Но понятно, что самая сильная полемика должна была возгореться по поводу Брестского собора. В 1597 году явилось два описания этого собора с двух противоположных точек зрения: православное Ekthesis или краткое описание того, что делалось на поместном синоде в Бресте Литовском; католическое описание собора было сочинено знаменитым Скаргою, который согласно с основным своим взглядом утверждал, что собор незаконен, что законно только то, что постановлено митрополитом и епископами, т. е. уния, ибо миряне не имеют никакого права вмешиваться в дела церковные, а должны повиноваться беспрекословно своим пастырям. Опровержением книги Скаргиной явился со стороны православных знаменитый Апокризис албо отповедь на книжкы о съборе берестейском, именем людий старожитной релеи греческой, через Христофора Филалета (псевдоним). Понятно, что автор Апокризиса должен был ударить со всею силою на основной взгляд Скарги о невмешательстве мирян в дела церковные. Приведши известные нам грамоты, в которых Рагоза и Потей клянутся ничего не предпринимать без ведома мирских людей, автор Апокризиса указывает, что и сами эти духовные не разделяли мнение Скарги и сами себя осудили, поступивши вопреки клятвенным обещаниям. «Положим, – говорит автор Апокризиса, – что владыки имели право объяснить член символа веры: „Верую во едину соборную апостольскую церковь“» так, что под этою церковию должно разуметь римскую; но они обязаны были как можно скорее дать знать об этом новом истолковании своей пастве, тем более, что, по словам Скарги, вера в римскую церковь есть необходимое условие спасения; владыки виноваты в том, что в то время, как они медлили объявить о новом спасительном члене веры, многие люди, не зная его, умерли, лишенные спасения. Скарга приводит свидетельства Ветхого завета о том, что рассуждение о делах духовных принадлежит одному духовенству; автор Апокризиса возражает, что Моисей был светский человек, однако установил весь порядок богослужения, и как это случилось, что господь бог не иерею Аарону, а светскому человеку Моисею дал право распоряжаться делами богослужения? Но если бы и действительно в Ветхом завете рассуждение о вере принадлежало одним иереям, то это слабый довод, ибо велика разница между иудейством и христианством: в иудействе одно колено левиино к служению иерейскому было избрано, а в христианстве все люди, кровию Христовою от грехов омытые, царями и иереями богу отцу учинены; там одна часть народа хвале божией служила, в одном Иерусалимском храме: здесь все люди христианские, на каждом месте, во всякий час, на хвалу Христову посвящены, чтобы, едят ли, пьют ли, другое ли что делают, все во славу божию делали, чтобы не только духом, но и телом славили бога, будучи членами Христовыми. Скарга написал, что иереи и духовные, которых бог приказал слушаться, заблуждаться не могут, и потому светские должны слушаться их во всем, в той надежде, что хотя бы и заблудились, за духовными идучи, будут оправданы пред богом, который повелел им слушаться заблуждающих. Спрашиваю, – возражает автор Апокризиса, – за что же Моисей побил три тысячи человек, поклонявшихся тельцу, слитому первосвященником Аароном? Спрашиваю: что Скарга думает о первосвященнике Урии, который, вместе с царем Ахазом, идолам жертву приносил? Спрашиваю: что разумеет о иереях времен Христовых: почему же апостолы их не слушались? Почему вере или неверию их не последовали? Оставя примеры ветхозаветные, спрашиваю: когда епископ Авксентий Медиоланский был арианином, когда Диоскор Александрийский еретичествовал вместе с Евтихием, когда еретичествовали Несторий и Македоний, епископы константинопольские, то принадлежавшие к их епархиям были ли обязаны последовать их учению? И если последовали, то будут ли оправданы пред богом? А если будут, то как же писание говорит, что каждый свое бремя понесет, и когда слепой слепого водит, то оба в яму впадают? Если мирские люди обязаны во всем повиноваться пастырям своим, то не погрешили и немцы кельнские, которые, по примеру архиепископа своего, сделались лютеранами; и мы не грешим, слушаясь владыки львовского и перемышльского, которые говорят, что папа вовсе не наивысший правитель церкви, и если бы луцкий владыка потуречился (что дело возможное, смотря по его нравственности), то овцы его были бы оправданы перед богом, когда бы сделались магометанами? Конечно, историк Брестского собора тряхнет на это головою; так пусть же знает, что для предохранения от заблуждений не на титулы духовные надобно смотреть, а на что-нибудь другое; не всегда и не во всем надобно духовенство слушать. Мы привели эти строки для показания взгляда и приемов автора Апокризиса; что же касается до подробного разбора и оценки его книги, то это предоставляем церковным писателям. Вслед за Апокризисом написано было православным львовским священником изложение хода дела об унии, под заглавием: «Перестрога, зело потребная на потомные часы православным христианам». Сочинение это заключает в себе любопытные подробности, но тяжело для историка по смешению событий вследствие отсутствия хронологии.

Апокризис раздражил сильно католиков: это видно по тону, в каком было написано возражение на него под заглавием Antirrhesis (1600 года). Автор Антиррезиса для борьбы с сильным противником должен был прибегнуть к отчаянному средству: ко лжи и брани. «Автор Апокризиса, – говорит он, – наполнил свою книгу таким множеством непристойных и ложных вещей, что и сам дьявол, из ада вылезши, не мог большей неправды сочинить, как этот Христофор Филалет в своих книжках написал; поистине, каждый может назвать его diawolofor и philopseudis, а не Christum ferens, et amator veritatis (т. e. не носителем Христа, что значит Христофор, и не любителем истины, что значит Филалет, а носителем диавола и любителем лжи)».

Сам король в окружной грамоте своей к русскому народу счел за нужное вооружиться против поведения православных на Брестском соборе: «Митрополит, – пишет король, – с епископами, остальным духовенством и многими другими людьми веры греческой русской, сошедшись на месте обычном, в соборной церкви св. Николы, начал дело, как следует, молитвою, и три дня разбирал дело, справляясь с св. писанием, с правилами св. отец, призывая братским призывом к себе Михаила Копыстенского, епископа перемышльского, и Гедеона Балабана львовского, и других товарищей их, которые сначала сами добровольно приступили к унии и нам, господарю, дали знать об этом, а теперь, по наущению людей упорных, покинувши старшего своего архиепископа, митрополита и братью свою владык, покинувши храм божий, место святое, на котором обязаны были сходиться с старшим своим, и ни разу, во все продолжение собора, в церкви божией не ставши, захотели соединиться с анабаптистами, арианами, богохульниками и с другими старыми еретиками, неприятелями и поругателями веры православной – русской. Кроме того, взявши себе в товарищество шпионов и изменников наших, какого-то Никифора и других греков, чужестранцев, в божнице еретической засели, злостию и упорством, фараоновым сердцем окаменелым поступали и дела, им не принадлежащие, делать осмелились, против своего начальства, против нас, господаря, и против Речи Посполитой, от церкви божией отлучились, тайком заговоры и протесты составляли, к бланкетам печати и руки свои прикладывали, других людей разных, к собору не принадлежавших, к рукоприкладству приводили и силою подписываться заставляли, и, написавши что-то на этих бланкетах, по государствам нашим рассылать осмелились». Увещевая последовать примеру митрополита, принять унию, и извещая о проклятии Копыстенского и Балабана, король запрещает считать их владыками и иметь с ними сообщение, запрещает правительственным лицам противиться постановлениям Брестского собора, признавшего унию, и приказывает карать противников.

Итак, с православными велено было поступать как с преступниками, гонение на них было узаконено. Но указ королевский не мог быть приведен в исполнение во всей силе: наказывать за противление унии пришлось бы слишком многих, целый народ, и некоторые из этих многих были очень сильны, а правительство было очень слабо. В то время, как Сигизмунд приказывал преследовать православных и награждал епископов-униатов, князь Острожский уговорил Балабана и Львовское братство прекратить свои тяжбы на год, в продолжение которого обе стороны обещали князю оборонять заодно православную веру.