Подан был донос на Романовых. Летопись рассказывает дело так: дворовый человек и казначей боярина Александра Никитича Романова, Второй Бартенев, пришел тайно к дворецкому Семену Годунову и объявил, что готов исполнить волю царскую над господином своим. Семен по приказу царя наклал с Бартеневым в мешки разных кореньев и велел Бартеневу положить их в кладовую Александра Никитича. Исполнивши это, Бартенев явился с доносом, что у господина его припасено отравное зелье. Царь послал окольничего Салтыкова обыскать; тот нашел мешки и привез их прямо на двор к патриарху; собрано было туда множество народа, пред которым высыпали коренья из мешков. Привели Романовых, Федора Никитича с братьями. Многие бояре пышали на них, как звери, и кричали; обвиненные не могли ничего отвечать от многонародного шума. Романовых отдали под стражу вместе со всеми родственниками их и приятелями – князьями Черкасскими, Шестуновыми, Репниными, Сицкими, Карповыми. Федора Никитича с братьями и племянника их князя Ивана Борисовича Черкасского приводили не раз к пытке; людей их, мужчин и женщин, пытали и научали, чтоб они что-нибудь сказали на господ своих, но они не сказали ничего. Долго держали обвиненных за приставами в Москве, наконец в нюне 1601 года состоялся приговор боярский: Федора Никитича Романова, человека видного, красивого, ловкого, чрезвычайно любимого народом, постригли и под именем Филарета послали в Антониев Сийский монастырь; жену его Аксинью Ивановну также постригли и под именем Марфы сослали в один из заонежских погостов; ее мать, Шестову, – в Чебоксары, в монастырь; Александра Никитича – в Усолье-Луду, к Белому морю; Михаилу Никитича – в Пермь, в Ныробскую волость; Ивана Никитича – в Пелым; Василия Никитича – в Яренск; мужа сестры их, князя Бориса Черкасского, с женою и с племянниками ее, детьми Федора Никитича, пятилетним Михаилом и маленькою сестрою его, с теткою их, Настасьею Никитичною, и с женою Александра Никитича – на Белоозеро; князя Ивана Борисовича Черкасского – в Малмыж, на Вятку; князя Ивана Сицкого – в Кожеозерский монастырь; других Сицких, Шестуновых, Репниных и Карповых разослали по разным дальним городам.

Только двое из братьев Романовых пережили свое несчастие – Филарет и Иван Никитичи. В смерти остальных упрекают Годунова, но несправедливо, как свидетельствует дошедшее до нас дело о ссылке их. Из этого дела узнаем, что с Васильем Никитичем был отправлен человек его для прислуги; приставу дан был такой наказ: «Везти дорогою Василья бережно, чтоб он с дороги не ушел и лиха никакого над собою не сделал; беречь, чтобы к нему на дороге и на станах никто не приходил и не разговаривал ни о чем и грамотами не ссылался; а кто придет к Василью и станет с ним разговаривать или принесет письмо, то этого человека с письмом схватить и прислать в Москву или, расспрося, отписать к государю; а кто доведется до пытки, тех пытать и расспрашивать подлинно. Приехавши в Яренск, занять для себя и для Василья двор в городе от церкви, от съезжей избы и от жилых дворов подальше; если такого двора нет, то, присмотря место, велеть двор поставить подальше от жилых дворов да чтобы прохожей дороги мимо двора не было. На дворе велеть поставить хоромы: две избы да сени, да леть, да погреб, чтоб около двора была городьба. С двора Василья и детины его никуда не спускать, и беречь накрепко, чтобы к Василью и к человеку его никто не подходил. Корму Василью давать с человеком: по калачу да по два хлеба денежных; в мясные дни – по две части говядины да по части баранины; в рыбные дни – по два блюда рыбы, какая где случится, да квас житный; на корм послано сто рублей денег. Что Василий станет говорить, о том пристав должен отписать государю».

Исполняя последние слова наказа, пристав Некрасов писал царю: «Едучи дорогою, твой государев злодей и изменник со мною ничего не разговаривал, только украл у меня на Волге цепной ключ и кинул его в воду, чтоб я его не ковал, и хотел у меня убежать, но я другой ключ прибрал и цепь, и железа на Василья положил за его воровство; приехавши в Яренск, он со мною воровством говорил: „Погибли мы напрасно, без вины, к государю в наносе, от своей же братии; они на нас наносили, сами не зная, что делают, и сами они помрут скоро, прежде нас“».

Скоро обоих братьев, Василия и Ивана, соединили вместе в одном городе Пелыме, когда Василий был уже при последнем издыхании от зверства пристава, что приставы поступали своевольно, без царского приказа, видно из грамоты Борисовой к ним: «По нашему указу Ивана и Василия Романовых ковать вам не ведено: вы это сделали мимо нашего указа». Пристав, оправдывая себя, доносил, что он ковал Василия, слыша многие разговорные речи, например, пристав стал говорить Василью: «Кому божиим милосердием, постом, молитвою и милостынею бог дал царство, а вы, злодеи, изменники хотели царство достать ведовством и кореньем». Василий отвечал на это с насмешкою: «Не то милостыня, что мечут по улицам; добра та милостыня, дать десною рукою, а шуйца не ведала бы». О смерти Василия пристав доносил так: «Взял я твоего государева изменника Василья Романова больного, чуть живого, на цепи, ноги у него опухли; я для болезни его цепь с него снял, сидел у него брат его Иван да человек их Сенька; и я ходил к нему и попа пускал; умер он 15 февраля, и я похоронил его, дал по нем трем попам да дьячку, да пономарю двадцать рублей. А изменник твой Иван Романов болен старою болезнию, рукою не владеет, на ногу немного прихрамывает». После этого Иван Никитич был переведен в Уфу, а потом вместе с князем Иваном Черкасским отправлен на службу в Нижний Новгород, причем царь наказывал приставу: «Едучи дорогою и живучи в Нижнем Новгороде, ко князю Ивану и к Ивану Романову бережение держать большое, чтоб им нужды ни в чем никакой отнюдь не было и жили б они и ходили свободны». И о княгине Черкасской, жившей с детьми Федора Никитича на Белоозере, царь повторял несколько раз: «Чтоб им всем в еде, питье и платье никакой нужды не было». Скоро Иван Никитич с князем Иваном Черкасским возвращены были в Москву, а княгиня Черкасская с детьми Федора Никитича и женою Александра Никитича переведены в уезд Юрьева-Польского, в отчину Федора Никитича, причем царь опять наказывал приставу: «Чтобы дворовой никакой нужды не было: корму им давать вдоволь, покоить всем, чего ни спросят, а не так бы делал, как писал прежде, что яиц с молоком даешь не помногу; это ты делал своим воровством и хитростию; по нашему указу велено тебе давать им еды и питья во всем вдоволь, чего ни захотят».

О Филарете Никитиче пристав Воейков доносил: «Твой государев изменник, старец Филарет Романов, мне говорил: „Государь меня пожаловал, велел мне вольность дать, и мне б стоять на крылосе“». Да он же мне говорил: «Не годится со мною в келье жить малому; чтобы государь меня, богомольца своего, пожаловал, велел у меня в келье старцу жить, а бельцу с чернецом в одной келье жить непригоже». Это он говорил для того, чтоб от него из кельи малого не взяли, а он малого очень любит, хочет душу свою за него выронить. Я малого расспрашивал: что с тобою старец о каких-нибудь делах разговаривал ли или про кого-нибудь рассуждает ли? И друзей своих кого по имяни поминает ли? Малый отвечал: «Отнюдь со мной старец ничего не говорит». Если малому вперед жить в келье у твоего государева изменника, то нам от него ничего не слыхать; а малый с твоим государевым изменником душа в душу. Да твой же государев изменник мне про твоих государевых бояр в разговоре говорил: «Бояре мне великие недруги; они искали голов наших, а иные научали на нас говорить людей наших, я сам видал это не однажды». Да он же про твоих бояр про всех говорил: «Не станет их ни с какое дело, нет у них разумного; один у них разумен Богдан Бельский, к посольским и ко всяким делам очень досуж». Велел я сыну боярскому Болтину расспрашивать малого, который живет в келье у твоего государева изменника, и малый сказывал: «Со мною ничего не разговаривает; только когда жену вспомянет и детей, то говорит: „Малые мои детки! маленьки бедные остались; кому их кормить и поить? Так ли им будет теперь, как им при мне было? А жена моя бедная! Жива ли уже? Чай, она туда завезена, куда и слух никакой не зайдет! Мне уж что надобно? Беда на меня жена да дети: как их вспомнишь, так точно рогатиной в сердце толкает; много они мне мешают: дай господи слышать, чтоб их ранее бог прибрал, я бы тому обрадовался. И жена, чай, тому рада, чтоб им бог дал смерть, а мне бы уже не мешали, я бы стал промышлять одною своею душою; а братья уже все, дал бог, на своих ногах“».