовник Елисаветы протоиерей Дубянский и фаворит Разумовский были всегда готовы заступиться за него перед Елисаветой. Главным поводом к столкновению были интересы материальные. По указу Петра Великого синодальные члены должны были получать определенное им жалованье только в том случае, когда доходы их (архиереев с епархий и архимандритов с монастырей) были меньше этого жалованья, и тогда им должно было добавить из него к сумме доходов, для чего они прежде всего должны были объявить эту сумму. Но они, не объявляя доходов, потребовали себе полного жалованья. Шаховской не соглашался и требовал со своей стороны, чтобы члены Синода или объявили свои доходы, или просили себе жалованья у императрицы с отменою закона Петра Великого. Синодальные члены подали императрице жалобу на Шаховского, что он незаконно препятствует выдаче им жалованья. Елисавета потребовала объяснения у обер-прокурора и признала его поведение вполне законным. Шаховской хвалится в своих записках, что сберег таким образом более 100000 рублей.

Синодальные члены отомстили ему за такое сбережение, отказавшись выдавать ему самому жалованье из синодальных доходов на том основании, что не имеют точного на этот счет указа. Шаховской в свою очередь жаловался императрице на письме; прошло два месяца – никакого ответа. Он подал вторично письмо; прошло четыре месяца – никакого ответа. Шаховской обратился тогда к фавориту Разумовскому, и тот обещал свое ходатайство. Через несколько недель случился церковный праздник, и Шаховской отправился ко всеночной в большую придворную церковь, где была и Елисавета. Императрица обыкновенно становилась позади правого клироса, недалеко от певчих; поговоря немного с ними и взявши одну богослужебную книгу, она подозвала к себе обер-прокурора и показала ему, как книга была неисправно напечатана. Шаховской воспользовался удобным случаем, чтоб в очень некрасивом виде представить поведение людей, лишающих его жалованья. Императрица милостиво его выслушала и потом, чрез несколько времени подозвавши его опять, сказала: «Я виновата: все позабываю о твоем жалованье приказать». Но прошло еще более двух месяцев, а указа о жалованье не было, как случился другой праздник, и Елисавета, увидавши его, опять сказала: «Вот я забыла о вашем о жалованье», но на этот раз она подозвала сенатского обер-прокурора и велела ему завтра же ехать в Синод и объявить, чтоб не делали более препятствий к выдаче жалованья обер-прокурору из суммы, из которой он и прежде получал.