Для Петра не могло быть не ясно, что удары Шафирова направлены не столько на Писарева, сколько на человека, стоявшего сзади его, которого обер-прокурор был только верным слугою: первый пункт был направлен против Военной коллегии, но президентом ее был светлейший князь, второй пункт был прямо направлен против Меншикова. Враги Шафирова кроме непосредственных писем к императору действовали через императрицу, через Макарова; действовали и против Ягужинского, который был не на стороне светлейшего князя. Ягужинскому по его характеру не хотелось кому-нибудь кланяться, от кого-нибудь зависеть. Вероятно, не без соображения с этим характером Петр и назначил его генерал-прокурором. Писарев писал к тайному кабинет-секретарю: «Прежде сего послал я к вам об сиденье Павла Ивановича (Ягужинского) в Сенате об одном месяце, ныне же посылаю и на прочие три месяца, из которых изволишь усмотреть, что во многие дни в Сенате не бывал, а в иные и был по часу и полчаса, а то все чинилося от частых компаней и от лукавства Шафирова и от его единомышленников, подобных ему, ибо всегда ему предлагали, что изволь веселиться, а дела будут исправлены, а мне многажды сказывали, что на мне тех дел не взыщется, что чинилося при Павле Ивановиче, и ему лукавством говорили, чтоб мне при нем ничего не говорить, чем его на пущую злобу на меня привели».

Положение Шафирова было плохо вследствие дела о братнем жалованье, скоро оно еще ухудшилось вследствие сцены, происшедшей в Сенате 31 октября. В этот день слушалось дело о почте, дело личное для Шафирова, который управлял почтою. Во время рассуждения сенаторов входит Шафиров. Обер-прокурор говорит ему, что господа Сенат слушают и рассуждают о почтовом деле, которое лично до него касается, и потому он должен выйти вон, по указу ему быть не надлежит. «По твоему предложению я вон не пойду, тебе высылать меня непригоже», – отвечает Шафиров. Обер-прокурор снимает со шкафа доску, на которой наклеен был указ, предписавший судьям выходить при слушании дел о родственниках их, и читает указ. «Ты меня, как сенатора, вон не вышлешь, и указ о выходе сродникам к тому не следует», – говорит Шафиров и предлагает сенаторам, что он почтою был по его императорского величества указу пожалован во всем, как Виниус и его сын, о чем известно графу Головкину и князю Меншикову, и этого дела без именного указа решить им невозможно. Канцлер граф Головкин, давно непримиримый враг Шафирова, говорит, что такого именного указа нет, дело решить можно и Шафирову выйти вон надобно. После долгих разговоров обер-прокурор предлагает сенаторам, чтоб приказали наконец сделать так, как указ повелевает. «Что ты об этом предлагаешь! – кричт емy Шафиров. – Ты мой главный неприятель, и ты вор, и меня ты вором называешь и письменно протестовал, будто я государя обманул». Тут заговорил светлейший князь вместе с Головкиным, что если в Сенате обер-прокурор – вор, то как им дела отправлять? Скорняков-Писарев объявил, что ему оставаться больше нельзя. «Напрасно на меня гневаетесь и вон высылаете! – кричал Шафиров. – Вы и все мне главные неприятели, светлейший князь за почепское дело, а на графа Головкина у меня многое челобитье самому государю и в Сенате, и потому вам об этом приговаривать не надлежит». «Ты, пожалуйста, меня не убей», – говорит ему Меншиков. «Тебя убить! Ты всех побьешь!» – отвечал Шафиров. Меншиков объявляет, что, по словам Шафирова, он всех побьет. «Я не говорю, – отвечает Шафиров, – что ты всех побьешь, но можешь всех побить; я не помирволил тебе в почепском деле, и за то на меня от тебя злоба; только я за тебя, как Волконский и князь Матвей Гагарин, петли на голову не положу». Тут Меншиков, Головкин и Брюс вышли из Сената; Долгорукий, Голицын, Матвеев и Шафиров остались и объявили, что намерены слушать дела, но обер-прокурор объявил, что присутствовать не будет, потому что Шафиров при всех называл его вором. 2 ноября в отсутствие Шафирова Меншиков подал мнение, что Шафиров за противозаконные его действия должен быть отрешен от Сената. Сенаторы решили принять и записать предложение и доложить, когда приедет государь. 13 ноября явился в Сенат Шафиров и просил, чтоб сообщено было ему, какая учинена резолюция по предложению Меншикова на его счет; обер-прокурор отвечал, что ему дадут знать об этом, когда приговор будет закреплен, а теперь надобно слушать очередные дела. «Пожалуйста, ты со мною не говори, у меня с тобою ссора!» – отвечал ему Шафиров. «Надобно слушать дела, – повторял обер-прокурор, – мне велено вас в этом понуждать; вот указ!» «Боже милостивый! Мне тебя слушать!» – сказал Шафиров. 15 ноября опять была перебранка между Шафировым и Скорняковым-Писаревым. «Да будет вам известно, – говорил Шафиров сенаторам, – что обер-прокурор никогда ни о чем не дает мне говорить и теперь сердится на меня за то, что я напомнил о запущении дел в надворном суде». «Да будет известно, что барон почти каждый день в делах помешательства чинит», – говорил обер-прокурор. Шафиров предлагал, чтоб мнение на его счет Меншикова запечатать или заручить, чтоб его в чем-нибудь не переменили, и, вставши, примолвил, намекая на Меншикова: «Я в подряде не бывал, и шпага с меня снята не была».

Для решения дела ждали возвращения государя из персидского похода. 9 января 1723 года Петр прислал указ господам Сенату: «Доносили нам письменно в дороге, возвращающемуся из Персии, обер-прокурор Писарев на барона Шафирова, что он, когда дело его слушали о почте, вон по указу не вышел и назвал его вором, также и в иных делах противных; а барон Шафиров на него писал (и на некоторых из Сенату), что делает по страстям противно указу, которое дело ныне буду розыскивать, что надлежало б чинить в Сенате. Но понеже оба объявили противных себе в Сенате: Шафиров двух – князя Меншикова и графа Головкина, а Писарев глухо – Шафировых друзей, которому велите именовать, дабы с обеих сторон противным их в сем розыску не быть. Також объявить им, чтоб при том розыску как в доношениях, так и в ответах все писали или говорили о материи одной, о которой доносить или ответствовать будут на один токмо тот пункт, о чем спрашивают, а о другой бы материи отнюдь бы не упоминали под жестоким осуждением. И ежели что им каждому для оправдания какие списки из каких дел понадобятся, давали безвозбранно». Спрошенный по этому указу Писарев отвел князей Григория Федоровича Долгорукого и Дмитрия Михайловича Голицына. Суд, названный Вышним, был назначен из сенаторов Брюса, Мусина-Пушкина и Матвеева, из генералов Бутурлина, Головина, Дмитриева-Мамонова, бригадира Воейкова, полковника Блеклого, гвардейских капитанов Бредихина и Баскакова. Князья Долгорукий и Голицын, как свидетели, показывали в пользу Шафирова, но Меншиков, Брюс, Головкин, Мусин-Пушкин и Матвеев показывали в пользу Скорнякова-Писарева, против Шафирова. Долгорукий и Голицын из свидетелей сделались подсудимыми, ибо они вдвоем подписали указ о выдаче лишнего жалованья Михайле Шафирову и утверждали, что Шафиров мог оставаться в Сенате во время слушания и рассуждения о его деле. Шафиров, видя, что оправдан быть не может, написал письмо государю: «Припадая к стопам ног вашего императорского величества, слезно прошу прощения и помилования в преступлении моем, понеже я признаю, что прогневил ваше величество своим дерзновением в том, что по высылке обер-прокурора из Сената не вышел, також что дерзнул я по вопросу приказать приписать Кирееву (секретарю) в приговор брата своего о выдаче ему жалованья на третью треть по указу, разумея то, когда о той выдаче указ повелевает, и в том преступлении своем не могу пред вашим величеством никакого оправдания принесть, но молю покрыть то мое беззаконие кровом милости своея, понеже клянусь вышним, что учинил то бесхитростно. Помилуй меня, сирого и никого помощника, кроме вашего величества, неимущего». Князь Голицын написал: «Про указ о высылке судей при слушании дел о родственниках их ведал и говорил только с господами сенаторами разговором, и то сущею своею простотою, а не против указу, и в том прошу вашего императорского величества милостивого прощения». Князь Долгорукий отвечал, что про указ, что при слушании дел сродникам не быть, аккуратно и памятно он истинно не слыхал, понеже оный указ состоялся без него, а если б он о том указе обстоятельно был сведом, то б было ему и самому в пользу, понеже по причине свойства с бароном Шафировым мог бы он в слушанье о почтовом деле выписки вон выйти и тем всех трудностей избыть, да и другие сенаторы Шафирова вон не высылали. Однако он, князь Долгорукий, сие объявляет не для оправдания своего, понеже должно быть ему те указы обстоятельно ведать, и в том просит от его величества милостивого прощения, дабы напомнены были прежние его рабские службы.